转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 5 / 160 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001813 Chr01 NC_080387.1:33081486-33081496promoter 内 1301-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 33084186-33088888(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTCA
SmilChr03G000566 Chr03 NC_080389.1:6173901-6173911promoter 内 1289-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 6176613-6177715(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATA
SmilChr07G000288 Chr07 NC_080393.1:1866814-1866824promoter 内 1233-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 1863318-1864056(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGAGACGGTTA
SmilChr02G004615 Chr02 NC_080388.1:68662205-68662215promoter 内 1209-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 68664997-68666698(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr04G003765 Chr04 NC_080390.1:53886954-53886964promoter 内 1196-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 53889759-53893102(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr07G001197 Chr07 NC_080393.1:9091499-9091509promoter 内 1127-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 9094373-9094489(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAACT
SmilChr01G004054 Chr01 NC_080387.1:58979961-58979971promoter 内 1088-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 58982874-58984511(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr01G004706 Chr01 NC_080387.1:65161720-65161730promoter 内 979-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 65164742-65166444(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr01G000051 Chr01 NC_080387.1:827847-827857promoter 内 936-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 823676-824792(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr05G000450 Chr05 NC_080391.1:3421358-3421368promoter 内 899-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 3413634-3418266(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTCA
SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44040085-44040095promoter 内 888-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 44035273-44036982(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr07G003053 Chr07 NC_080393.1:31854483-31854493promoter 内 867-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 31857617-31862524(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50733264-50733274promoter 内 862-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66205330-66205340promoter 内 831-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 66208500-66209420(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr07G002807 Chr07 NC_080393.1:28079110-28079120promoter 内 817-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 28074912-28075936(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr05G002010 Chr05 NC_080391.1:20806137-20806147promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 20809339-20811790(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr02G002268 Chr02 NC_080388.1:40135065-40135075promoter 内 749-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 40138317-40141219(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTA
SmilChr08G002607 Chr08 NC_080394.1:25449302-25449312promoter 内 731-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 25435501-25446042(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr02G003273 Chr02 NC_080388.1:54007162-54007172promoter 内 700-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 54010463-54013641(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr03G004406 Chr03 NC_080389.1:62229857-62229867promoter 内 667-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 62224399-62226533(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATA
SmilChr03G004389 Chr03 NC_080389.1:62093260-62093270promoter 内 664-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 62087818-62089933(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATA
SmilChr02G001696 Chr02 NC_080388.1:31235836-31235846promoter 内 617-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 31239220-31241502(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62808165-62808175promoter 内 602-612 bp + 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr06G002939 Chr06 NC_080392.1:42211591-42211601promoter 内 575-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 42215017-42219030(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAACT
SmilChr04G002148 Chr04 NC_080390.1:34542867-34542877promoter 内 573-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 34536550-34539449(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAATA
SmilChr04G001554 Chr04 NC_080390.1:25736307-25736317promoter 内 548-558 bp + 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 25730226-25732864(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7412471-7412481promoter 内 491-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 7405691-7408971(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAAA
SmilChr07G001340 Chr07 NC_080393.1:10369037-10369047promoter 内 473-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 10372565-10374035(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr04G002120 Chr04 NC_080390.1:34192672-34192682promoter 内 469-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 34196204-34199247(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGTTACGGTTA
SmilChr03G004752 Chr03 NC_080389.1:64605478-64605488promoter 内 455-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 64596683-64601942(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGAGACGGTTA
SmilChr06G001036 Chr06 NC_080392.1:10279218-10279228promoter 内 450-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 10274597-10275677(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr03G003303 Chr03 NC_080389.1:51222384-51222394promoter 内 448-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 51217388-51218841(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr05G001479 Chr05 NC_080391.1:13562184-13562194promoter 内 434-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 13565751-13571047(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr03G004179 Chr03 NC_080389.1:60517828-60517838promoter 内 415-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 60521414-60523245(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGTTACGGTTA
SmilChr02G005311 Chr02 NC_080388.1:74001231-74001241promoter 内 358-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 74004874-74006424(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTA
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54575653-54575663promoter 内 353-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGAGACGGTTA
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