转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 49 / 143 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002863 Chr08 NC_080394.1:28461791-28461810promoter 内 862-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28456742-28458671(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTTTTTTTGTCTTTTCATA
SmilChr07G000191 Chr07 NC_080393.1:1210619-1210638promoter 内 828-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1204585-1207465(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTAAACGACAAGACTTAT
SmilChr07G002946 Chr07 NC_080393.1:29831895-29831914promoter 内 824-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29835072-29836095(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGCTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr07G002955 Chr07 NC_080393.1:30021418-30021437promoter 内 823-842 bp + 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30017000-30018259(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGAAAATGACAAAAGCATT
SmilChr04G003679 Chr04 NC_080390.1:53240565-53240584promoter 内 811-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53243755-53246436(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTCAAAATGACAAAAATTGA
SmilChr02G004070 Chr02 NC_080388.1:62990966-62990985promoter 内 668-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62985067-62987652(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCAATTTTGTAGTTTTCTG
SmilChr03G000403 Chr03 NC_080389.1:4395089-4395108promoter 内 589-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4391247-4391696(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGAAAAGACAAAAAAAAG
SmilChr07G004562 Chr07 NC_080393.1:58432262-58432281promoter 内 585-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58435678-58437433(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAACAAGACAAAAGACAC
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36618784-36618803promoter 内 571-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAACGGACAAAAAATAA
SmilChr01G001620 Chr01 NC_080387.1:30306565-30306584promoter 内 560-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30300687-30303143(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAAAATGACAAAAATAGA
SmilChr03G000187 Chr03 NC_080389.1:2021963-2021982promoter 内 518-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2025446-2028158(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGCTTTTTGTCGTGTTTGG
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12193458-12193477promoter 内 469-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12196990-12199512(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATGATTTTGTCCTTTTTTT
SmilChr03G003419 Chr03 NC_080389.1:52540823-52540842promoter 内 452-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52531900-52537293(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTTTTAAAG
SmilChr08G001375 Chr08 NC_080394.1:10957835-10957854promoter 内 424-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10961412-10964417(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATAAAATGACAAAAATAAA
SmilChr05G000931 Chr05 NC_080391.1:7458057-7458076promoter 内 142-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7461916-7463379(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTATTTTTGTCCCTTTTCG
SmilChr01G002621 Chr01 NC_080387.1:44479799-44479818promoter 内 54-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44483746-44489744(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATTTTTTTGTCTTTTCTTA
SmilChr03G002379 Chr03 NC_080389.1:37546094-37546113promoter 内 46-65 bp - 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37550049-37551242(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAATAAAAGACAAAAATTGA
SmilChr01G001900 Chr01 NC_080387.1:34112036-34112055promoter 内 7-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34102664-34108061(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAATTTTGTCTTATTCCT
SmilChr02G005248 Chr02 NC_080388.1:73631796-73631815promoter 内 2413-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 73633384-73638666(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATTTTTTTGTCTCCTTTTG
SmilChr07G002190 Chr07 NC_080393.1:20121080-20121099promoter 内 2240-2259 bp + 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 20118416-20119338(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCTAAAAGACAAAAGCATT
SmilChr02G003642 Chr02 NC_080388.1:57773538-57773557promoter 内 3979-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57770884-57773535(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAATGCGACAAAATAATC
SmilChr05G001243 Chr05 NC_080391.1:10550735-10550754promoter 内 3800-3819 bp - 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10550936-10553861(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAAAAAAACAAAACAATA
SmilChr02G003643 Chr02 NC_080388.1:57773538-57773557promoter 内 3641-3660 bp + 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57773898-57775283(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTATTTTGTCGCATTGTG
SmilChr02G005561 Chr02 NC_080388.1:75545899-75545918promoter 内 3467-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 75546433-75548590(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGAAAATGACAAAAAAATC
SmilChr05G000772 Chr05 NC_080391.1:6019481-6019500promoter 内 3403-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6020079-6026571(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATCTTTTGTCTTATTCTA
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8259909-8259928promoter 内 3389-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 8260521-8264195(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTGTTTTGTCCTTTTGGC
SmilChr07G002813 Chr07 NC_080393.1:28170129-28170148promoter 内 3181-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 28170949-28172671(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTTGTGGTG
SmilChr05G000050 Chr05 NC_080391.1:232136-232155promoter 内 2951-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 233186-234304(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTTTACGACAAAAAATAA
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57477770-57477789promoter 内 2931-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57478840-57479592(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCAAAATGACAAAAATAAA
SmilChr08G003188 Chr08 NC_080394.1:32632965-32632984promoter 内 2898-2917 bp - 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 32625505-32631881(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGTCATTTTGAT
SmilChr08G004366 Chr08 NC_080394.1:53394206-53394225promoter 内 2560-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53395647-53401688(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAAATTTGTCATTTTCTG
SmilChr07G000919 Chr07 NC_080393.1:6560175-6560194promoter 内 2293-2312 bp + 1689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6561883-6564304(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATATTATTTGTCGTATCCTG
SmilChr03G004587 Chr03 NC_080389.1:63718366-63718385promoter 内 1714-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 63714468-63716098(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACCATTTTGTCATTTTCCT
SmilChr05G000467 Chr05 NC_080391.1:3520927-3520946promoter 内 1713-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 3523215-3526859(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAAAACAAAAAACAA
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57477770-57477789promoter 内 1386-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57480385-57485705(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCAAAATGACAAAAATAAA
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SmilChr05G002785 Chr05 NC_080391.1:32559651-32559670promoter 内 1325-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 32555729-32556994(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAAGATGACAAAATGAAG
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SmilChr02G005562 Chr02 NC_080388.1:75545899-75545918promoter 内 445-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 75549455-75554805(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACGAAAATGACAAAAAAATC
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