转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 52 / 142 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000949 Chr04 NC_080390.1:12571728-12571742promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12565532-12570551(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTGGGTAGGTGCA
SmilChr01G001301 Chr01 NC_080387.1:25923448-25923462promoter 内 2729-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25924720-25928691(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAATGGTAGGTAGG
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41522873-41522887promoter 内 2704-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTTGGTAGGTGAT
SmilChr04G002425 Chr04 NC_080390.1:38877814-38877828promoter 内 2700-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38879115-38881302(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAA
SmilChr01G002090 Chr01 NC_080387.1:36932332-36932346promoter 内 2693-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36929651-36931038(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGTTAGGTGGA
SmilChr01G001869 Chr01 NC_080387.1:33682845-33682859promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33680262-33681491(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAA
SmilChr02G001695 Chr02 NC_080388.1:31241052-31241066promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31238042-31239698(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGCAGGTAGGTAGT
SmilChr03G004455 Chr03 NC_080389.1:62656685-62656699promoter 内 2492-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62658194-62660437(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTCTGGTAGGTAGT
SmilChr04G002423 Chr04 NC_080390.1:38870108-38870122promoter 内 2391-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38871718-38873046(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCACCG
SmilChr06G002913 Chr06 NC_080392.1:41978220-41978234promoter 内 2386-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41979835-41996589(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACAACCACCAC
SmilChr02G001676 Chr02 NC_080388.1:31001030-31001044promoter 内 2366-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31002665-31011168(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGAAGTAGGTGGA
SmilChr01G001399 Chr01 NC_080387.1:27493055-27493069promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27490289-27491296(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCTAC
SmilChr06G000786 Chr06 NC_080392.1:7379448-7379462promoter 内 2144-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7381305-7391870(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGTT
SmilChr06G002680 Chr06 NC_080392.1:38707954-38707968promoter 内 2076-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38704012-38706043(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACACC
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46175978-46175992promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGGGGTAGGTGAT
SmilChr05G002349 Chr05 NC_080391.1:25470036-25470050promoter 内 2064-2078 bp - 1923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25464829-25468113(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACACAAA
SmilChr03G002610 Chr03 NC_080389.1:41522873-41522887promoter 内 1986-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41520767-41520872(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCAAAGC
SmilChr02G005536 Chr02 NC_080388.1:75398632-75398646promoter 内 1968-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75400665-75404228(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCAGCT
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085340-62085354promoter 内 1950-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGATGGTAGGTAAG
SmilChr05G002224 Chr05 NC_080391.1:23768118-23768132promoter 内 1945-1959 bp + 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 23770174-23770802(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCACGCC
SmilChr05G002550 Chr05 NC_080391.1:28562778-28562792promoter 内 1824-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28556036-28560615(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAGATG
SmilChr02G000694 Chr02 NC_080388.1:11030519-11030533promoter 内 1579-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11032941-11043944(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCCCCAC
SmilChr08G003592 Chr08 NC_080394.1:38787718-38787732promoter 内 1558-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38790161-38794574(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCATTCT
SmilChr02G001459 Chr02 NC_080388.1:27290423-27290437promoter 内 1534-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27292890-27294003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATCAGGTAGGTGAA
SmilChr02G001463 Chr02 NC_080388.1:27324093-27324107promoter 内 1534-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27326560-27327765(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATCAGGTAGGTGAA
SmilChr06G001294 Chr06 NC_080392.1:13484765-13484779promoter 内 1521-1535 bp + 2466 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13481016-13482299(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAGTGGTAGTTGTA
SmilChr07G003517 Chr07 NC_080393.1:40254363-40254377promoter 内 1520-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 40256844-40273096(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCCACCC
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52509214-52509228promoter 内 1435-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52505069-52506662(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTCTTT
SmilChr02G003464 Chr02 NC_080388.1:55929715-55929729promoter 内 1310-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55932406-55936660(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTAACTACCACATT
SmilChr06G001391 Chr06 NC_080392.1:14545233-14545247promoter 内 1223-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14537228-14542469(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGTC
SmilChr06G001352 Chr06 NC_080392.1:14076924-14076938promoter 内 1218-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14070929-14074155(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGGGGTAGGTGTC
SmilChr02G001674 Chr02 NC_080388.1:31001030-31001044promoter 内 1102-1116 bp - 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30995524-30998145(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTCCCA
SmilChr08G003880 Chr08 NC_080394.1:45989983-45989997promoter 内 1045-1059 bp - 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 45992939-45994546(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGTCGGTAGGTAAA
SmilChr03G002283 Chr03 NC_080389.1:36013648-36013662promoter 内 1038-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36016611-36018689(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGACAGTAGGTGAG
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52509214-52509228promoter 内 974-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52512241-52516320(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGAGGTAGGTGGC
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SmilChr08G001774 Chr08 NC_080394.1:14960831-14960845promoter 内 709-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14964123-14971700(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGATGGTAGGTAAG
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SmilChr02G002236 Chr02 NC_080388.1:39693207-39693221promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39697080-39698597(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGGTGTT
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