转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 48 / 119 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003850 Chr01 NC_080387.1:56799088-56799097promoter 内 1476-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56795583-56796572(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G002153 Chr01 NC_080387.1:37533144-37533153promoter 内 1402-1411 bp + 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37529358-37530554(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr02G003253 Chr02 NC_080388.1:53823552-53823561promoter 内 1393-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53826160-53831016(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr02G003033 Chr02 NC_080388.1:51030741-51030750promoter 内 1387-1396 bp + 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51033355-51037290(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr02G002717 Chr02 NC_080388.1:47008548-47008557promoter 内 1358-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47011191-47012495(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr02G002738 Chr02 NC_080388.1:47317663-47317672promoter 内 1280-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47313509-47314951(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr02G000774 Chr02 NC_080388.1:12719464-12719473promoter 内 1276-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12714141-12716748(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr02G002072 Chr02 NC_080388.1:37303757-37303766promoter 内 1193-1202 bp + 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37306565-37312550(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76068718-76068727promoter 内 1183-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 76071536-76075726(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16231963-16231972promoter 内 993-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16234971-16238879(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr02G001679 Chr02 NC_080388.1:31022536-31022545promoter 内 978-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 31017863-31019522(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G003455 Chr01 NC_080387.1:53119296-53119305promoter 内 970-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53122327-53123880(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G003262 Chr01 NC_080387.1:51316104-51316113promoter 内 918-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51319187-51320931(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G005521 Chr01 NC_080387.1:72014608-72014617promoter 内 892-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 72017717-72021112(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G003263 Chr02 NC_080388.1:53923216-53923225promoter 内 868-877 bp - 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53917226-53920092(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr01G005197 Chr01 NC_080387.1:69656644-69656653promoter 内 852-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69652794-69653504(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G005692 Chr01 NC_080387.1:73201615-73201624promoter 内 852-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 73197240-73198475(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G003004 Chr01 NC_080387.1:49039149-49039158promoter 内 673-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49027842-49035830(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G002822 Chr02 NC_080388.1:48333167-48333176promoter 内 643-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 48336525-48342033(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G004084 Chr01 NC_080387.1:59263123-59263132promoter 内 622-631 bp + 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 59257511-59259753(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G001527 Chr02 NC_080388.1:28397423-28397432promoter 内 525-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28400899-28404000(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr01G005461 Chr01 NC_080387.1:71627070-71627079promoter 内 433-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71618637-71623511(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G001269 Chr02 NC_080388.1:23250938-23250947promoter 内 433-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 23246512-23247379(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr01G005181 Chr01 NC_080387.1:69529801-69529810promoter 内 331-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69533471-69535820(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G002580 Chr01 NC_080387.1:43944580-43944589promoter 内 304-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43928311-43940892(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr01G005175 Chr01 NC_080387.1:69488294-69488303promoter 内 259-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69492036-69501572(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G004689 Chr01 NC_080387.1:64928617-64928626promoter 内 235-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64932383-64934344(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71912238-71912247promoter 内 228-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA
SmilChr01G003508 Chr01 NC_080387.1:53662604-53662613promoter 内 177-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53666428-53671839(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr02G000362 Chr02 NC_080388.1:4660590-4660599promoter 内 141-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4652574-4656739(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G005159 Chr01 NC_080387.1:69350858-69350867promoter 内 99-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69354760-69355445(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33664896-33664905promoter 内 99-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33657329-33661003(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr01G002287 Chr01 NC_080387.1:39666763-39666772promoter 内 66-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39670698-39674128(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G000186 Chr02 NC_080388.1:2342177-2342186promoter 内 61-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2346117-2348603(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr02G000260 Chr02 NC_080388.1:3332971-3332980promoter 内 56-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3336916-3346337(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G003692 Chr01 NC_080387.1:55297043-55297052promoter 内 52-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55288840-55293103(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G002956 Chr02 NC_080388.1:50098235-50098244promoter 内 664-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 7 50093535-50094907(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTATGATTGG
SmilChr01G003769 Chr01 NC_080387.1:56054971-56054980promoter 内 1389-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 56050375-56052368(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr02G002960 Chr02 NC_080388.1:50133399-50133408promoter 内 3663-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 50133737-50134500(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G005660 Chr01 NC_080387.1:72940243-72940252promoter 内 2813-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 72941431-72945167(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAGTGATTGG
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:545863-545872promoter 内 2699-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 543996-544570(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G003294 Chr01 NC_080387.1:51633957-51633966promoter 内 2382-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 51635576-51642970(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr02G002164 Chr02 NC_080388.1:38858853-38858862promoter 内 1462-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 38861392-38862396(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G002166 Chr02 NC_080388.1:38868214-38868223promoter 内 1462-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 38870753-38871757(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr01G004151 Chr01 NC_080387.1:60037640-60037649promoter 内 229-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 60041412-60047436(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G004416 Chr01 NC_080387.1:62301422-62301431promoter 内 32-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 62305391-62306368(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTG
SmilChr01G003099 Chr01 NC_080387.1:49797488-49797497promoter 内 3776-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 49797713-49799255(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACTC
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13516467-13516476promoter 内 3414-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 13514420-13515889(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAG
SmilChr02G002961 Chr02 NC_080388.1:50133399-50133408promoter 内 2739-2748 bp + 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 50134661-50136384(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA
SmilChr02G000050 Chr02 NC_080388.1:667226-667235promoter 内 2653-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 668574-669670(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CAATGATTGA