转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 50 / 158 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003692 Chr05 NC_080391.1:50031663-50031670promoter 内 1654-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 50034010-50035487(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G005526 Chr02 NC_080388.1:75330560-75330567promoter 内 1650-1657 bp + 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 75327165-75328216(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G004196 Chr03 NC_080389.1:60603945-60603952promoter 内 1647-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 60606299-60608585(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49299264-49299271promoter 内 1643-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 49291554-49296913(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G002958 Chr06 NC_080392.1:42391004-42391011promoter 内 1637-1644 bp + 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 42385067-42388647(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G002194 Chr03 NC_080389.1:34547015-34547022promoter 内 1633-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 34541585-34544654(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G001313 Chr04 NC_080390.1:20981930-20981937promoter 内 1617-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 20984314-20991633(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G001445 Chr02 NC_080388.1:27128233-27128240promoter 内 1614-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 27124147-27125853(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G000881 Chr06 NC_080392.1:8378002-8378009promoter 内 1605-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 8373926-8375613(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G003005 Chr03 NC_080389.1:46885945-46885952promoter 内 1592-1599 bp + 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 46888354-46891150(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G001789 Chr01 NC_080387.1:32749571-32749578promoter 内 1587-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 32751985-32754320(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G001565 Chr03 NC_080389.1:19789739-19789746promoter 内 1575-1582 bp - 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 19787214-19787320(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G004664 Chr03 NC_080389.1:64115182-64115189promoter 内 1569-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 64108932-64112757(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G005994 Chr01 NC_080387.1:75535196-75535203promoter 内 1555-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 75537642-75537748(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G003341 Chr07 NC_080393.1:35805272-35805279promoter 内 1536-1543 bp - 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 35807737-35808704(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G004520 Chr01 NC_080387.1:63314501-63314508promoter 内 1529-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 63316973-63324098(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G002469 Chr04 NC_080390.1:39510483-39510490promoter 内 1506-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 39506184-39507995(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G003145 Chr02 NC_080388.1:52484809-52484816promoter 内 1504-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 52478208-52482319(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G000056 Chr07 NC_080393.1:248194-248201promoter 内 1497-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 243818-245697(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G003063 Chr07 NC_080393.1:32036396-32036403promoter 内 1497-1504 bp - 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 32038900-32041591(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G001099 Chr05 NC_080391.1:9150278-9150285promoter 内 1494-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 9152785-9157046(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G005751 Chr01 NC_080387.1:73592341-73592348promoter 内 1490-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 73588147-73589837(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G003463 Chr03 NC_080389.1:53041688-53041695promoter 内 1489-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 53044200-53049585(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G002490 Chr04 NC_080390.1:39781240-39781247promoter 内 1488-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 39783753-39786583(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G001844 Chr07 NC_080393.1:15932532-15932539promoter 内 1484-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 15926847-15930022(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G003339 Chr07 NC_080393.1:35805272-35805279promoter 内 1480-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 35801258-35802758(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G004568 Chr03 NC_080389.1:63591360-63591367promoter 内 1479-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 63593882-63597689(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G002821 Chr06 NC_080392.1:40952244-40952251promoter 内 1478-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 40954767-40956851(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G001051 Chr05 NC_080391.1:8710145-8710152promoter 内 1467-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 8707512-8707618(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G001464 Chr07 NC_080393.1:11490754-11490761promoter 内 1464-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 11487473-11488224(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60044029-60044036promoter 内 1463-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 60033926-60041498(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G000223 Chr06 NC_080392.1:1491656-1491663promoter 内 1461-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 1484076-1489123(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G003529 Chr05 NC_080391.1:47166540-47166547promoter 内 1459-1466 bp - 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 47157888-47164005(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G003332 Chr05 NC_080391.1:43713446-43713453promoter 内 1458-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 43708546-43710910(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G001089 Chr05 NC_080391.1:9081142-9081149promoter 内 1457-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 9083686-9086490(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G000464 Chr02 NC_080388.1:6215694-6215701promoter 内 1449-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 6218246-6218740(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
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