靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022202-RA_Salv |
SmilChr02G005502 |
bHLH | XP_057792768.1 |
MP00082 |
TCACGTGG |
9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 44 / 136 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G002539 |
Chr04 | NC_080390.1:40657062-40657069promoter 内 2909-2916 bp |
+ | 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 40658154-40659056(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003708 |
Chr02 | NC_080388.1:58637800-58637807promoter 内 2904-2911 bp |
- | 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 58634544-58636710(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003319 |
Chr05 | NC_080391.1:43488198-43488205promoter 内 2898-2905 bp |
- | 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 43487031-43487102(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G000917 |
Chr08 | NC_080394.1:6786205-6786212promoter 内 2898-2905 bp |
+ | 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 6787308-6789453(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001880 |
Chr01 | NC_080387.1:33824262-33824269promoter 内 2896-2903 bp |
- | 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 33820325-33823164(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G004881 |
Chr08 | NC_080394.1:57905103-57905110promoter 内 2888-2895 bp |
+ | 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 57906216-57906659(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G004844 |
Chr08 | NC_080394.1:57693585-57693592promoter 内 2885-2892 bp |
+ | 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 57694701-57695144(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G001798 |
Chr04 | NC_080390.1:29454007-29454014promoter 内 2884-2891 bp |
+ | 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 29455124-29456928(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003210 |
Chr02 | NC_080388.1:53279539-53279546promoter 内 2883-2890 bp |
+ | 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 53280657-53285286(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G000918 |
Chr07 | NC_080393.1:6557108-6557115promoter 内 2882-2889 bp |
+ | 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 6558227-6561727(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G004189 |
Chr01 | NC_080387.1:60342098-60342105promoter 内 2875-2882 bp |
+ | 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 60343224-60344979(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003446 |
Chr02 | NC_080388.1:55716416-55716423promoter 内 2873-2880 bp |
+ | 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55717544-55720811(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000430 |
Chr02 | NC_080388.1:5509273-5509280promoter 内 2865-2872 bp |
+ | 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 5510409-5511098(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G003854 |
Chr08 | NC_080394.1:45062559-45062566promoter 内 2860-2867 bp |
- | 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 45059928-45061425(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003286 |
Chr02 | NC_080388.1:54152924-54152931promoter 内 2852-2859 bp |
- | 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 54149753-54151782(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G004194 |
Chr05 | NC_080391.1:55819179-55819186promoter 内 2848-2855 bp |
+ | 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55820332-55821366(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G001345 |
Chr05 | NC_080391.1:11885953-11885960promoter 内 2844-2851 bp |
- | 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 11881977-11884803(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G003649 |
Chr01 | NC_080387.1:54960866-54960873promoter 内 2837-2844 bp |
- | 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 54957857-54959709(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G002911 |
Chr01 | NC_080387.1:47835859-47835866promoter 内 2836-2843 bp |
- | 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 47832517-47834701(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G002207 |
Chr03 | NC_080389.1:34771476-34771483promoter 内 2834-2841 bp |
+ | 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 34772643-34776230(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003709 |
Chr04 | NC_080390.1:53411103-53411110promoter 内 2833-2840 bp |
+ | 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 53412271-53414007(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G000862 |
Chr07 | NC_080393.1:6141192-6141199promoter 内 2825-2832 bp |
+ | 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 6142368-6143992(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G002305 |
Chr04 | NC_080390.1:37325399-37325406promoter 内 2815-2822 bp |
+ | 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 37326585-37327405(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G004281 |
Chr07 | NC_080393.1:55350281-55350288promoter 内 2815-2822 bp |
- | 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55345649-55349102(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G002525 |
Chr05 | NC_080391.1:28102160-28102167promoter 内 2812-2819 bp |
- | 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 28098986-28100978(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001475 |
Chr01 | NC_080387.1:28534867-28534874promoter 内 2809-2816 bp |
+ | 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 28536059-28538387(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G000902 |
Chr02 | NC_080388.1:15484802-15484809promoter 内 2807-2814 bp |
- | 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 15482008-15483615(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G000362 |
Chr03 | NC_080389.1:4051147-4051154promoter 内 2795-2802 bp |
+ | 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 4052353-4053830(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G004314 |
Chr05 | NC_080391.1:56821043-56821050promoter 内 2788-2795 bp |
- | 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 56815912-56819837(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G002101 |
Chr04 | NC_080390.1:33901256-33901263promoter 内 2783-2790 bp |
- | 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 33895820-33900045(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G000325 |
Chr01 | NC_080387.1:6538433-6538440promoter 内 2778-2785 bp |
+ | 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 6539656-6559465(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G003363 |
Chr02 | NC_080388.1:54756691-54756698promoter 内 2777-2784 bp |
- | 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 54753719-54755474(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G000833 |
Chr07 | NC_080393.1:5927530-5927537promoter 内 2776-2783 bp |
- | 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 5920437-5926312(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G000116 |
Chr07 | NC_080393.1:647299-647306promoter 内 2771-2778 bp |
- | 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 645957-646076(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G003220 |
Chr07 | NC_080393.1:34274405-34274412promoter 内 2770-2777 bp |
- | 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 34273049-34273181(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G004555 |
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- | 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55131215-55131634(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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+ | 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 47515290-47515718(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003130 |
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+ | 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 39937275-39938309(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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- | 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 12913771-12917847(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003953 |
Chr04 | NC_080390.1:55081936-55081943promoter 内 2763-2770 bp |
+ | 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55083174-55083254(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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- | 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 62629453-62633736(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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+ | 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 26316847-26319373(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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- | 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 356006-357225(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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+ | 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 16699681-16700841(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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+ | 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 57101576-57107456(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
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CCACGTGG |
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+ | 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 558431-560792(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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SmilChr07G003973 |
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- | 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 50572345-50582265(-) |
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+ | 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 48635304-48646492(+) |
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- | 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 46560594-46563841(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |