转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 56 / 123 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000372 Chr02 NC_080388.1:4709940-4709954promoter 内 823-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4713118-4719768(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAAGAGTCAACCAC
SmilChr02G003834 Chr02 NC_080388.1:60026420-60026434promoter 内 687-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60029734-60031099(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTTTGA
SmilChr01G005961 Chr01 NC_080387.1:75335274-75335288promoter 内 617-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 75338658-75341099(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCCAAGTCAACCAT
SmilChr02G003230 Chr02 NC_080388.1:53572171-53572185promoter 内 610-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53575562-53577213(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATTTTGACTTTTAT
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167119-49167133promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTGTTGACTTCTCA
SmilChr01G003031 Chr01 NC_080387.1:49359525-49359539promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49353674-49356046(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAAGAAGTCAAAACC
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7741519-7741533promoter 内 474-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7745046-7753213(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTCTTGACTTTCAT
SmilChr02G000633 Chr02 NC_080388.1:9532790-9532804promoter 内 469-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9536322-9536798(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCCAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G003065 Chr01 NC_080387.1:49497889-49497903promoter 内 444-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49501446-49501588(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATGCAAGTCAAAGTT
SmilChr01G005794 Chr01 NC_080387.1:74026173-74026187promoter 内 442-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74029732-74031621(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTGTTGACTTTAGA
SmilChr02G002298 Chr02 NC_080388.1:40556212-40556226promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40559809-40561749(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGTTTGACTTTGGG
SmilChr02G001620 Chr02 NC_080388.1:30136675-30136689promoter 内 388-402 bp - 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30140288-30143101(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTAAAAGTCAAGTGA
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3556211-3556225promoter 内 332-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTGTTTGACTTTTCA
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075475-6075489promoter 内 1-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGAGAAGTCAACAAT
SmilChr02G001263 Chr02 NC_080388.1:23135732-23135746promoter 内 2834-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 6 23136899-23137839(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAACAAGTCAAGCTT
SmilChr02G000523 Chr02 NC_080388.1:7177249-7177263promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 5 7180175-7183488(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGCTTGACTTGGAA
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569989-33570003promoter 内 3711-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 33570279-33572198(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACCTCCCA
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34137846-34137860promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 34138139-34140145(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCGTTGACCTCCCA
SmilChr01G001949 Chr01 NC_080387.1:34720011-34720025promoter 内 3497-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 34720515-34720586(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTCAAGTCAACACA
SmilChr01G001950 Chr01 NC_080387.1:34720011-34720025promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 34721183-34724427(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTCAAGTCAACACA
SmilChr02G004693 Chr02 NC_080388.1:69273440-69273454promoter 内 11-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 4 69277430-69280513(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGGAAGTCAAAGGT
SmilChr02G000522 Chr02 NC_080388.1:7177249-7177263promoter 内 3956-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 7177294-7179078(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGCTTGACTTGGAA
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64863682-64863696promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 64860208-64863399(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTGTTT
SmilChr01G001354 Chr01 NC_080387.1:26809662-26809676promoter 内 3672-3686 bp + 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 26809991-26810948(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTTTTGACTTACTC
SmilChr01G004410 Chr01 NC_080387.1:62206874-62206888promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 62202766-62206499(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTACAAGTCAAAACG
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:848154-848168promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 848625-850513(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGACAAGTCAACTTG
SmilChr01G002810 Chr01 NC_080387.1:46655547-46655561promoter 内 3415-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 46650825-46654975(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAACAGTCAACATG
SmilChr02G000351 Chr02 NC_080388.1:4529475-4529489promoter 内 3060-3074 bp + 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 4526416-4528548(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCAAAGTCAAATAC
SmilChr02G000288 Chr02 NC_080388.1:3672700-3672714promoter 内 3022-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 3673679-3675762(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCAAAGTCAAATAC
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55271377-55271391promoter 内 2405-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 55267026-55269795(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGTTGACCAGATT
SmilChr01G000814 Chr01 NC_080387.1:17596788-17596802promoter 内 2396-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 17594313-17595197(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCAGAGTCAACCAC
SmilChr02G000861 Chr02 NC_080388.1:14783728-14783742promoter 内 2314-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 14785415-14786777(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGGTTGACTTCCCA
SmilChr02G000503 Chr02 NC_080388.1:6909771-6909785promoter 内 2304-2318 bp - 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 6906871-6908088(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCTTTTGACTTTTAA
SmilChr01G004949 Chr01 NC_080387.1:67576201-67576215promoter 内 2274-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 67577928-67581118(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTATTAGTCAACGAC
SmilChr02G003534 Chr02 NC_080388.1:56490492-56490506promoter 内 1801-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 56484043-56488306(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAACAAGTCAAGCTT
SmilChr01G001204 Chr01 NC_080387.1:24265264-24265278promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 24255738-24262556(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTCTTGACTTGCGC
SmilChr02G004191 Chr02 NC_080388.1:64230646-64230660promoter 内 955-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 64233692-64234493(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATCAAGTCAACAAC
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SmilChr02G002794 Chr02 NC_080388.1:48017509-48017523promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 48016542-48017459(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTCGAAGTCAACAGT
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