转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 57 / 152 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002733 Chr02 NC_080388.1:47250659-47250677promoter 内 2108-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 47252552-47261659(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGCTGTGGTTGTGGCAG
SmilChr01G003060 Chr01 NC_080387.1:49487292-49487310promoter 内 1945-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 49489348-49493065(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCAGTGGTTGGGAGAG
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9653922-9653940promoter 内 1919-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 9648488-9651858(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCACAACCACCGCAAG
SmilChr05G002283 Chr05 NC_080391.1:24578661-24578679promoter 内 1612-1630 bp - 2371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 24581050-24585870(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGATGTGGTTGCGGACC
SmilChr05G000204 Chr05 NC_080391.1:1625087-1625105promoter 内 1522-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 1615800-1622626(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGAAGGTGGTTGTAAGTT
SmilChr02G001458 Chr02 NC_080388.1:27267131-27267149promoter 内 1275-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 27269857-27271157(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAGAGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr04G003399 Chr04 NC_080390.1:50527654-50527672promoter 内 599-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 50518944-50524270(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGCAGTGGTTGAGTGTG
SmilChr03G000333 Chr03 NC_080389.1:3774052-3774070promoter 内 552-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 3777501-3780755(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGCTGTGGTTGTGGCAG
SmilChr05G002048 Chr05 NC_080391.1:21302176-21302194promoter 内 380-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 21294971-21298573(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACCACAACCACCGCAAG
SmilChr04G000354 Chr04 NC_080390.1:3370812-3370830promoter 内 3968-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3367829-3370797(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr01G001409 Chr01 NC_080387.1:27680053-27680071promoter 内 3936-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27680118-27683052(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr03G000567 Chr03 NC_080389.1:6191475-6191493promoter 内 3924-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6191552-6194439(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr02G001352 Chr02 NC_080388.1:25291290-25291308promoter 内 3917-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 25288281-25291224(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr05G001945 Chr05 NC_080391.1:19828812-19828830promoter 内 3666-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 19822857-19828495(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAGCATTGGTTGGGGAAT
SmilChr02G003402 Chr02 NC_080388.1:55165156-55165174promoter 内 3585-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55165572-55168835(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACGCCAACCACTAGGTC
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5709279-5709297promoter 内 3416-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5706918-5708712(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCGTTCAACCACCGCCAG
SmilChr02G001048 Chr02 NC_080388.1:18540505-18540523promoter 内 3416-3434 bp + 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 18541090-18542998(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCGTTCAACCACCGCCAG
SmilChr05G001213 Chr05 NC_080391.1:10199028-10199046promoter 内 3348-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 10197398-10198393(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAAGGTGGGTGTGATTT
SmilChr05G003133 Chr05 NC_080391.1:39952184-39952202promoter 内 3346-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39951464-39951547(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr03G003203 Chr03 NC_080389.1:49582729-49582747promoter 内 3323-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49579324-49582069(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATATGTGGTTGAGATTG
SmilChr05G000159 Chr05 NC_080391.1:1274616-1274634promoter 内 3275-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1270695-1273908(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCCACCACCTACTC
SmilChr05G000164 Chr05 NC_080391.1:1309941-1309959promoter 内 3274-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1306150-1309232(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTCCCACCACCTACTC
SmilChr05G003132 Chr05 NC_080391.1:39952184-39952202promoter 内 3223-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39950507-39951424(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr02G003673 Chr02 NC_080388.1:58106076-58106094promoter 内 3052-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 58104390-58105145(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr04G001682 Chr04 NC_080390.1:27831753-27831771promoter 内 2952-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27832802-27833926(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGGAGTGGTTGAGGGAT
SmilChr01G003334 Chr01 NC_080387.1:52048177-52048195promoter 内 2933-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 52049245-52052647(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTTCAACCACTTAAGC
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46982628-46982646promoter 内 2825-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 46983804-46987494(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACCACAACCACCCCTCT
SmilChr03G000812 Chr03 NC_080389.1:9296461-9296479promoter 内 2631-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9297831-9300286(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACATGGGTAGTTGGAAGCA
SmilChr05G001417 Chr05 NC_080391.1:12805271-12805289promoter 内 2606-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 12801274-12803894(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCCTCAACCACACCGAC
SmilChr02G001374 Chr02 NC_080388.1:25983581-25983599promoter 内 2245-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 25985337-25988773(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCAAGTGGTTGGATGCA
SmilChr05G002103 Chr05 NC_080391.1:22039095-22039113promoter 内 2092-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22033520-22037204(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGATGGCGGTTGGAATGA
SmilChr03G003436 Chr03 NC_080389.1:52715601-52715619promoter 内 1988-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 52717614-52726291(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACCACAACCACCCCTCT
SmilChr02G003396 Chr02 NC_080388.1:55082923-55082941promoter 内 1751-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55085173-55089489(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTCGGTGGTTGGAGCAT
SmilChr03G002217 Chr03 NC_080389.1:34930626-34930644promoter 内 1729-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 34932898-34933236(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCAAGTGGTTGGATGCA
SmilChr01G000765 Chr01 NC_080387.1:16783367-16783385promoter 内 1717-1735 bp - 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 16785651-16789267(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGTTGGTTGGAAGGC
SmilChr04G001552 Chr04 NC_080390.1:25721839-25721857promoter 内 1572-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 25724268-25725593(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTCTCAACCACACTGCC
SmilChr04G000766 Chr04 NC_080390.1:9378779-9378797promoter 内 1516-1534 bp - 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9373857-9376312(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCCTCAACCACACCGAC
SmilChr02G002313 Chr02 NC_080388.1:40748616-40748634promoter 内 1496-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 40751121-40753160(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGACGGTGGTTGATGAGA
SmilChr02G002442 Chr02 NC_080388.1:42663322-42663340promoter 内 1439-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 42658474-42660778(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGTTGGCA
SmilChr01G003133 Chr01 NC_080387.1:50144017-50144035promoter 内 1436-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50146582-50147477(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGAGCGGTGGTTGTGGTGA
SmilChr01G003131 Chr01 NC_080387.1:50144017-50144035promoter 内 1273-1291 bp - 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50137159-50141307(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCACAACCACCGCTCG
SmilChr01G003190 Chr01 NC_080387.1:50648016-50648034promoter 内 1245-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50639513-50645278(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAACGACAACCACCTACGC
SmilChr02G001691 Chr02 NC_080388.1:31191602-31191620promoter 内 1019-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31185986-31188638(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCCTCAACCACACACGG
SmilChr05G003134 Chr05 NC_080391.1:39952184-39952202promoter 内 988-1006 bp - 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39955197-39959659(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATATGTGGTTGAGATTG
SmilChr01G000815 Chr01 NC_080387.1:17602222-17602240promoter 内 903-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 17598615-17599142(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCCCAACCACAAACCA
SmilChr03G001220 Chr03 NC_080389.1:14020777-14020795promoter 内 744-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 14024034-14027838(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGTTGGTTGGAAGGC
SmilChr01G001408 Chr01 NC_080387.1:27680053-27680071promoter 内 241-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27673850-27676311(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGGGTGGTTAGGGGTA
SmilChr05G001120 Chr05 NC_080391.1:9334853-9334871promoter 内 130-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9338724-9343085(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGCTCAACCACCATATT
SmilChr01G001077 Chr01 NC_080387.1:22191882-22191900promoter 内 44-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22195839-22202144(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTCCCCAACCAACAGCCG
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11912407-11912425promoter 内 38-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 11916370-11919874(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCAAGTGGTTGGATGCA