转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 57 / 133 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001645 Chr03 NC_080389.1:21281389-21281398promoter 内 1794-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 21283596-21286659(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAG
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77413742-77413751promoter 内 1756-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 77415987-77416394(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr02G005184 Chr02 NC_080388.1:73149057-73149066promoter 内 1748-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 73145483-73146813(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGCA
SmilChr04G001435 Chr04 NC_080390.1:23417661-23417670promoter 内 1658-1667 bp + 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 23411064-23415327(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAG
SmilChr01G002181 Chr01 NC_080387.1:37949541-37949550promoter 内 1513-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 37944382-37947062(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr02G003836 Chr02 NC_080388.1:60039595-60039604promoter 内 1442-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 60042154-60043220(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGCA
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68518225-68518234promoter 内 1359-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 68511315-68515592(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr04G000871 Chr04 NC_080390.1:11026685-11026694promoter 内 1240-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 11022968-11023933(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr04G001549 Chr04 NC_080390.1:25589156-25589165promoter 内 1199-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25585530-25586363(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr04G000055 Chr04 NC_080390.1:485709-485718promoter 内 1125-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 488585-495235(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCG
SmilChr04G001695 Chr04 NC_080390.1:27998531-27998540promoter 内 982-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28001550-28003153(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGACGTGGCA
SmilChr02G005468 Chr02 NC_080388.1:74960539-74960548promoter 内 800-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 74963740-74965999(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr01G001976 Chr01 NC_080387.1:35170871-35170880promoter 内 590-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35163307-35167469(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAG
SmilChr02G001236 Chr02 NC_080388.1:22728742-22728751promoter 内 504-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 22717250-22725254(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAG
SmilChr02G001326 Chr02 NC_080388.1:24732152-24732161promoter 内 492-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 24735661-24738173(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr04G001413 Chr04 NC_080390.1:22986970-22986979promoter 内 461-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 22990510-22995892(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTCC
SmilChr01G002936 Chr01 NC_080387.1:48109711-48109720promoter 内 414-423 bp + 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 48113298-48119428(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72904801-72904810promoter 内 337-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72908465-72910533(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCACGTAG
SmilChr03G000696 Chr03 NC_080389.1:7773125-7773134promoter 内 173-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 7763238-7769306(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35392159-35392168promoter 内 70-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 35384450-35388237(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTCC
SmilChr01G000532 Chr01 NC_080387.1:10852297-10852306promoter 内 68-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 10845553-10848373(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCG
SmilChr01G000311 Chr01 NC_080387.1:6019306-6019315promoter 内 3989-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 6017775-6019303(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr02G000798 Chr02 NC_080388.1:13265546-13265555promoter 内 3983-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 13265564-13268160(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40580812-40580821promoter 内 3980-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr01G001777 Chr01 NC_080387.1:32663792-32663801promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32663814-32665195(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr01G004400 Chr01 NC_080387.1:62128923-62128932promoter 内 3979-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 62127717-62128910(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65798783-65798792promoter 内 3979-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 65797080-65798770(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1945417-1945426promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1945439-1950272(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr02G002213 Chr02 NC_080388.1:39374759-39374768promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39374781-39375809(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr03G003068 Chr03 NC_080389.1:47637772-47637781promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47637794-47638543(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr03G003321 Chr03 NC_080389.1:51442788-51442797promoter 内 3979-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 51442810-51443244(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr03G003652 Chr03 NC_080389.1:55304227-55304236promoter 内 3979-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55300342-55304214(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
SmilChr01G002589 Chr01 NC_080387.1:44017420-44017429promoter 内 3969-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 44016632-44017397(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr01G001402 Chr01 NC_080387.1:27591003-27591012promoter 内 3963-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 27589426-27590974(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTCCACGTCG
SmilChr04G000090 Chr04 NC_080390.1:810209-810218promoter 内 3943-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 810267-814505(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCG
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46696539-46696548promoter 内 3937-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 46696603-46697667(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAG
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