转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 44 / 142 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003811 Chr04 NC_080390.1:54262062-54262076promoter 内 3865-3879 bp - 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 54262198-54262269(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATGTGTTAGGTGGG
SmilChr01G004223 Chr01 NC_080387.1:60593920-60593934promoter 内 3830-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 60594091-60597526(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr05G004266 Chr05 NC_080391.1:56446975-56446989promoter 内 3808-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56447168-56448442(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCACATT
SmilChr05G004261 Chr05 NC_080391.1:56407079-56407093promoter 内 3767-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56407313-56408989(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr01G004342 Chr01 NC_080387.1:61588099-61588113promoter 内 3766-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61588334-61597467(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr05G001074 Chr05 NC_080391.1:8916041-8916055promoter 内 3765-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 8910495-8915819(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGTA
SmilChr08G002896 Chr08 NC_080394.1:28855377-28855391promoter 内 3740-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28855638-28857743(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56464309-56464323promoter 内 3703-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56464607-56467849(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTTCCA
SmilChr08G001342 Chr08 NC_080394.1:10715278-10715292promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 10712980-10714981(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATTTGTTAGGTGGG
SmilChr05G001752 Chr05 NC_080391.1:17063240-17063254promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17063585-17067485(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr07G003985 Chr07 NC_080393.1:50866274-50866288promoter 内 3640-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 50858567-50865927(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr01G002333 Chr01 NC_080387.1:40477614-40477628promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40471842-40477253(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr01G001019 Chr01 NC_080387.1:21359603-21359617promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 21359982-21363226(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCATGAT
SmilChr03G002842 Chr03 NC_080389.1:44966026-44966040promoter 内 3621-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44963780-44965660(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 66837255-66837328(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGGT
SmilChr01G001088 Chr01 NC_080387.1:22332060-22332074promoter 内 3612-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22328507-22331685(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCATGAT
SmilChr01G005884 Chr01 NC_080387.1:74761265-74761279promoter 内 3568-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74758092-74760846(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000734 Chr05 NC_080391.1:5597995-5598009promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5593661-5597528(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr02G001305 Chr02 NC_080388.1:24232985-24232999promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24233542-24236968(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17263206-17263220promoter 内 3413-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17263794-17268668(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9880040-9880054promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 9880632-9885394(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr04G003466 Chr04 NC_080390.1:51144411-51144425promoter 内 3380-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51145032-51148939(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACATGGTAGGTGGC
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 3301-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGGT
SmilChr07G000490 Chr07 NC_080393.1:3423247-3423261promoter 内 3285-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3419519-3422545(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr02G002523 Chr02 NC_080388.1:43883664-43883678promoter 内 3248-3262 bp - 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 43884417-43886031(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTAGGTGTT
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20181543-20181557promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCATGAT
SmilChr02G004538 Chr02 NC_080388.1:67956858-67956872promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 67957631-67960798(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCATGGTAGGTGGA
SmilChr04G003555 Chr04 NC_080390.1:51938535-51938549promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51939330-51948223(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6945348-6945362promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 6936230-6944561(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr03G001170 Chr03 NC_080389.1:13458455-13458469promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 13459272-13460810(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr03G001825 Chr03 NC_080389.1:25004341-25004355promoter 内 3178-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 25000658-25003532(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGTG
SmilChr03G001302 Chr03 NC_080389.1:15250842-15250856promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15248385-15250032(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr07G002201 Chr07 NC_080393.1:20245338-20245352promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 20240433-20244528(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr07G004687 Chr07 NC_080393.1:59814151-59814165promoter 内 3147-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 59810896-59813311(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49282056-49282070promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49276093-49281214(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr08G002352 Chr08 NC_080394.1:22252288-22252302promoter 内 3042-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 22253247-22259711(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr02G001892 Chr02 NC_080388.1:34226732-34226746promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34227728-34230415(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGTG
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31607693-31607707promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31598935-31606680(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGTG
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SmilChr04G001440 Chr04 NC_080390.1:23618147-23618161promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23619303-23621727(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGGTGTC
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SmilChr01G001453 Chr01 NC_080387.1:28213499-28213513promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28212024-28212095(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAAAGGTAGGTGTG
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