转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 48 / 138 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003168 Chr02 NC_080388.1:52708901-52708911promoter 内 1486-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 52703178-52706396(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGCC
SmilChr01G000777 Chr01 NC_080387.1:16891642-16891652promoter 内 1051-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 16887178-16888702(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr03G000627 Chr03 NC_080389.1:6947721-6947731promoter 内 3434-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 6945909-6947164(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr02G001981 Chr02 NC_080388.1:35751749-35751759promoter 内 3147-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 35748952-35750905(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACGCT
SmilChr03G001163 Chr03 NC_080389.1:13405081-13405091promoter 内 3078-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 13406004-13406750(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1704221-1704231promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1705286-1708522(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTTT
SmilChr01G000749 Chr01 NC_080387.1:16567498-16567508promoter 内 2419-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 16569080-16570541(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AACCGTACATA
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60395735-60395745promoter 内 2321-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 60390848-60394065(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AACCGTACATA
SmilChr01G005598 Chr01 NC_080387.1:72592273-72592283promoter 内 2092-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72589418-72590374(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGCC
SmilChr02G001519 Chr02 NC_080388.1:28317283-28317293promoter 内 1987-1997 bp + 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 28309806-28315279(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr02G001521 Chr02 NC_080388.1:28317286-28317296promoter 内 1910-1920 bp - 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 28319377-28325595(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr03G002702 Chr03 NC_080389.1:42982575-42982585promoter 内 1831-1841 bp - 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 42980343-42980415(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr01G000826 Chr01 NC_080387.1:17804145-17804155promoter 内 1549-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 17795788-17801703(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTTT
SmilChr02G004855 Chr02 NC_080388.1:70708746-70708756promoter 内 1487-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70702516-70706242(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAACGTACAAC
SmilChr01G000555 Chr01 NC_080387.1:11576201-11576211promoter 内 1483-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 11571615-11573693(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAACGTACAAC
SmilChr01G004958 Chr01 NC_080387.1:67676030-67676040promoter 内 1461-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 67678570-67681247(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTTT
SmilChr03G002497 Chr03 NC_080389.1:39762959-39762969promoter 内 1324-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 39758229-39760292(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr02G002907 Chr02 NC_080388.1:49378231-49378241promoter 内 1159-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 49381073-49385561(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAACGTACAAC
SmilChr01G003784 Chr01 NC_080387.1:56224542-56224552promoter 内 895-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 56219347-56221446(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GATGTACGGCG
SmilChr01G005597 Chr01 NC_080387.1:72592273-72592283promoter 内 895-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72585811-72589177(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGCC
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6947721-6947731promoter 内 831-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 6936230-6944561(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr01G005712 Chr01 NC_080387.1:73334320-73334330promoter 内 821-831 bp + 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 73337500-73338856(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GATGTACGGCG
SmilChr02G004831 Chr02 NC_080388.1:70429203-70429213promoter 内 793-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70416876-70426005(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTCT
SmilChr02G001515 Chr02 NC_080388.1:28265915-28265925promoter 内 758-768 bp + 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 28260562-28262682(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AACCGTACATA
SmilChr02G004682 Chr02 NC_080388.1:69142433-69142443promoter 内 538-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 69138544-69138980(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGACGTACAAT
SmilChr01G003776 Chr01 NC_080387.1:56155568-56155578promoter 内 504-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 56159065-56164280(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr02G005232 Chr02 NC_080388.1:73515044-73515054promoter 内 3990-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 73515055-73516164(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr01G001824 Chr01 NC_080387.1:33187110-33187120promoter 内 3982-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 33184536-33187101(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr01G002805 Chr01 NC_080387.1:46593800-46593810promoter 内 3954-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46593847-46601851(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGACGTACAAT
SmilChr01G003598 Chr01 NC_080387.1:54543652-54543662promoter 内 3915-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54539759-54543576(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTACGTACAAA
SmilChr03G003867 Chr03 NC_080389.1:57772148-57772158promoter 内 3894-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 57772255-57776059(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACGTG
SmilChr01G004304 Chr01 NC_080387.1:61221365-61221375promoter 内 3874-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 61221492-61227244(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTTT
SmilChr03G000886 Chr03 NC_080389.1:10114156-10114166promoter 内 3824-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 10111702-10113989(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTTT
SmilChr03G002986 Chr03 NC_080389.1:46687440-46687450promoter 内 3807-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46684796-46687256(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACAGA
SmilChr02G003631 Chr02 NC_080388.1:57657062-57657072promoter 内 3793-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 57650555-57656864(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGTAC
SmilChr02G004475 Chr02 NC_080388.1:67139752-67139762promoter 内 3792-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 67139480-67139553(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GAGGTACGGAT
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