转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 44 / 147 下载 TSV

上一页 44 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54368819-54368833promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54369571-54371350(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATGAGGTTAGGTGA
SmilChr01G005847 Chr01 NC_080387.1:74436222-74436236promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74432516-74435449(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACTAAATT
SmilChr04G000101 Chr04 NC_080390.1:912687-912701promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 911003-911864(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAAGGGTTAGGTTA
SmilChr01G001249 Chr01 NC_080387.1:25048327-25048341promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 25045339-25047475(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTTTA
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38718182-38718196promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGACCTAACTATAAA
SmilChr03G003922 Chr03 NC_080389.1:58310651-58310665promoter 内 2836-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58308734-58309500(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTGGAGTTAGGCAA
SmilChr01G002837 Chr01 NC_080387.1:46961411-46961425promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46958115-46960227(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAGAAATTAGGTAC
SmilChr02G002098 Chr02 NC_080388.1:37659833-37659847promoter 内 2730-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37657053-37658576(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGTTAGTTAGGCTG
SmilChr02G001074 Chr02 NC_080388.1:19139992-19140006promoter 内 2536-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19141457-19144458(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTGCCT
SmilChr03G003044 Chr03 NC_080389.1:47343838-47343852promoter 内 2425-2439 bp + 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47340689-47342276(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACCCATCT
SmilChr03G002678 Chr03 NC_080389.1:42535471-42535485promoter 内 2385-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42531654-42533869(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTGCT
SmilChr03G004491 Chr03 NC_080389.1:63032060-63032074promoter 内 2250-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63027925-63030323(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACACCCTT
SmilChr03G002690 Chr03 NC_080389.1:42790503-42790517promoter 内 2218-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42786737-42788734(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTTTGCT
SmilChr01G003439 Chr01 NC_080387.1:52986766-52986780promoter 内 2192-2206 bp - 1795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52988575-52988647(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACCAAAAC
SmilChr01G001784 Chr01 NC_080387.1:32726955-32726969promoter 内 2157-2171 bp - 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32728799-32731830(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACAATATT
SmilChr02G001803 Chr02 NC_080388.1:32877776-32877790promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32879693-32882684(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCTAATGTTAGGTGG
SmilChr03G001126 Chr03 NC_080389.1:12977669-12977683promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 12973581-12975761(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGGAAATTAGGTAT
SmilChr01G001309 Chr01 NC_080387.1:26046857-26046871promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26042074-26044866(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGATTGGTTAGGTAT
SmilChr02G002360 Chr02 NC_080388.1:41382259-41382273promoter 内 1824-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41378458-41380096(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAATTTTAAT
SmilChr01G002827 Chr01 NC_080387.1:46871910-46871924promoter 内 1715-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 46866506-46869638(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTACCCT
SmilChr03G000249 Chr03 NC_080389.1:2936741-2936755promoter 内 1699-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 2939043-2943253(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTTAGAC
SmilChr02G001589 Chr02 NC_080388.1:29625679-29625693promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29620102-29623338(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTAATGG
SmilChr01G003368 Chr01 NC_080387.1:52422751-52422765promoter 内 1591-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52418727-52420355(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGATTGGTTAGGTAT
SmilChr02G002518 Chr02 NC_080388.1:43703096-43703110promoter 内 1579-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43700583-43700688(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCTTGAGTTAGGTTG
SmilChr02G002452 Chr02 NC_080388.1:42782016-42782030promoter 内 1519-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42784498-42789111(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAGATGTTAGGTGT
SmilChr03G003923 Chr03 NC_080389.1:58310651-58310665promoter 内 1464-1478 bp - 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58313188-58319474(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGCCTAACTCCAAA
SmilChr01G005389 Chr01 NC_080387.1:71176905-71176919promoter 内 1381-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71179525-71182556(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGCAACTTAGGTAG
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60968188-60968202promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 60970967-60974633(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTAGTTG
SmilChr02G002099 Chr02 NC_080388.1:37659833-37659847promoter 内 1188-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37662646-37667014(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTAACAA
SmilChr01G005488 Chr01 NC_080387.1:71818918-71818932promoter 内 1155-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71821764-71825122(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCACCTAACCTGCAT
SmilChr01G001280 Chr01 NC_080387.1:25588980-25588994promoter 内 1150-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 25591831-25593134(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATTCTT
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1942564-1942578promoter 内 1126-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1945439-1950272(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTTAGAC
SmilChr02G003856 Chr02 NC_080388.1:60363285-60363299promoter 内 1083-1097 bp + 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 60366203-60366763(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGCGAGTTAGGCTC
SmilChr04G001139 Chr04 NC_080390.1:16800845-16800859promoter 内 877-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16803969-16804074(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCAAACTTTTGT
SmilChr02G004022 Chr02 NC_080388.1:62510674-62510688promoter 内 861-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62513814-62517500(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACTCTATG
SmilChr02G001398 Chr02 NC_080388.1:26561855-26561869promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 26565061-26567269(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATCTGAGTTAGGTAA
SmilChr03G001146 Chr03 NC_080389.1:13214721-13214735promoter 内 710-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 13208625-13211444(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTAAGCT
SmilChr03G002842 Chr03 NC_080389.1:44968978-44968992promoter 内 669-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44963780-44965660(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCCTAACTCGCTA
SmilChr01G005486 Chr01 NC_080387.1:71818918-71818932promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71814847-71815586(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCAGGTTAGGTGC
SmilChr02G005128 Chr02 NC_080388.1:72748330-72748344promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72751766-72754924(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTCAAGC
SmilChr03G001113 Chr03 NC_080389.1:12829591-12829605promoter 内 540-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 12833052-12834839(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGCCTAACTCGCTA
SmilChr01G003372 Chr01 NC_080387.1:52444468-52444482promoter 内 267-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52436918-52440748(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTCAAATTAGGTAC
SmilChr03G002223 Chr03 NC_080389.1:35050119-35050133promoter 内 216-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35042421-35046348(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTATTAT
SmilChr04G000855 Chr04 NC_080390.1:10820279-10820293promoter 内 1896-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 10817802-10818188(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGTTTAGTTAGGCCT
SmilChr01G005249 Chr01 NC_080387.1:70018403-70018417promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 70016967-70017682(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGAAACTTAGGTAG
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67567901-67567915promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 67569485-67572285(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACAATTTT
SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24741741-24741755promoter 内 2326-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 24738227-24740080(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGATGGTTAGGTCA
SmilChr04G000795 Chr04 NC_080390.1:9827283-9827297promoter 内 3630-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9827654-9829547(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACTCCATT
SmilChr01G004636 Chr01 NC_080387.1:64378651-64378665promoter 内 3405-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 64379247-64380035(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGCCTAACTCTGAA
SmilChr03G004528 Chr03 NC_080389.1:63326334-63326348promoter 内 3180-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 63327155-63332864(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATATTT