转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 6 / 161 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002274 Chr07 NC_080393.1:20969904-20969918promoter 内 3103-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20967584-20969020(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGTCGGCGGCGC
SmilChr01G006192 Chr01 NC_080387.1:77530461-77530475promoter 内 3034-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 77523699-77529508(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCTGCCGACAGAG
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21444709-21444723promoter 内 3033-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGCTGCCGACACCA
SmilChr05G002014 Chr05 NC_080391.1:20901815-20901829promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20896865-20900524(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTCCGCCGACACCT
SmilChr05G002769 Chr05 NC_080391.1:32143540-32143554promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 32136306-32142080(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGCTGCCGACAGAG
SmilChr04G004147 Chr04 NC_080390.1:56207315-56207329promoter 内 2342-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56203971-56205670(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCTCGCCGACACGA
SmilChr02G003640 Chr02 NC_080388.1:57763216-57763230promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 57756494-57760991(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCGGACG
SmilChr04G001158 Chr04 NC_080390.1:17137842-17137856promoter 内 1547-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 17140296-17140640(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGTCGCCGACAGTG
SmilChr02G003790 Chr02 NC_080388.1:59555266-59555280promoter 内 1211-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 59550439-59552490(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGTTGTCGGCGGTGG
SmilChr05G003395 Chr05 NC_080391.1:44986208-44986222promoter 内 573-587 bp - 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 44981094-44982794(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTCTGTCGGCAGCAG
SmilChr07G004033 Chr07 NC_080393.1:51507495-51507509promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 51511186-51512423(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGTTGCCGACACAG
SmilChr03G000521 Chr03 NC_080389.1:5604046-5604060promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 4 5607930-5608882(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGTGTCGGCGTCGG
SmilChr07G004586 Chr07 NC_080393.1:58678020-58678034promoter 内 2445-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 58675578-58676478(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCGGCAG
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10224761-10224775promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 10222400-10224564(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215279-10215293promoter 内 3552-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 10212918-10214844(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr07G003010 Chr07 NC_080393.1:30952533-30952547promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 30953833-30957731(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTCGCCGACAAGT
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10224761-10224775promoter 内 2313-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 10226449-10227917(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACACCC
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47437090-47437104promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47438840-47442897(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTGTCGGCAACGG
SmilChr06G001333 Chr06 NC_080392.1:13863231-13863245promoter 内 2076-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 13865156-13866996(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACACCC
SmilChr01G000883 Chr01 NC_080387.1:18797207-18797221promoter 内 1890-1904 bp - 2097 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 18799318-18799794(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACAGCG
SmilChr07G002121 Chr07 NC_080393.1:19337492-19337506promoter 内 1761-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 19330697-19335266(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGTGTCGGCGGCGA
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47437090-47437104promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47431042-47434512(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCGTTGCCGACAATT
SmilChr02G003415 Chr02 NC_080388.1:55394676-55394690promoter 内 1357-1371 bp + 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 55397320-55400201(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr01G000015 Chr01 NC_080387.1:310835-310849promoter 内 1196-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 304530-308044(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACACCC
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53666729-53666743promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 53670550-53673864(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr04G000500 Chr04 NC_080390.1:5465418-5465432promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5465460-5466367(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCAGAAG
SmilChr04G000491 Chr04 NC_080390.1:5339987-5340001promoter 内 3956-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5340032-5340947(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCAGAAG
SmilChr01G000899 Chr01 NC_080387.1:19059403-19059417promoter 内 3246-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 19060158-19062455(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTGTCGGCGGCTG
SmilChr05G000724 Chr05 NC_080391.1:5532269-5532283promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5533027-5534328(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr03G003698 Chr03 NC_080389.1:55918039-55918053promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 55919060-55920155(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGGCTGCCGACACCT
SmilChr03G000834 Chr03 NC_080389.1:9565516-9565530promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9563419-9564463(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGCTGTCGGCGGAGA
SmilChr05G000725 Chr05 NC_080391.1:5541935-5541949promoter 内 2748-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5543188-5544128(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9317575-9317589promoter 内 2650-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9309624-9316238(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTCCGCCGACAGCA
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72682538-72682552promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCATCGCCGACACCC
SmilChr02G001832 Chr02 NC_080388.1:33339606-33339620promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 33341002-33345584(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCGCCGCCGACACGC
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SmilChr08G004213 Chr08 NC_080394.1:51508958-51508972promoter 内 121-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 51512838-51514396(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTGTCGGCGGAGT
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