转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 59 / 137 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001621 Chr01 NC_080387.1:30306779-30306793promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 30304066-30306280(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAACTTC
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62422745-62422759promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 62422817-62427184(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCCGACGTGGAC
SmilChr02G000272 Chr02 NC_080388.1:3513889-3513903promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 3509153-3513369(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAAATGACGTGGCA
SmilChr08G002637 Chr08 NC_080394.1:25818565-25818579promoter 内 3327-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 25814539-25817905(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGAATAA
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40380434-40380448promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 40377126-40379578(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATATTGACGTGGCA
SmilChr02G004595 Chr02 NC_080388.1:68466024-68466038promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 68466908-68473833(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAAAAAA
SmilChr07G003306 Chr07 NC_080393.1:35056538-35056552promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35057512-35059042(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATGTCA
SmilChr01G004275 Chr01 NC_080387.1:60985939-60985953promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 60984478-60984915(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCAGCA
SmilChr03G003455 Chr03 NC_080389.1:52926101-52926115promoter 内 2822-2836 bp + 1165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52920295-52924936(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr01G002921 Chr01 NC_080387.1:47999003-47999017promoter 内 2811-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 48000193-48000921(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAAATGACGTGGCA
SmilChr05G002583 Chr05 NC_080391.1:29049517-29049531promoter 内 2720-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 29044329-29048250(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGTGCTGC
SmilChr08G001875 Chr08 NC_080394.1:16222396-16222410promoter 内 2700-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 16223697-16224815(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCACAT
SmilChr07G001851 Chr07 NC_080393.1:16035392-16035406promoter 内 2613-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 16032483-16034018(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAAATGACGTGGCA
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71124792-71124806promoter 内 2517-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 71121235-71123322(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGAGCC
SmilChr01G001359 Chr01 NC_080387.1:26927333-26927347promoter 内 2413-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 26928921-26930121(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGAGCC
SmilChr05G001153 Chr05 NC_080391.1:9683289-9683303promoter 内 1865-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9679754-9681167(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTAA
SmilChr03G001453 Chr03 NC_080389.1:17354430-17354444promoter 内 1783-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 17356648-17361096(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCAGCTTT
SmilChr08G000404 Chr08 NC_080394.1:2840320-2840334promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 2835984-2838087(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCGACTCC
SmilChr08G001681 Chr08 NC_080394.1:14036787-14036801promoter 内 1625-1639 bp + 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14039163-14040107(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGAATAA
SmilChr05G001154 Chr05 NC_080391.1:9683289-9683303promoter 内 1376-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 9685914-9685998(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAAATGACGTGGCA
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46363089-46363103promoter 内 1004-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 46357573-46360106(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGGACAGC
SmilChr04G001636 Chr04 NC_080390.1:27167508-27167522promoter 内 880-894 bp + 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27170629-27173270(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGCGCAC
SmilChr03G000251 Chr03 NC_080389.1:2978083-2978097promoter 内 869-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 2963739-2974965(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTAA
SmilChr07G003412 Chr07 NC_080393.1:37165644-37165658promoter 内 524-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 37155031-37162181(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGAAAG
SmilChr03G003618 Chr03 NC_080389.1:54843991-54844005promoter 内 3985-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54844007-54848069(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCTCTGACGTGTCA
SmilChr01G003566 Chr01 NC_080387.1:54243729-54243743promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54242166-54243724(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGTCCG
SmilChr03G001237 Chr03 NC_080389.1:14278768-14278782promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14278806-14279299(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21120258-21120272promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21120302-21128904(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGGTGACGTGGAC
SmilChr02G004175 Chr02 NC_080388.1:64039879-64039893promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64039041-64039829(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTATGCAAT
SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55174902-55174916promoter 内 3933-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55172598-55174848(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AACACTGACGTGGCG
SmilChr08G001514 Chr08 NC_080394.1:12291680-12291694promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12291054-12291623(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTTGCTACGTGGCA
SmilChr08G000073 Chr08 NC_080394.1:431768-431782promoter 内 3924-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 431845-432454(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATGACGTGTCC
SmilChr08G000089 Chr08 NC_080394.1:518906-518920promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 518996-576499(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr01G003558 Chr01 NC_080387.1:54195937-54195951promoter 内 3883-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54196055-54198940(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAACATTA
SmilChr04G003689 Chr04 NC_080390.1:53293824-53293838promoter 内 3880-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53288763-53293717(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CACCCTGACGTGGCA
SmilChr07G003413 Chr07 NC_080393.1:37165644-37165658promoter 内 3851-3865 bp - 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37165794-37168257(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTTCCTACGTGGCA
SmilChr07G002460 Chr07 NC_080393.1:23131821-23131835promoter 内 3820-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23132002-23140480(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGACAAAT
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SmilChr04G001538 Chr04 NC_080390.1:25295831-25295845promoter 内 3571-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25292844-25295415(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAAATGACGTGGCA
SmilChr07G001791 Chr07 NC_080393.1:15263082-15263096promoter 内 3547-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15255648-15262642(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTAA
SmilChr04G003442 Chr04 NC_080390.1:50943473-50943487promoter 内 3340-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50938830-50942826(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGTTGACGTGTCG
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SmilChr07G002114 Chr07 NC_080393.1:19254706-19254720promoter 内 2917-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19255790-19262603(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCATACTA
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SmilChr08G000081 Chr08 NC_080394.1:466337-466351promoter 内 2839-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 467499-469991(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC