转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 53 / 145 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35040782-35040792promoter 内 1445-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTC
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50463552-50463562promoter 内 1427-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50466126-50470681(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGG
SmilChr03G002088 Chr03 NC_080389.1:32178584-32178594promoter 内 1424-1434 bp + 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32172941-32176017(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAC
SmilChr01G002348 Chr01 NC_080387.1:40624798-40624808promoter 内 1390-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40627409-40632379(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTT
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41176338-41176348promoter 内 1361-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41170890-41173708(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGGTCAACGG
SmilChr03G002713 Chr03 NC_080389.1:43085154-43085164promoter 内 1361-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43087794-43095524(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTC
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64244345-64244355promoter 内 1359-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTT
SmilChr01G000762 Chr01 NC_080387.1:16680592-16680602promoter 内 1356-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16676500-16677957(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGG
SmilChr01G005233 Chr01 NC_080387.1:69909625-69909635promoter 内 1326-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69912300-69919203(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACAGTCAACCC
SmilChr02G001266 Chr02 NC_080388.1:23223998-23224008promoter 内 1322-1332 bp - 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23218539-23221329(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACAA
SmilChr02G003261 Chr02 NC_080388.1:53898016-53898026promoter 内 1283-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53900734-53908580(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTT
SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70188758-70188768promoter 内 1277-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70191482-70192438(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAAGTCAACTA
SmilChr01G001512 Chr01 NC_080387.1:28951204-28951214promoter 内 1250-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 28946670-28948463(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CGAGTCAACCC
SmilChr01G003766 Chr01 NC_080387.1:56040342-56040352promoter 内 1249-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56035765-56037600(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAAGTCAACTA
SmilChr03G002575 Chr03 NC_080389.1:40975583-40975593promoter 内 1204-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40971049-40972796(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTT
SmilChr03G003624 Chr03 NC_080389.1:54911640-54911650promoter 内 1187-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54914454-54918408(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGGTTGACTCG
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63008498-63008508promoter 内 1163-1173 bp + 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63011336-63014466(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAG
SmilChr01G003585 Chr01 NC_080387.1:54420139-54420149promoter 内 1089-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54423051-54425934(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTC
SmilChr04G000565 Chr04 NC_080390.1:6304696-6304706promoter 内 1045-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6300158-6301750(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAC
SmilChr03G001787 Chr03 NC_080389.1:24424059-24424069promoter 内 1015-1025 bp + 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24420571-24421083(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCGT
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433991-7434001promoter 内 994-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTC
SmilChr03G000392 Chr03 NC_080389.1:4308662-4308672promoter 内 984-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 4311679-4313040(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGGTTGACTCG
SmilChr04G001239 Chr04 NC_080390.1:19461482-19461492promoter 内 978-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19464505-19469117(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAGTTGACTTG
SmilChr02G001199 Chr02 NC_080388.1:22134053-22134063promoter 内 977-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22137077-22137821(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAC
SmilChr03G001456 Chr03 NC_080389.1:17389013-17389023promoter 内 960-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17392054-17392160(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGG
SmilChr03G003879 Chr03 NC_080389.1:57896579-57896589promoter 内 948-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57889053-57893536(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TGGGTCAACGC
SmilChr03G001642 Chr03 NC_080389.1:21232067-21232077promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21235150-21239301(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGG
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38131520-38131530promoter 内 900-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AAAGTCAACAA
SmilChr02G003202 Chr02 NC_080388.1:53175846-53175856promoter 内 872-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53172149-53172727(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGGTTGACTCG
SmilChr04G002626 Chr04 NC_080390.1:41684711-41684721promoter 内 869-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41680936-41681589(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTT
SmilChr02G005512 Chr02 NC_080388.1:75245451-75245461promoter 内 846-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75239169-75242306(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAGTTGACTTG
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5971649-5971659promoter 内 827-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCCG
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67566293-67566303promoter 内 809-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 67569485-67572285(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAAGTCAACTA
SmilChr03G003398 Chr03 NC_080389.1:52375034-52375044promoter 内 795-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52369776-52371838(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTC
SmilChr04G000852 Chr04 NC_080390.1:10769370-10769380promoter 内 782-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 10772589-10778509(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAG
SmilChr03G001790 Chr03 NC_080389.1:24424059-24424069promoter 内 778-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24427282-24429690(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGGTCAACGG
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