靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00006712-RA_Salv |
SmilChr05G002364 |
WRKY | XP_057809766.1 |
MP00069 |
AGTCAACG |
9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 50 / 158 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr05G003692 |
Chr05 | NC_080391.1:50031663-50031670promoter 内 1654-1661 bp |
- | 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 50034010-50035487(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr02G005526 |
Chr02 | NC_080388.1:75330560-75330567promoter 内 1650-1657 bp |
+ | 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 75327165-75328216(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G004196 |
Chr03 | NC_080389.1:60603945-60603952promoter 内 1647-1654 bp |
- | 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 60606299-60608585(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G003024 |
Chr01 | NC_080387.1:49299264-49299271promoter 内 1643-1650 bp |
- | 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 49291554-49296913(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr06G002958 |
Chr06 | NC_080392.1:42391004-42391011promoter 内 1637-1644 bp |
+ | 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 42385067-42388647(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G002194 |
Chr03 | NC_080389.1:34547015-34547022promoter 内 1633-1640 bp |
- | 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 34541585-34544654(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr04G001313 |
Chr04 | NC_080390.1:20981930-20981937promoter 内 1617-1624 bp |
- | 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 20984314-20991633(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr02G001445 |
Chr02 | NC_080388.1:27128233-27128240promoter 内 1614-1621 bp |
- | 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 27124147-27125853(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr06G000881 |
Chr06 | NC_080392.1:8378002-8378009promoter 内 1605-1612 bp |
- | 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 8373926-8375613(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G003005 |
Chr03 | NC_080389.1:46885945-46885952promoter 内 1592-1599 bp |
+ | 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 46888354-46891150(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr01G001789 |
Chr01 | NC_080387.1:32749571-32749578promoter 内 1587-1594 bp |
+ | 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 32751985-32754320(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G001565 |
Chr03 | NC_080389.1:19789739-19789746promoter 内 1575-1582 bp |
- | 2419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 19787214-19787320(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G004664 |
Chr03 | NC_080389.1:64115182-64115189promoter 内 1569-1576 bp |
- | 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 64108932-64112757(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr01G005994 |
Chr01 | NC_080387.1:75535196-75535203promoter 内 1555-1562 bp |
+ | 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 75537642-75537748(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G003341 |
Chr07 | NC_080393.1:35805272-35805279promoter 内 1536-1543 bp |
- | 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 35807737-35808704(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G004520 |
Chr01 | NC_080387.1:63314501-63314508promoter 内 1529-1536 bp |
+ | 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 63316973-63324098(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr04G002469 |
Chr04 | NC_080390.1:39510483-39510490promoter 内 1506-1513 bp |
- | 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 39506184-39507995(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr02G003145 |
Chr02 | NC_080388.1:52484809-52484816promoter 内 1504-1511 bp |
- | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 52478208-52482319(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G000056 |
Chr07 | NC_080393.1:248194-248201promoter 内 1497-1504 bp |
- | 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 243818-245697(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G003063 |
Chr07 | NC_080393.1:32036396-32036403promoter 内 1497-1504 bp |
- | 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 32038900-32041591(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G001099 |
Chr05 | NC_080391.1:9150278-9150285promoter 内 1494-1501 bp |
+ | 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 9152785-9157046(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr01G005751 |
Chr01 | NC_080387.1:73592341-73592348promoter 内 1490-1497 bp |
- | 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 73588147-73589837(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G003463 |
Chr03 | NC_080389.1:53041688-53041695promoter 内 1489-1496 bp |
- | 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 53044200-53049585(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G002490 |
Chr04 | NC_080390.1:39781240-39781247promoter 内 1488-1495 bp |
+ | 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 39783753-39786583(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G001844 |
Chr07 | NC_080393.1:15932532-15932539promoter 内 1484-1491 bp |
- | 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 15926847-15930022(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G003339 |
Chr07 | NC_080393.1:35805272-35805279promoter 内 1480-1487 bp |
- | 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 35801258-35802758(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G004568 |
Chr03 | NC_080389.1:63591360-63591367promoter 内 1479-1486 bp |
+ | 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 63593882-63597689(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr06G002821 |
Chr06 | NC_080392.1:40952244-40952251promoter 内 1478-1485 bp |
- | 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 40954767-40956851(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G001051 |
Chr05 | NC_080391.1:8710145-8710152promoter 内 1467-1474 bp |
- | 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 8707512-8707618(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G001464 |
Chr07 | NC_080393.1:11490754-11490761promoter 内 1464-1471 bp |
- | 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 11487473-11488224(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr02G003835 |
Chr02 | NC_080388.1:60044029-60044036promoter 内 1463-1470 bp |
+ | 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 60033926-60041498(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr06G000223 |
Chr06 | NC_080392.1:1491656-1491663promoter 内 1461-1468 bp |
+ | 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 1484076-1489123(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G003529 |
Chr05 | NC_080391.1:47166540-47166547promoter 内 1459-1466 bp |
- | 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 47157888-47164005(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G003332 |
Chr05 | NC_080391.1:43713446-43713453promoter 内 1458-1465 bp |
+ | 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 43708546-43710910(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr05G001089 |
Chr05 | NC_080391.1:9081142-9081149promoter 内 1457-1464 bp |
+ | 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 9083686-9086490(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr02G000464 |
Chr02 | NC_080388.1:6215694-6215701promoter 内 1449-1456 bp |
- | 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 6218246-6218740(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr06G001806 |
Chr06 | NC_080392.1:21230476-21230483promoter 内 1448-1455 bp |
- | 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 21233029-21236015(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G001736 |
Chr04 | NC_080390.1:28589185-28589192promoter 内 1443-1450 bp |
- | 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 28591743-28591829(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr01G002161 |
Chr01 | NC_080387.1:37612659-37612666promoter 内 1439-1446 bp |
- | 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 37615221-37618203(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr03G004418 |
Chr03 | NC_080389.1:62347006-62347013promoter 内 1436-1443 bp |
- | 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 62335748-62344448(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G000098 |
Chr05 | NC_080391.1:601459-601466promoter 内 1430-1437 bp |
- | 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 598789-598895(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G003257 |
Chr03 | NC_080389.1:50463554-50463561promoter 内 1429-1436 bp |
+ | 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 50466126-50470681(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr05G001247 |
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+ | 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 10598015-10601637(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr07G001822 |
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- | 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 15718989-15722966(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
SmilChr03G002088 |
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+ | 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 32172941-32176017(-) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G000550 |
Chr04 | NC_080390.1:6143711-6143718promoter 内 1423-1430 bp |
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SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
CGTTGACC |
SmilChr04G003783 |
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+ | 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 53998425-53999929(+) |
SMil_00006712-RA_Salv |
MP00069 |
GGTCAACG |
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+ | 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.8/ 100 | 1 | 74348519-74350578(-) |
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MP00069 |
CGTTGACC |