转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 43 / 133 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002304 Chr08 NC_080394.1:21705868-21705877promoter 内 2955-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 21706914-21707716(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr02G000372 Chr02 NC_080388.1:4712042-4712051promoter 内 2925-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4713118-4719768(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr08G000146 Chr08 NC_080394.1:951919-951928promoter 内 2911-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 953009-956740(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr03G001176 Chr03 NC_080389.1:13520898-13520907promoter 内 2902-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 13521997-13523176(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr04G001075 Chr04 NC_080390.1:15429065-15429074promoter 内 2898-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15426527-15427971(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr08G000648 Chr08 NC_080394.1:4821990-4821999promoter 内 2891-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4823100-4825560(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTC
SmilChr08G000578 Chr08 NC_080394.1:4236505-4236514promoter 内 2881-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4234252-4235394(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr08G000580 Chr08 NC_080394.1:4242573-4242582promoter 内 2881-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4240337-4241462(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr04G003725 Chr04 NC_080390.1:53579223-53579232promoter 内 2855-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53580369-53590344(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr04G001536 Chr04 NC_080390.1:25282435-25282444promoter 内 2854-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 25283582-25284914(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38948160-38948169promoter 内 2848-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACAG
SmilChr02G001743 Chr02 NC_080388.1:32023604-32023613promoter 内 2829-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 32018425-32022441(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr06G002348 Chr06 NC_080392.1:34161488-34161497promoter 内 2828-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 34162661-34165832(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr04G000520 Chr04 NC_080390.1:5737579-5737588promoter 内 2825-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5734217-5736412(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr06G003268 Chr06 NC_080392.1:45306317-45306326promoter 内 2812-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45304075-45305137(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38374938-38374947promoter 内 2810-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38381230-38381239promoter 内 2810-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr06G003270 Chr06 NC_080392.1:45312415-45312424promoter 内 2810-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 45310171-45311233(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr02G002587 Chr02 NC_080388.1:44967338-44967347promoter 内 2761-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44961907-44966107(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTGTACGGAG
SmilChr01G002864 Chr01 NC_080387.1:47230704-47230713promoter 内 2754-2763 bp + 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 47228093-47229466(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GCCCGTACAT
SmilChr08G002794 Chr08 NC_080394.1:27658740-27658749promoter 内 2746-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 27648616-27657494(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr08G001414 Chr08 NC_080394.1:11329468-11329477promoter 内 2733-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11330736-11330808(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr07G004078 Chr07 NC_080393.1:52226916-52226925promoter 内 2715-2724 bp + 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52228202-52230806(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr02G003295 Chr02 NC_080388.1:54228715-54228724promoter 内 2704-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54225546-54227427(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGGC
SmilChr03G002132 Chr03 NC_080389.1:33213758-33213767promoter 内 2702-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 33208351-33212468(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TCGTACGGAG
SmilChr08G004023 Chr08 NC_080394.1:48670348-48670357promoter 内 2687-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 48658637-48669043(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTC
SmilChr08G004212 Chr08 NC_080394.1:51510575-51510584promoter 内 2664-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51511912-51512883(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr02G000245 Chr02 NC_080388.1:3173424-3173433promoter 内 2647-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3169047-3172079(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
SmilChr01G003566 Chr01 NC_080387.1:54245099-54245108promoter 内 2617-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54242166-54243724(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr05G000017 Chr05 NC_080391.1:69963-69972promoter 内 2588-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71376-74862(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACAG
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76070076-76070085promoter 内 2541-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 76071536-76075726(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CCGTACGGAT
SmilChr02G000371 Chr02 NC_080388.1:4712042-4712051promoter 内 2530-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4707394-4710580(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GTGTACGGAA
SmilChr02G004449 Chr02 NC_080388.1:66849386-66849395promoter 内 2530-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 66850857-66852409(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAC
SmilChr03G003694 Chr03 NC_080389.1:55874735-55874744promoter 内 2523-2532 bp + 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55870585-55873266(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GCCCGTACAT
SmilChr02G003433 Chr02 NC_080388.1:55563766-55563775promoter 内 2509-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55565258-55566896(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACAG
SmilChr08G004528 Chr08 NC_080394.1:54836463-54836472promoter 内 2504-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54824367-54834975(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 GAGTACGGAG
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