转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 46 / 142 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004750 Chr01 NC_080387.1:65678898-65678912promoter 内 605-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 65682294-65684219(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr05G003053 Chr05 NC_080391.1:38319518-38319532promoter 内 581-595 bp + 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 38314372-38316112(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr04G002813 Chr04 NC_080390.1:44149648-44149662promoter 内 575-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44144692-44146236(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr01G002120 Chr01 NC_080387.1:37217288-37217302promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 37220717-37221475(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGGGGTAGGTGGC
SmilChr07G003285 Chr07 NC_080393.1:34589791-34589805promoter 内 571-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34593221-34594768(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTAGTAGGTGGC
SmilChr04G001066 Chr04 NC_080390.1:15262714-15262728promoter 内 554-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15266161-15267114(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCCACCACCAA
SmilChr07G000719 Chr07 NC_080393.1:5008490-5008504promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5004945-5005047(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCCACC
SmilChr03G001399 Chr03 NC_080389.1:16609852-16609866promoter 内 496-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 16604416-16606361(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTCTGGTAGGTGCG
SmilChr08G001599 Chr08 NC_080394.1:13202606-13202620promoter 内 482-496 bp - 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 13206125-13207127(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr07G001167 Chr07 NC_080393.1:8758066-8758080promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 8751528-8754557(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACCTT
SmilChr02G002845 Chr02 NC_080388.1:48590805-48590819promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 48594339-48599625(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGCAGGTAGGTGTA
SmilChr02G001830 Chr02 NC_080388.1:33319568-33319582promoter 内 446-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 33311729-33316027(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGTG
SmilChr07G002002 Chr07 NC_080393.1:17756383-17756397promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17759947-17760903(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTTCCC
SmilChr05G004265 Chr05 NC_080391.1:56446975-56446989promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56439176-56443407(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTGTA
SmilChr06G002337 Chr06 NC_080392.1:33916180-33916194promoter 内 411-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 33919770-33920362(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCGCGGTAGGTAGA
SmilChr01G000924 Chr01 NC_080387.1:19579397-19579411promoter 内 384-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 19583014-19583887(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCACCAC
SmilChr01G005883 Chr01 NC_080387.1:74761265-74761279promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74756461-74757655(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G002067 Chr02 NC_080388.1:37224345-37224359promoter 内 274-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 37220526-37220632(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCATGGTAGGTGGA
SmilChr05G003054 Chr05 NC_080391.1:38319518-38319532promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 38323314-38323796(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr01G003570 Chr01 NC_080387.1:54278258-54278272promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 54266905-54274470(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGTGGTAGTTGTG
SmilChr05G002720 Chr05 NC_080391.1:31303685-31303699promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31307491-31308244(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAAGTTAGGTGGA
SmilChr07G004573 Chr07 NC_080393.1:58514316-58514330promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 58518127-58521008(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGCTAG
SmilChr04G003043 Chr04 NC_080390.1:46942311-46942325promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 46946129-46948705(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr07G004382 Chr07 NC_080393.1:56370119-56370133promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56373937-56461533(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr05G000870 Chr05 NC_080391.1:6894404-6894418promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 6888764-6890560(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr07G002944 Chr07 NC_080393.1:29822516-29822530promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29826380-29826887(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAAAGGTAGGTGGG
SmilChr07G004173 Chr07 NC_080393.1:53682664-53682678promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53672621-53678812(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66836873-66836887promoter 内 104-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 66831346-66832990(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCATACT
SmilChr08G001782 Chr08 NC_080394.1:15022965-15022979promoter 内 103-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 15026863-15027974(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr05G002351 Chr05 NC_080391.1:25486475-25486489promoter 内 85-99 bp - 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 25490391-25491773(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr04G003172 Chr04 NC_080390.1:48393772-48393786promoter 内 76-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 48387346-48389861(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACCACCACCAC
SmilChr04G000929 Chr04 NC_080390.1:12093902-12093916promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12097831-12098751(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr01G001146 Chr01 NC_080387.1:23423409-23423423promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 23423453-23426160(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACTCA
SmilChr08G003457 Chr08 NC_080394.1:37056658-37056672promoter 内 3874-3888 bp - 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 37054589-37056545(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr07G004425 Chr07 NC_080393.1:56848181-56848195promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 56848343-56851029(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCC
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65103552-65103566promoter 内 2531-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 65099193-65102096(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGGAGTTAGGTGGA
SmilChr01G002371 Chr01 NC_080387.1:40904796-40904810promoter 内 1853-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 40893647-40902662(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTT
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