转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 44 / 123 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002526 Chr04 NC_080390.1:40303302-40303316promoter 内 1578-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40305725-40311633(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTTCTGTCGGTGAC
SmilChr07G002320 Chr07 NC_080393.1:21468673-21468687promoter 内 1552-1566 bp - 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21471122-21473611(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGCATAC
SmilChr05G002011 Chr05 NC_080391.1:20822519-20822533promoter 内 1526-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 20814832-20820058(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTTGCGTCGGTGAT
SmilChr07G002470 Chr07 NC_080393.1:23229254-23229268promoter 内 1348-1362 bp - 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23224547-23226615(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATGGTGGCGGTGGT
SmilChr01G004678 Chr01 NC_080387.1:64874654-64874668promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64867873-64871869(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATGTTGTCGGTGAT
SmilChr01G005695 Chr01 NC_080387.1:73233388-73233402promoter 内 1185-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73223758-73230586(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGCGTCGGTGCC
SmilChr08G004584 Chr08 NC_080394.1:55413386-55413400promoter 内 1148-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55416239-55419004(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGAGGTG
SmilChr04G002392 Chr04 NC_080390.1:38433668-38433682promoter 内 931-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38427790-38430612(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACATGTGG
SmilChr03G003664 Chr03 NC_080389.1:55481668-55481682promoter 内 797-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55484872-55486992(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACGCCGTCGGTGGA
SmilChr02G000060 Chr02 NC_080388.1:776864-776878promoter 内 767-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 772169-773644(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATTCGTCGGTGCG
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47811274-47811288promoter 内 767-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCCATGTCGGTGAC
SmilChr05G001536 Chr05 NC_080391.1:14046413-14046427promoter 内 753-767 bp - 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14039608-14043179(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGGTGACGGTGGT
SmilChr08G002551 Chr08 NC_080394.1:24815042-24815056promoter 内 753-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24810485-24811808(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCTAAC
SmilChr08G004585 Chr08 NC_080394.1:55413386-55413400promoter 内 706-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55416681-55417284(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGAGGTG
SmilChr03G004167 Chr03 NC_080389.1:60434370-60434384promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60429488-60431038(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGTTGTCGGTGAT
SmilChr08G000354 Chr08 NC_080394.1:2426020-2426034promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2429584-2436644(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATTTTGTCGGTGCC
SmilChr01G000852 Chr01 NC_080387.1:18405102-18405116promoter 内 298-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18408805-18412146(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCTTTGTCGGTGCA
SmilChr01G005058 Chr01 NC_080387.1:68493486-68493500promoter 内 232-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68497255-68498694(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACCTGG
SmilChr08G000344 Chr08 NC_080394.1:2386502-2386516promoter 内 148-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2390355-2391419(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATTTTGTCGGTGCC
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68378247-68378261promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGCTGTT
SmilChr08G004823 Chr08 NC_080394.1:57507197-57507211promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 57501834-57507168(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGGC
SmilChr04G002940 Chr04 NC_080390.1:45640144-45640158promoter 内 3546-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 45633190-45639703(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTTGTGTCGGTGTT
SmilChr07G001733 Chr07 NC_080393.1:14732230-14732244promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 14727904-14731737(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGTCGTCGGTGAA
SmilChr03G002841 Chr03 NC_080389.1:44953764-44953778promoter 内 2795-2809 bp - 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 44954970-44955041(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGCAGTG
SmilChr06G001447 Chr06 NC_080392.1:15274331-15274345promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 15275631-15279571(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACACGAGC
SmilChr03G002840 Chr03 NC_080389.1:44953764-44953778promoter 内 2548-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 44948529-44952325(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACTGCGTCGGTGAC
SmilChr04G003987 Chr04 NC_080390.1:55294058-55294072promoter 内 2022-2036 bp + 1965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 55296037-55297756(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAAATGTCGGTGAG
SmilChr02G000018 Chr02 NC_080388.1:139633-139647promoter 内 1951-1965 bp - 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 133440-137597(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCATCGTCGGTGGA
SmilChr04G002251 Chr04 NC_080390.1:36468276-36468290promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36471451-36473569(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGGCGGC
SmilChr01G001864 Chr01 NC_080387.1:33583974-33583988promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33587659-33589279(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGACGTCGGTGGC
SmilChr01G001907 Chr01 NC_080387.1:34150080-34150094promoter 内 139-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 34153942-34154646(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTGACGTCGGTGGC
SmilChr05G000818 Chr05 NC_080391.1:6416372-6416386promoter 内 3948-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6408083-6416333(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTTTGTCGGTGAA
SmilChr03G001971 Chr03 NC_080389.1:28412661-28412675promoter 内 3794-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 28412868-28414304(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAGGTGC
SmilChr08G000895 Chr08 NC_080394.1:6632970-6632984promoter 内 3787-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6633184-6634895(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTTTTGTCGGCGCT
SmilChr02G002212 Chr02 NC_080388.1:39370000-39370014promoter 内 3727-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39370274-39370975(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGGTCGTCGGTGGT
SmilChr02G001659 Chr02 NC_080388.1:30778078-30778092promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 30775413-30777799(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATATTGGCGGTGGG
SmilChr05G001688 Chr05 NC_080391.1:16021308-16021322promoter 内 3485-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16019380-16020806(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAAGACT
SmilChr02G002637 Chr02 NC_080388.1:45762865-45762879promoter 内 3283-3297 bp + 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45763583-45764729(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGGTCGTCGGTGGT
SmilChr02G000044 Chr02 NC_080388.1:597603-597617promoter 内 3127-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 593910-596743(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAAACGG
SmilChr08G002581 Chr08 NC_080394.1:25144222-25144236promoter 内 3051-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25141032-25143286(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACCCCG
SmilChr06G001166 Chr06 NC_080392.1:11884829-11884843promoter 内 2977-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11885853-11890169(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGGTCGTCGGTGGT
SmilChr03G004525 Chr03 NC_080389.1:63302350-63302364promoter 内 2895-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63300237-63301258(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGCGGCGGTGGT
SmilChr03G002777 Chr03 NC_080389.1:44205249-44205263promoter 内 2875-2889 bp + 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44181009-44204137(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACACGAGC
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48506161-48506175promoter 内 2814-2828 bp - 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATAATTGTCGGTGAT
SmilChr03G002168 Chr03 NC_080389.1:33724633-33724647promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 33722564-33723412(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTAATTGTCGGCGGC
SmilChr08G002327 Chr08 NC_080394.1:21950809-21950823promoter 内 2703-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21943961-21949525(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCATTTCC
SmilChr05G001299 Chr05 NC_080391.1:11211816-11211830promoter 内 2646-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11213171-11220589(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACCCCG
SmilChr05G000293 Chr05 NC_080391.1:2233695-2233709promoter 内 2606-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2235090-2237980(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAAATTT
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63450402-63450416promoter 内 2548-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63446682-63448963(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGAGGCC
SmilChr01G004526 Chr01 NC_080387.1:63450402-63450416promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 63451937-63461276(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCCTCGTCGGTGAT