转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 51 / 119 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18191131-18191141promoter 内 3955-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 18190439-18191095(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr02G004105 Chr02 NC_080388.1:63352169-63352179promoter 内 3941-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 63352229-63361209(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32666582-32666592promoter 内 3911-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32666672-32668220(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54615677-54615687promoter 内 3875-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 54613186-54615561(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76961832-76961842promoter 内 3852-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 76960132-76961693(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GCAAGTCAACA
SmilChr02G003264 Chr02 NC_080388.1:53922651-53922661promoter 内 3780-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 53920424-53922440(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G001445 Chr01 NC_080387.1:28144276-28144286promoter 内 3705-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 28144572-28148054(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr02G003146 Chr02 NC_080388.1:52481529-52481539promoter 内 3595-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 52480406-52481133(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGC
SmilChr02G002121 Chr02 NC_080388.1:37965427-37965437promoter 内 3060-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 37962620-37964496(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G000019 Chr01 NC_080387.1:376134-376144promoter 内 3051-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 373434-375194(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1837489-1837499promoter 内 2671-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1825850-1836169(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTAT
SmilChr02G004021 Chr02 NC_080388.1:62504463-62504473promoter 内 2623-2633 bp - 1368 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 62505841-62511511(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G001867 Chr01 NC_080387.1:33671139-33671149promoter 内 2597-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 33672543-33675933(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr01G004091 Chr01 NC_080387.1:59348539-59348549promoter 内 2041-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 59350499-59351367(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr01G001519 Chr01 NC_080387.1:29109891-29109901promoter 内 2013-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29104984-29107913(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42038709-42038719promoter 内 1654-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 42041056-42044875(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACT
SmilChr02G002529 Chr02 NC_080388.1:43996156-43996166promoter 内 1630-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 43998527-44004981(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G005029 Chr01 NC_080387.1:68245402-68245412promoter 内 1618-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 68242265-68243029(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G002177 Chr02 NC_080388.1:39002487-39002497promoter 内 1598-1608 bp + 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 38991661-39000094(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G000369 Chr01 NC_080387.1:7622806-7622816promoter 内 1530-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 7620268-7620345(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAGAGTCAACC
SmilChr02G000095 Chr02 NC_080388.1:1242661-1242671promoter 内 1152-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 1236911-1239822(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGC
SmilChr01G000162 Chr01 NC_080387.1:2698390-2698400promoter 内 520-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2701871-2702522(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17656130-17656140promoter 内 399-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 17648870-17652538(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTCTG
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4034576-4034586promoter 内 345-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 4038232-4039837(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAGAGTCAACC
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32077913-32077923promoter 内 87-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 32072280-32074009(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr01G003503 Chr01 NC_080387.1:53616724-53616734promoter 内 3933-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53616792-53616864(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608328-63608338promoter 内 3750-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTCTG
SmilChr01G002406 Chr01 NC_080387.1:41416939-41416949promoter 内 3744-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41413989-41416692(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACT
SmilChr02G003390 Chr02 NC_080388.1:55023390-55023400promoter 内 3611-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55023780-55031918(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCTCA
SmilChr02G003314 Chr02 NC_080388.1:54397057-54397067promoter 内 3581-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 54397477-54399615(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAATG
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32782539-32782549promoter 内 3570-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32778863-32782118(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGAGGTCAACG
SmilChr01G001366 Chr01 NC_080387.1:27024697-27024707promoter 内 3569-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27025129-27027803(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTCCT
SmilChr01G003502 Chr01 NC_080387.1:53616724-53616734promoter 内 3317-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53613710-53616050(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1042323-1042333promoter 内 2984-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTAT
SmilChr01G002144 Chr01 NC_080387.1:37429186-37429196promoter 内 2913-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 37430274-37436163(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATTGACTTTT
SmilChr02G000170 Chr02 NC_080388.1:2683867-2683877promoter 内 2911-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2184253-2682787(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTTGC
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