转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 57 / 140 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003995 Chr02 NC_080388.1:62287689-62287703promoter 内 2379-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 62281521-62286081(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAGAATTAGGTTGAA
SmilChr03G000109 Chr03 NC_080389.1:1199842-1199856promoter 内 2201-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 1201642-1202819(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTTATTAGGTAAAA
SmilChr01G004999 Chr01 NC_080387.1:68029400-68029414promoter 内 1954-1968 bp - 2033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 68025025-68027367(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGTTAAAA
SmilChr01G004170 Chr01 NC_080387.1:60193889-60193903promoter 内 1898-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 60188254-60191800(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGGTA
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49188201-49188215promoter 内 1826-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 49185492-49186040(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGGTA
SmilChr02G002712 Chr02 NC_080388.1:46965505-46965519promoter 内 1695-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46967811-46970940(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGCACCTAATTCTC
SmilChr03G003533 Chr03 NC_080389.1:53941967-53941981promoter 内 1605-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 53934900-53939585(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGTTAAAA
SmilChr03G002672 Chr03 NC_080389.1:42444703-42444717promoter 内 1191-1205 bp + 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42440658-42441907(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCACCTAATTAAT
SmilChr02G000553 Chr02 NC_080388.1:7741640-7741654promoter 内 595-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 7745046-7753213(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAATTAGTTAAGA
SmilChr01G004219 Chr01 NC_080387.1:60581687-60581701promoter 内 579-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 60576167-60578279(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTAACCTAATTCTT
SmilChr03G000707 Chr03 NC_080389.1:7872541-7872555promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 7864881-7869100(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTGGTTAGGTGGGT
SmilChr03G002199 Chr03 NC_080389.1:34593392-34593406promoter 内 450-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 34596943-34597717(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAAATTAGGTACCA
SmilChr02G003997 Chr02 NC_080388.1:62287689-62287703promoter 内 284-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 62291406-62296166(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCAACCTAATTCTA
SmilChr03G002336 Chr03 NC_080389.1:36847408-36847422promoter 内 224-238 bp + 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 36842803-36843645(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATAACG
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50813429-50813443promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAAATTAGTTAAGA
SmilChr03G000541 Chr03 NC_080389.1:5874013-5874027promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5874055-5878153(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CGACACCTAACTTAA
SmilChr02G004569 Chr02 NC_080388.1:68206401-68206415promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 68201051-68206359(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAAAATTAGGTATCA
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58524507-58524521promoter 内 3882-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATCACCTAATCTTC
SmilChr01G004691 Chr01 NC_080387.1:64967439-64967453promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64965598-64967321(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTAACTAATTTTA
SmilChr01G005152 Chr01 NC_080387.1:69309968-69309982promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69310133-69311824(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTAACTAATTTTA
SmilChr01G005213 Chr01 NC_080387.1:69742578-69742592promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69742758-69744892(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTAATTAGGTGGTA
SmilChr02G002634 Chr02 NC_080388.1:45710343-45710357promoter 内 3804-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45705858-45710160(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATAATTAGGTAGCT
SmilChr02G004957 Chr02 NC_080388.1:71511522-71511536promoter 内 3642-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71511881-71517933(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGTTTTAGGTGAAA
SmilChr02G005583 Chr02 NC_080388.1:75652209-75652223promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75650735-75651785(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGGTGGTT
SmilChr03G000470 Chr03 NC_080389.1:5024281-5024295promoter 内 3513-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5020320-5023807(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCACCTAATTAAT
SmilChr02G005430 Chr02 NC_080388.1:74735527-74735541promoter 内 3494-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74733230-74735034(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTGATTAGGTGAGA
SmilChr01G005928 Chr01 NC_080387.1:75075875-75075889promoter 内 3470-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 75076406-75077641(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGCCAACAAATTTTT
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51341306-51341320promoter 内 3446-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 51339521-51340765(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCCAACCTAATTTAG
SmilChr03G002976 Chr03 NC_080389.1:46605529-46605543promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46601679-46604961(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTAACTAATTTTA
SmilChr02G002587 Chr02 NC_080388.1:44966768-44966782promoter 内 3326-3340 bp - 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44961907-44966107(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TATAATTAGGTAGCT
SmilChr01G001022 Chr01 NC_080387.1:21389257-21389271promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 21389952-21391214(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTTATTAGGTAAAA
SmilChr03G003165 Chr03 NC_080389.1:49020345-49020359promoter 内 3201-3215 bp - 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49021145-49022470(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCAACTAATTTGA
SmilChr03G002977 Chr03 NC_080389.1:46605529-46605543promoter 内 3089-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46606441-46609044(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGTTAAAA
SmilChr03G001050 Chr03 NC_080389.1:12226309-12226323promoter 内 3082-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12227228-12228491(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTACACCTAATACTC
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958066-31958080promoter 内 3015-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATCACCTAACAACT
SmilChr01G004441 Chr01 NC_080387.1:62518794-62518808promoter 内 2918-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62504638-62517725(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAATATTAGGTTGAC
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