转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 5 / 138 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001672 Chr02 NC_080388.1:30987651-30987663promoter 内 1401-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 30984290-30985063(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTGA
SmilChr01G004164 Chr01 NC_080387.1:60129840-60129852promoter 内 773-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60133068-60134915(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr01G003977 Chr01 NC_080387.1:58225998-58226010promoter 内 715-727 bp + 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 58229284-58236430(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTGA
SmilChr01G002292 Chr01 NC_080387.1:39750174-39750186promoter 内 691-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 39753484-39761977(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr03G003122 Chr03 NC_080389.1:48384960-48384972promoter 内 636-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 48379685-48381607(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTGA
SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76758740-76758752promoter 内 407-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 76762334-76763963(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGCA
SmilChr01G005038 Chr01 NC_080387.1:68334886-68334898promoter 内 322-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 68327239-68331219(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTAGA
SmilChr01G002602 Chr01 NC_080387.1:44224058-44224070promoter 内 242-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 44219221-44220311(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGCA
SmilChr02G000513 Chr02 NC_080388.1:7073478-7073490promoter 内 237-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 7077242-7081611(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACGGA
SmilChr02G003810 Chr02 NC_080388.1:59731221-59731233promoter 内 233-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 59726684-59727465(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCA
SmilChr02G002220 Chr02 NC_080388.1:39473782-39473794promoter 内 3176-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 39474607-39477573(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACGCA
SmilChr03G001103 Chr03 NC_080389.1:12695577-12695589promoter 内 2064-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 12691818-12693652(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAACGCT
SmilChr03G002262 Chr03 NC_080389.1:35611655-35611667promoter 内 37-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 35615619-35619293(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTGA
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7885988-7886000promoter 内 3605-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 7878409-7885604(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTTTT
SmilChr01G006014 Chr01 NC_080387.1:75730677-75730689promoter 内 3516-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 75731162-75732955(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTGA
SmilChr03G001680 Chr03 NC_080389.1:22082988-22083000promoter 内 3362-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 22076687-22082361(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACCGTC
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53976331-53976343promoter 内 3333-3345 bp + 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 53976999-53978814(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCGTA
SmilChr03G003141 Chr03 NC_080389.1:48629053-48629065promoter 内 2977-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 48627339-48628041(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGCA
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28674088-28674100promoter 内 2522-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 28672181-28672621(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCATC
SmilChr03G004266 Chr03 NC_080389.1:61144623-61144635promoter 内 2282-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 61138318-61142916(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCAAT
SmilChr02G002185 Chr02 NC_080388.1:39064910-39064922promoter 内 2170-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 39059722-39063091(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCAGTCAACGGT
SmilChr01G003044 Chr01 NC_080387.1:49426915-49426927promoter 内 1979-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 49421625-49424905(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTGA
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58245731-58245743promoter 内 1686-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 58248046-58251686(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTA
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62916696-62916708promoter 内 1178-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 62910499-62913885(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCATC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28674088-28674100promoter 内 1162-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 28676927-28682190(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGCA
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7885988-7886000promoter 内 765-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 7889224-7889565(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACGGA
SmilChr03G000475 Chr03 NC_080389.1:5053504-5053516promoter 内 603-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 5046979-5050118(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGCGTTGACCATC
SmilChr01G005783 Chr01 NC_080387.1:73940291-73940303promoter 内 175-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 73928699-73936477(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACGCT
SmilChr03G003318 Chr03 NC_080389.1:51410324-51410336promoter 内 3-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 51414322-51422102(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTTGA
SmilChr02G004153 Chr02 NC_080388.1:63839077-63839089promoter 内 3680-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 63839398-63842477(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTATA
SmilChr02G000593 Chr02 NC_080388.1:8492514-8492526promoter 内 3037-3049 bp - 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 8493478-8565262(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAGGTCAACGGA
SmilChr03G002162 Chr03 NC_080389.1:33658339-33658351promoter 内 3035-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33654944-33657385(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGCA
SmilChr02G004072 Chr02 NC_080388.1:63008175-63008187promoter 内 2985-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 63005876-63007171(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGCA
SmilChr02G003038 Chr02 NC_080388.1:51095555-51095567promoter 内 2743-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 51096813-51098669(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTAG
SmilChr02G003147 Chr02 NC_080388.1:52486844-52486856promoter 内 2724-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 52483738-52485579(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTAG
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65566657-65566669promoter 内 2622-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACTTTT
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SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14602517-14602529promoter 内 2579-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 14598107-14601107(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACCCTG