转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 44 / 129 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002766 Chr02 NC_080388.1:47714933-47714940promoter 内 3146-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 47715788-47725114(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005557 Chr02 NC_080388.1:75534501-75534508promoter 内 3139-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 75525210-75533646(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G003647 Chr02 NC_080388.1:57849410-57849417promoter 内 3121-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 57850290-57853512(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004037 Chr01 NC_080387.1:58784922-58784929promoter 内 3119-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 58779106-58784047(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21702266-21702273promoter 内 3114-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002039 Chr01 NC_080387.1:36052397-36052404promoter 内 3109-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 36053289-36056257(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004192 Chr01 NC_080387.1:60373939-60373946promoter 内 3108-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 60374832-60379044(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002419 Chr01 NC_080387.1:41629433-41629440promoter 内 3101-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 41630333-41631071(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr03G000050 Chr03 NC_080389.1:515267-515274promoter 内 3101-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 510914-514374(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22142359-22142366promoter 内 3079-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G001691 Chr01 NC_080387.1:31142009-31142016promoter 内 3073-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 31139057-31141088(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G005603 Chr02 NC_080388.1:75735403-75735410promoter 内 3051-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 75736353-75739430(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002326 Chr01 NC_080387.1:40352378-40352385promoter 内 3047-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 40345066-40351431(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004595 Chr02 NC_080388.1:68465945-68465952promoter 内 3038-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68466908-68473833(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G003384 Chr02 NC_080388.1:54957726-54957733promoter 内 3033-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 54954313-54956765(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002317 Chr01 NC_080387.1:40168018-40168025promoter 内 3030-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 40161020-40167054(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G000277 Chr02 NC_080388.1:3556768-3556775promoter 内 3005-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 3553646-3555779(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G000866 Chr02 NC_080388.1:14903996-14904003promoter 内 2986-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 14905011-14905097(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000634 Chr01 NC_080387.1:14269498-14269505promoter 内 2984-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 14270515-14271940(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G005079 Chr01 NC_080387.1:68670968-68670975promoter 内 2984-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68666714-68669958(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G002538 Chr02 NC_080388.1:44158889-44158896promoter 内 2983-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 44159907-44165662(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39596313-39596320promoter 内 2981-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 39592366-39595300(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001336 Chr01 NC_080387.1:26540850-26540857promoter 内 2970-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 26541881-26545457(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G005365 Chr01 NC_080387.1:70877329-70877336promoter 内 2961-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 70873447-70876296(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G004455 Chr01 NC_080387.1:62672892-62672899promoter 内 2958-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 62668522-62671856(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G005628 Chr01 NC_080387.1:72741405-72741412promoter 内 2947-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 72738344-72740358(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G003469 Chr02 NC_080388.1:56002602-56002609promoter 内 2943-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 55986963-56001551(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64679830-64679837promoter 内 2934-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 64676701-64678770(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G003126 Chr02 NC_080388.1:52290785-52290792promoter 内 2924-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 52291862-52296540(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004188 Chr02 NC_080388.1:64198451-64198458promoter 内 2907-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 64199545-64203085(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004323 Chr02 NC_080388.1:65532480-65532487promoter 内 2904-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 65533577-65539802(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002848 Chr01 NC_080387.1:47052127-47052134promoter 内 2901-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 47053227-47058908(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G003318 Chr01 NC_080387.1:51907588-51907595promoter 内 2890-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 51905777-51906484(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002180 Chr01 NC_080387.1:37909215-37909222promoter 内 2882-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 37910334-37911358(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G001941 Chr02 NC_080388.1:34972004-34972011promoter 内 2875-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 34973130-34974185(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G005032 Chr01 NC_080387.1:68281731-68281738promoter 内 2871-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 68278485-68280608(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
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