转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 43 / 161 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003245 Chr08 NC_080394.1:33369261-33369275promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 33371114-33373225(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATATCGCCGACACAT
SmilChr04G004122 Chr04 NC_080390.1:56078124-56078138promoter 内 2120-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56080005-56083512(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTGCGCCGACACCC
SmilChr01G004864 Chr01 NC_080387.1:66779447-66779461promoter 内 1967-1981 bp - 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66774740-66777427(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCAAAGT
SmilChr04G003536 Chr04 NC_080390.1:51726709-51726723promoter 内 1933-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51720969-51724655(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCGTCGGCAGGTA
SmilChr08G004285 Chr08 NC_080394.1:52535271-52535285promoter 内 1925-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52537347-52540504(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCACAGCCGACAAAT
SmilChr07G000565 Chr07 NC_080393.1:3869330-3869344promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3867065-3867260(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTGTCGGCGTCAT
SmilChr08G002394 Chr08 NC_080394.1:22709245-22709259promoter 内 1863-1877 bp + 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22711383-22712915(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr01G003790 Chr01 NC_080387.1:56286289-56286303promoter 内 1837-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56288453-56290831(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr01G002123 Chr01 NC_080387.1:37232431-37232445promoter 内 1770-1784 bp - 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37227166-37230214(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGCGTCGGCAATCG
SmilChr08G000785 Chr08 NC_080394.1:5793035-5793049promoter 内 1720-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5789720-5790768(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAACGCCGACAACG
SmilChr07G003891 Chr07 NC_080393.1:48730975-48730989promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48727613-48728653(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTATCGCCGACAACT
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68049978-68049992promoter 内 1658-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68052321-68052394(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTTGCCGACGTCG
SmilChr04G001694 Chr04 NC_080390.1:27994781-27994795promoter 内 1609-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27991460-27992403(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr04G002789 Chr04 NC_080390.1:43779453-43779467promoter 内 1602-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43781852-43785186(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGGCGCCGACAGAG
SmilChr02G001239 Chr02 NC_080388.1:22776609-22776623promoter 内 1574-1588 bp + 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 22779036-22780009(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCGCCTA
SmilChr01G002963 Chr01 NC_080387.1:48524606-48524620promoter 内 1507-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48521423-48522126(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTCCGCCGACATTT
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40405978-40405992promoter 内 1493-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40408486-40415281(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCTGCGT
SmilChr04G003537 Chr04 NC_080390.1:51726709-51726723promoter 内 1488-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51729222-51732261(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACCTGCCGACGCAG
SmilChr04G000787 Chr04 NC_080390.1:9686178-9686192promoter 内 1412-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9678829-9683603(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCTACTG
SmilChr02G004293 Chr02 NC_080388.1:65296298-65296312promoter 内 1398-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65292844-65293709(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr07G001462 Chr07 NC_080393.1:11454167-11454181promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11456866-11460124(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTGTCGGCGCCGC
SmilChr07G000894 Chr07 NC_080393.1:6427688-6427702promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6430396-6431201(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTTGCCGACGGCG
SmilChr08G003825 Chr08 NC_080394.1:44418648-44418662promoter 内 1194-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44421455-44422148(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCGCCCA
SmilChr07G001103 Chr07 NC_080393.1:8135059-8135073promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8129002-8132233(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTGTCGGCGCAGA
SmilChr01G000619 Chr01 NC_080387.1:13651975-13651989promoter 内 1098-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13648121-13649086(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGCCGTCGGCATCGG
SmilChr08G003823 Chr08 NC_080394.1:44418648-44418662promoter 内 1092-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 44415499-44415753(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGGCGCCGACAACA
SmilChr03G004174 Chr03 NC_080389.1:60481678-60481692promoter 内 883-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60484796-60488043(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTCAGCCGACAACT
SmilChr04G004120 Chr04 NC_080390.1:56078124-56078138promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56072747-56075011(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGCAAA
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26263203-26263217promoter 内 837-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26266367-26267052(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCCACGC
SmilChr08G002135 Chr08 NC_080394.1:19232654-19232668promoter 内 791-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19235864-19239439(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTGTCGGCGTGTG
SmilChr07G003059 Chr07 NC_080393.1:31974521-31974535promoter 内 760-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31977762-31979188(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTATGTCGGCACAGG
SmilChr01G006009 Chr01 NC_080387.1:75653409-75653423promoter 内 757-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75647259-75650179(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTTTGCCGACGAAA
SmilChr08G000878 Chr08 NC_080394.1:6498772-6498786promoter 内 679-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6494117-6495464(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTACGCCGACAAGG
SmilChr02G000333 Chr02 NC_080388.1:4209376-4209390promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4212702-4213136(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCCCGTCGGCAACGA
SmilChr01G002564 Chr01 NC_080387.1:43767712-43767726promoter 内 614-628 bp - 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43760740-43764339(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAATGTCGGCAAGGC
SmilChr02G002000 Chr02 NC_080388.1:36162378-36162392promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36158124-36158999(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGTGTCGGCGTTGT
SmilChr08G002649 Chr08 NC_080394.1:25991657-25991671promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25983696-25988240(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGTTGCCGACGGCG
SmilChr03G004022 Chr03 NC_080389.1:59189021-59189035promoter 内 561-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 59192461-59197626(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCTTGCCGACAAAT
SmilChr04G001262 Chr04 NC_080390.1:19888846-19888860promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19878916-19885359(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCCACGC
SmilChr04G003754 Chr04 NC_080390.1:53816514-53816528promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53810593-53812917(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGTGGTGG
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26236938-26236952promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26190173-26233315(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAACCGCCGACACTT
SmilChr03G004173 Chr03 NC_080389.1:60481678-60481692promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60467104-60478052(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTTGTCGGCTGAGA
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SmilChr05G003293 Chr05 NC_080391.1:43074475-43074489promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43067830-43070799(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTCGCCGACATTA
SmilChr08G003139 Chr08 NC_080394.1:31796816-31796830promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31800514-31802124(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGCGTCGGCAAATG
SmilChr02G000784 Chr02 NC_080388.1:12889398-12889412promoter 内 227-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 12884119-12885638(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTTGTCGGCCACGC
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SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481211-32481225promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCAATCA
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