转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 55 / 137 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001848 Chr04 NC_080390.1:30140001-30140009promoter 内 2141-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30138076-30138149(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G003413 Chr08 NC_080394.1:36258042-36258050promoter 内 2138-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 36254074-36256187(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr08G004195 Chr08 NC_080394.1:51345157-51345165promoter 内 2138-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51339429-51343302(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G002461 Chr02 NC_080388.1:42918351-42918359promoter 内 2120-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 42920232-42921125(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr02G004287 Chr02 NC_080388.1:65182541-65182549promoter 内 2110-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65174032-65180658(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G000399 Chr02 NC_080388.1:4932792-4932800promoter 内 2075-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4934718-4938827(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr02G001790 Chr02 NC_080388.1:32657566-32657574promoter 内 2064-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32659503-32661425(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr08G001093 Chr08 NC_080394.1:8430950-8430958promoter 内 2062-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8432889-8434540(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr07G003499 Chr07 NC_080393.1:39778682-39778690promoter 内 2053-2061 bp - 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39775994-39776742(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr04G000733 Chr04 NC_080390.1:8734753-8734761promoter 内 2036-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8728890-8732796(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G005336 Chr01 NC_080387.1:70573667-70573675promoter 内 2035-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70567561-70571709(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G001471 Chr08 NC_080394.1:11864579-11864587promoter 内 2031-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11861996-11862617(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr04G001506 Chr04 NC_080390.1:24807086-24807094promoter 内 2010-2018 bp + 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 24809077-24810843(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr05G002478 Chr05 NC_080391.1:27287850-27287858promoter 内 1998-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27289853-27292284(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr04G001794 Chr04 NC_080390.1:29404859-29404867promoter 内 1993-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29400577-29402859(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr08G003234 Chr08 NC_080394.1:33241974-33241982promoter 内 1986-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 33243989-33246005(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9970895-9970903promoter 内 1982-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G004595 Chr07 NC_080393.1:58744760-58744768promoter 内 1979-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58740212-58742746(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G003268 Chr08 NC_080394.1:33695551-33695559promoter 内 1979-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 33690699-33693537(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr08G000671 Chr08 NC_080394.1:4976625-4976633promoter 内 1977-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4971863-4974609(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr04G001100 Chr04 NC_080390.1:15761291-15761299promoter 内 1974-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15757774-15759272(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr07G001101 Chr07 NC_080393.1:8119142-8119150promoter 内 1948-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8121195-8122470(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr05G000634 Chr05 NC_080391.1:4776067-4776075promoter 内 1929-1937 bp + 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4778139-4779331(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr07G001522 Chr07 NC_080393.1:12221690-12221698promoter 内 1919-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12216588-12219616(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr04G003206 Chr04 NC_080390.1:48906632-48906640promoter 内 1913-1921 bp + 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48902219-48904552(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr01G005054 Chr01 NC_080387.1:68477979-68477987promoter 内 1902-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68474427-68475888(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr01G004455 Chr01 NC_080387.1:62673954-62673962promoter 内 1895-1903 bp - 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62668522-62671856(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr05G004138 Chr05 NC_080391.1:55364123-55364131promoter 内 1889-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 55358972-55362019(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr01G002179 Chr01 NC_080387.1:37888159-37888167promoter 内 1864-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37890296-37898608(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr05G003091 Chr05 NC_080391.1:39148734-39148742promoter 内 1852-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 39144354-39146593(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACCGTACAC
SmilChr03G003438 Chr03 NC_080389.1:52732632-52732640promoter 内 1842-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52734791-52736443(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 ACGTACGGA
SmilChr01G004267 Chr01 NC_080387.1:60917990-60917998promoter 内 1838-1846 bp + 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60920153-60921247(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr02G002687 Chr02 NC_080388.1:46547101-46547109promoter 内 1819-1827 bp - 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46549283-46552267(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G000502 Chr07 NC_080393.1:3519873-3519881promoter 内 1810-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3516232-3517690(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
SmilChr06G000095 Chr06 NC_080392.1:677603-677611promoter 内 1803-1811 bp + 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 673955-675413(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGT
SmilChr07G002040 Chr07 NC_080393.1:18517630-18517638promoter 内 1796-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18511461-18515433(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGT
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