转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 52 / 138 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004489 Chr01 NC_080387.1:63019934-63019946promoter 内 726-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63015032-63016671(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGTTTGACTATG
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4564337-4564349promoter 内 726-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACAAT
SmilChr01G001481 Chr01 NC_080387.1:28586719-28586731promoter 内 725-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28589995-28591016(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACAAT
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51230763-51230775promoter 内 712-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51223504-51227486(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGTTGACTATA
SmilChr01G004276 Chr01 NC_080387.1:60993998-60994010promoter 内 704-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 60986629-60990713(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAACAAT
SmilChr02G003455 Chr02 NC_080388.1:55833961-55833973promoter 内 620-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55829353-55830592(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTTGT
SmilChr01G002386 Chr01 NC_080387.1:41111874-41111886promoter 内 461-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41098661-41108346(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTAGTCAAAGCT
SmilChr01G000211 Chr01 NC_080387.1:3714439-3714451promoter 内 443-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3709735-3710893(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTGAC
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31192273-31192285promoter 内 354-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 31185986-31188638(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAAAGTT
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1750743-1750755promoter 内 335-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCCA
SmilChr03G001247 Chr03 NC_080389.1:14376090-14376102promoter 内 304-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14370154-14372405(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGCAGTCAACACC
SmilChr01G001908 Chr01 NC_080387.1:34166841-34166853promoter 内 267-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 34170575-34171755(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGGTTGACTTTA
SmilChr01G001865 Chr01 NC_080387.1:33593813-33593825promoter 内 245-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 33597569-33598788(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGGTTGACTTTA
SmilChr03G001939 Chr03 NC_080389.1:27571326-27571338promoter 内 203-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27564948-27567540(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTGAC
SmilChr01G000133 Chr01 NC_080387.1:2224920-2224932promoter 内 3029-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 2221406-2223960(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAAAGCT
SmilChr03G001908 Chr03 NC_080389.1:26699286-26699298promoter 内 1580-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 26701707-26704144(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGTTGACTGGA
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43886336-43886348promoter 内 1057-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 43889280-43889404(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCTTTGACTACC
SmilChr03G003315 Chr03 NC_080389.1:51393716-51393728promoter 内 363-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 51397354-51400647(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTTCT
SmilChr02G002074 Chr02 NC_080388.1:37329471-37329483promoter 内 3974-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 37329498-37330279(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCAGTCAACATC
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75324467-75324479promoter 内 3878-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75324590-75342843(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGGTTGACTTGC
SmilChr02G005205 Chr02 NC_080388.1:73294146-73294158promoter 内 3850-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73294297-73298138(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACAAT
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36889147-36889159promoter 内 3801-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 36885893-36888959(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTTTT
SmilChr02G000050 Chr02 NC_080388.1:668094-668106promoter 内 3521-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 668574-669670(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGTTGACTGGA
SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68113204-68113216promoter 内 3520-3532 bp + 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 68107762-68112735(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAAGTCAACACA
SmilChr03G002322 Chr03 NC_080389.1:36568995-36569007promoter 内 3464-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 36565637-36568470(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTTA
SmilChr01G006007 Chr01 NC_080387.1:75635165-75635177promoter 内 3270-3282 bp - 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75628535-75634446(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACTTTGACTAAC
SmilChr01G000001 Chr01 NC_080387.1:46791-46803promoter 内 3053-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47739-50415(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAAAGCT
SmilChr01G005037 Chr01 NC_080387.1:68306533-68306545promoter 内 3034-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 68307500-68325829(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATAAGTCAACATC
SmilChr02G005213 Chr02 NC_080388.1:73338370-73338382promoter 内 2944-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73339427-73341167(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACAAT
SmilChr02G005476 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000947promoter 内 2664-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74998728-74999610(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACAAT
SmilChr02G005477 Chr02 NC_080388.1:75000935-75000947promoter 内 2635-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75002301-75004018(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTTTT
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37718168-37718180promoter 内 2162-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 37713921-37716341(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTGCG
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53371521-53371533promoter 内 1680-1692 bp - 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 53373842-53376928(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATAAGTCAACATC
SmilChr01G000488 Chr01 NC_080387.1:9954487-9954499promoter 内 1493-1505 bp - 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9950355-9951991(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGTTGACTGGA
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52570247-52570259promoter 内 1322-1334 bp + 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 52562027-52567580(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACTGC
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74078649-74078661promoter 内 1186-1198 bp + 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74074171-74075846(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACCGA
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SmilChr02G005292 Chr02 NC_080388.1:73915495-73915507promoter 内 1074-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 73910972-73912580(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGTAGTCAACGAG
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