转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 47 / 146 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005306 Chr01 NC_080387.1:70324653-70324666promoter 内 3871-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 70324783-70325698(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAACCA
SmilChr04G001692 Chr04 NC_080390.1:27965400-27965413promoter 内 3856-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 27958312-27965268(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGCAGTCAACGCC
SmilChr04G003767 Chr04 NC_080390.1:53897966-53897979promoter 内 3391-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53898576-53900830(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGAGGGTCAACGCC
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68661108-68661121promoter 内 3041-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 68658631-68660161(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACTGTTGACTTCTG
SmilChr04G000080 Chr04 NC_080390.1:720706-720719promoter 内 2686-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 722021-725426(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGGTTGACTTCAT
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17596788-17596801promoter 内 2397-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17594313-17595197(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAGAGTCAACCAC
SmilChr01G004733 Chr01 NC_080387.1:65509729-65509742promoter 内 2138-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 65511592-65513149(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGAAGTCAACACG
SmilChr04G000287 Chr04 NC_080390.1:2661211-2661224promoter 内 1945-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 2663267-2664339(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGGA
SmilChr04G001939 Chr04 NC_080390.1:31505618-31505631promoter 内 1697-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 31501114-31503327(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAACCA
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43362854-43362867promoter 内 1522-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 43353388-43360388(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAAGGA
SmilChr04G000078 Chr04 NC_080390.1:720706-720719promoter 内 1256-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 715016-717974(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAACCAC
SmilChr02G001892 Chr02 NC_080388.1:34224873-34224886promoter 内 1146-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 34227728-34230415(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAACATG
SmilChr01G000562 Chr01 NC_080387.1:11670254-11670267promoter 内 836-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 11666755-11667102(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCGGTTGACTTCGT
SmilChr02G000052 Chr02 NC_080388.1:701665-701678promoter 内 791-804 bp - 3197 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 694513-698468(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAGTTGACTTGTA
SmilChr02G000168 Chr02 NC_080388.1:2170471-2170484promoter 内 789-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 2173683-2177646(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAGTTGACTTGTA
SmilChr02G003328 Chr02 NC_080388.1:54538107-54538120promoter 内 768-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 54528113-54534887(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGGTTGACTATGA
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5053362-5053375promoter 内 744-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 5046979-5050118(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCGTTGACCTCTC
SmilChr03G001475 Chr03 NC_080389.1:17719530-17719543promoter 内 479-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 17712300-17716021(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGAAGTCAACCTC
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52571184-52571197promoter 内 384-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 52562027-52567580(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCTTTGACTTTGA
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37155073-37155086promoter 内 349-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 37148586-37151434(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAATAGTCAACCAT
SmilChr04G001637 Chr04 NC_080390.1:27178702-27178715promoter 内 284-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 27174147-27174998(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATGTTGACTTTGT
SmilChr03G003800 Chr03 NC_080389.1:57076482-57076495promoter 内 3948-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57060998-57076442(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTAGTTGACTTATC
SmilChr03G003790 Chr03 NC_080389.1:57002348-57002361promoter 内 3942-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 56993332-57002302(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTAGTTGACTTATC
SmilChr02G001155 Chr02 NC_080388.1:21057249-21057262promoter 内 3936-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21054991-21057197(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAACCA
SmilChr04G003747 Chr04 NC_080390.1:53756824-53756837promoter 内 3910-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53756915-53766766(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAATAC
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59204413-59204426promoter 内 3902-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGGTTGACTTGTT
SmilChr04G003851 Chr04 NC_080390.1:54492095-54492108promoter 内 3897-3910 bp + 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54492199-54495611(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGGGTTGACTTGAC
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59204413-59204426promoter 内 3680-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AACAAGTCAACCTA
SmilChr04G003874 Chr04 NC_080390.1:54625448-54625461promoter 内 3265-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54626184-54626269(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGTTTGACTTTTG
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18500171-18500184promoter 内 2919-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGTTTGACTTTTG
SmilChr04G004057 Chr04 NC_080390.1:55720040-55720053promoter 内 2850-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55716952-55718902(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAAACCC
SmilChr01G001301 Chr01 NC_080387.1:25923499-25923512promoter 内 2780-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 25924720-25928691(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTATTTGACTTTTG
SmilChr02G000467 Chr02 NC_080388.1:6301553-6301566promoter 内 2674-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6297501-6300239(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTTTAT
SmilChr03G000807 Chr03 NC_080389.1:9230976-9230989promoter 内 2537-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9232440-9236815(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAATCC
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54757134-54757147promoter 内 2328-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGATTTGACTTTGT
SmilChr01G005136 Chr01 NC_080387.1:69158243-69158256promoter 内 2306-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 69154295-69156561(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCTTTGACTTTGA
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