转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 50 / 135 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003729 Chr01 NC_080387.1:55595406-55595420promoter 内 1102-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 55598305-55600228(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATATTATCCTC
SmilChr02G001680 Chr02 NC_080388.1:31029009-31029023promoter 内 1014-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 31023295-31026036(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATATTATCCTC
SmilChr03G000177 Chr03 NC_080389.1:1911870-1911884promoter 内 731-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 1915140-1916637(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATTCCTTATCCCT
SmilChr03G002449 Chr03 NC_080389.1:38878715-38878729promoter 内 583-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 38874068-38875311(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAAGTCTTATCCTA
SmilChr01G000483 Chr01 NC_080387.1:9894879-9894893promoter 内 532-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 9898348-9899628(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAACATT
SmilChr01G004074 Chr01 NC_080387.1:59181502-59181516promoter 内 507-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 59176511-59178022(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAATG
SmilChr02G001333 Chr02 NC_080388.1:24781899-24781913promoter 内 502-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 24785398-24787724(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAGCCTTATCTAT
SmilChr01G006060 Chr01 NC_080387.1:76051936-76051950promoter 内 396-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 76046944-76048345(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGCTGAA
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39233943-39233957promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 39230132-39230204(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTACCCCTTATCCTC
SmilChr01G004685 Chr01 NC_080387.1:64927906-64927920promoter 内 136-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 64921586-64924055(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGAACCTTATCAAA
SmilChr03G002098 Chr03 NC_080389.1:32446270-32446284promoter 内 3939-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32446332-32448539(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGGGGTG
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46983717-46983731promoter 内 3914-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATTCCTTATCTTT
SmilChr03G000813 Chr03 NC_080389.1:9305538-9305552promoter 内 3829-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 9305710-9308869(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTACCTTATCATT
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8461926-8461940promoter 内 3810-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8462117-8462620(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATACACCTTATCCAG
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22863795-22863809promoter 内 3780-3794 bp - 207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCTCCTTATCTCT
SmilChr03G000071 Chr03 NC_080389.1:869788-869802promoter 内 3764-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 870025-871029(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTATGG
SmilChr03G000562 Chr03 NC_080389.1:6106538-6106552promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6106818-6107890(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACATCCTTATCATT
SmilChr01G005120 Chr01 NC_080387.1:68997106-68997120promoter 内 3716-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68996026-68996835(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACATCCTTATCATT
SmilChr01G002165 Chr01 NC_080387.1:37734738-37734752promoter 内 3667-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37730155-37734418(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCTCCTTATCAAA
SmilChr02G004585 Chr02 NC_080388.1:68343393-68343407promoter 内 3632-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68343762-68346106(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGATAAA
SmilChr01G002250 Chr01 NC_080387.1:39125429-39125443promoter 内 3411-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39124182-39124853(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGTAAAA
SmilChr01G003710 Chr01 NC_080387.1:55454344-55454358promoter 内 3268-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55455077-55458590(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAATATTATCCTC
SmilChr03G000398 Chr03 NC_080389.1:4342625-4342639promoter 内 3249-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4340710-4341887(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACGACGAC
SmilChr02G003186 Chr02 NC_080388.1:53003893-53003907promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53001275-53002920(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGAATGA
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65518724-65518738promoter 内 2986-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGGCTATT
SmilChr02G000032 Chr02 NC_080388.1:392203-392217promoter 内 2969-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 393235-397954(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGGCCTTATCCAC
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4154096-4154110promoter 内 2949-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4150391-4153058(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTAACCTTATCACC
SmilChr03G000373 Chr03 NC_080389.1:4168618-4168632promoter 内 2949-2963 bp - 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4164639-4167580(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTAACCTTATCACC
SmilChr03G002563 Chr03 NC_080389.1:40836070-40836084promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40832043-40834936(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCATCCTTATCACC
SmilChr01G005693 Chr01 NC_080387.1:73210494-73210508promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73205725-73209304(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACCTTCTTATCCTT
SmilChr01G000290 Chr01 NC_080387.1:5677313-5677327promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5678597-5681222(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGAATCCTTATCTCA
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23861630-23861644promoter 内 2716-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACATTCTTATCCCT
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76051936-76051950promoter 内 2619-2633 bp + 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAGCCTTATCTTT
SmilChr01G004951 Chr01 NC_080387.1:67594372-67594386promoter 内 2547-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 67590086-67592932(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGATTGCA
SmilChr02G004189 Chr02 NC_080388.1:64221611-64221625promoter 内 2461-2475 bp + 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64203209-64220085(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAAGAG
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75138628-75138642promoter 内 2434-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75140195-75145256(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTCCTTATCATC
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