转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 55 / 133 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000361 Chr03 NC_080389.1:4042309-4042318promoter 内 3172-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 4040456-4041489(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7354055-7354064promoter 内 2842-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 7344787-7352905(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr01G002999 Chr01 NC_080387.1:48976179-48976188promoter 内 2735-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 48970122-48974922(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGATAAGGT
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18038725-18038734promoter 内 2648-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 18031757-18037381(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr02G000934 Chr02 NC_080388.1:16265610-16265619promoter 内 2128-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 16267483-16270555(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65874801-65874810promoter 内 1890-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 65868832-65872699(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr02G004408 Chr02 NC_080388.1:66405337-66405346promoter 内 1813-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 66401834-66403158(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr01G003944 Chr01 NC_080387.1:57769058-57769067promoter 内 1755-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 57771304-57775906(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G003249 Chr02 NC_080388.1:53753575-53753584promoter 内 1755-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 53745143-53751338(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G000728 Chr02 NC_080388.1:11826804-11826813promoter 内 1473-1482 bp - 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 11829332-11830760(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G002953 Chr01 NC_080387.1:48399338-48399347promoter 内 1206-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 48402133-48404640(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9392489-9392498promoter 内 1172-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 9386835-9389669(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr01G001485 Chr01 NC_080387.1:28639581-28639590promoter 内 1154-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 28631904-28636743(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G000585 Chr02 NC_080388.1:8418053-8418062promoter 内 277-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 8421777-8425584(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73327678-73327687promoter 内 101-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 73331578-73334536(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G004271 Chr02 NC_080388.1:64903985-64903994promoter 内 44-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 64907942-64908500(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72804147-72804156promoter 内 3836-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72804312-72805047(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G002109 Chr02 NC_080388.1:37787635-37787644promoter 内 3826-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 37787810-37789432(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G001111 Chr01 NC_080387.1:22728710-22728719promoter 内 3786-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 22726595-22728504(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22863796-22863805promoter 内 3784-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 22861750-22863588(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G003258 Chr01 NC_080387.1:51289292-51289301promoter 内 3717-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 51287959-51289017(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G004861 Chr01 NC_080387.1:66759227-66759236promoter 内 3605-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 66758287-66758840(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314240-18314249promoter 内 3570-3579 bp - 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 18312378-18313818(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr02G003519 Chr02 NC_080388.1:56368888-56368897promoter 内 3481-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 56367230-56368377(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G004312 Chr02 NC_080388.1:65470757-65470766promoter 内 3466-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 65471292-65472692(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr01G000171 Chr01 NC_080387.1:2815823-2815832promoter 内 3463-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 2814620-2815294(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G001702 Chr01 NC_080387.1:31463344-31463353promoter 内 3417-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 31463928-31468910(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G000480 Chr02 NC_080388.1:6587145-6587154promoter 内 3362-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 6584781-6586515(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr01G003412 Chr01 NC_080387.1:52779160-52779169promoter 内 3308-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 52779853-52783945(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G000996 Chr02 NC_080388.1:17495754-17495763promoter 内 3220-3229 bp - 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17491781-17494982(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr03G000028 Chr03 NC_080389.1:372055-372064promoter 内 3176-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 372880-373925(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr01G000286 Chr01 NC_080387.1:5640969-5640978promoter 内 3162-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 5636395-5640139(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr03G000148 Chr03 NC_080389.1:1621026-1621035promoter 内 3090-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 1621937-1625847(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr01G000518 Chr01 NC_080387.1:10620840-10620849promoter 内 3024-3033 bp - 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 10621817-10621901(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20958618-20958627promoter 内 3012-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 20959607-20961547(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G004311 Chr02 NC_080388.1:65470757-65470766promoter 内 2856-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 65468212-65469621(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
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