转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 44 / 136 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002539 Chr04 NC_080390.1:40657062-40657069promoter 内 2909-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 40658154-40659056(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58637800-58637807promoter 内 2904-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 58634544-58636710(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003319 Chr05 NC_080391.1:43488198-43488205promoter 内 2898-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 43487031-43487102(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G000917 Chr08 NC_080394.1:6786205-6786212promoter 内 2898-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 6787308-6789453(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001880 Chr01 NC_080387.1:33824262-33824269promoter 内 2896-2903 bp - 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 33820325-33823164(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G004881 Chr08 NC_080394.1:57905103-57905110promoter 内 2888-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 57906216-57906659(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G004844 Chr08 NC_080394.1:57693585-57693592promoter 内 2885-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 57694701-57695144(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G001798 Chr04 NC_080390.1:29454007-29454014promoter 内 2884-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 29455124-29456928(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53279539-53279546promoter 内 2883-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 53280657-53285286(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G000918 Chr07 NC_080393.1:6557108-6557115promoter 内 2882-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 6558227-6561727(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342098-60342105promoter 内 2875-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 60343224-60344979(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003446 Chr02 NC_080388.1:55716416-55716423promoter 内 2873-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55717544-55720811(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G000430 Chr02 NC_080388.1:5509273-5509280promoter 内 2865-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 5510409-5511098(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G003854 Chr08 NC_080394.1:45062559-45062566promoter 内 2860-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45059928-45061425(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003286 Chr02 NC_080388.1:54152924-54152931promoter 内 2852-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 54149753-54151782(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G004194 Chr05 NC_080391.1:55819179-55819186promoter 内 2848-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55820332-55821366(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G001345 Chr05 NC_080391.1:11885953-11885960promoter 内 2844-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 11881977-11884803(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G003649 Chr01 NC_080387.1:54960866-54960873promoter 内 2837-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 54957857-54959709(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G002911 Chr01 NC_080387.1:47835859-47835866promoter 内 2836-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 47832517-47834701(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34771476-34771483promoter 内 2834-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 34772643-34776230(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003709 Chr04 NC_080390.1:53411103-53411110promoter 内 2833-2840 bp + 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 53412271-53414007(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G000862 Chr07 NC_080393.1:6141192-6141199promoter 内 2825-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 6142368-6143992(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37325399-37325406promoter 内 2815-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 37326585-37327405(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G004281 Chr07 NC_080393.1:55350281-55350288promoter 内 2815-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55345649-55349102(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G002525 Chr05 NC_080391.1:28102160-28102167promoter 内 2812-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28098986-28100978(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001475 Chr01 NC_080387.1:28534867-28534874promoter 内 2809-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28536059-28538387(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G000902 Chr02 NC_080388.1:15484802-15484809promoter 内 2807-2814 bp - 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 15482008-15483615(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G000362 Chr03 NC_080389.1:4051147-4051154promoter 内 2795-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 4052353-4053830(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G004314 Chr05 NC_080391.1:56821043-56821050promoter 内 2788-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 56815912-56819837(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G002101 Chr04 NC_080390.1:33901256-33901263promoter 内 2783-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 33895820-33900045(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G000325 Chr01 NC_080387.1:6538433-6538440promoter 内 2778-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 6539656-6559465(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54756691-54756698promoter 内 2777-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 54753719-54755474(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G000833 Chr07 NC_080393.1:5927530-5927537promoter 内 2776-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 5920437-5926312(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G000116 Chr07 NC_080393.1:647299-647306promoter 内 2771-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 645957-646076(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G003220 Chr07 NC_080393.1:34274405-34274412promoter 内 2770-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 34273049-34273181(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G004555 Chr08 NC_080394.1:55132859-55132866promoter 内 2769-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55131215-55131634(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
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