转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 60 / 144 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002678 Chr02 NC_080388.1:46347822-46347834promoter 内 2234-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 46349589-46352170(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTCTTTGACTTTA
SmilChr02G003843 Chr02 NC_080388.1:60171304-60171316promoter 内 2126-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60173179-60175367(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGTTGACTGTC
SmilChr01G000018 Chr01 NC_080387.1:375355-375367promoter 内 2042-2054 bp - 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 371113-373408(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTCC
SmilChr01G001282 Chr01 NC_080387.1:25604880-25604892promoter 内 1551-1563 bp - 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 25600152-25602442(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACTAG
SmilChr04G001902 Chr04 NC_080390.1:31103396-31103408promoter 内 1541-1553 bp + 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 31099298-31100948(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGTTGACTGTC
SmilChr01G005975 Chr01 NC_080387.1:75418475-75418487promoter 内 1458-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 75414077-75415944(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGTTGACTGTC
SmilChr01G005810 Chr01 NC_080387.1:74126486-74126498promoter 内 1416-1428 bp - 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 74123288-74123913(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAGAGTCAACTCG
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58603485-58603497promoter 内 1310-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTAAGTCAACCGG
SmilChr04G000078 Chr04 NC_080390.1:720706-720718promoter 内 1257-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 715016-717974(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACCAC
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58587817-58587829promoter 内 937-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 58578309-58584765(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGAGTTGACTGTC
SmilChr03G003515 Chr03 NC_080389.1:53745421-53745433promoter 内 657-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 53748765-53751784(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATAAGTCAACAAC
SmilChr03G003556 Chr03 NC_080389.1:54214213-54214225promoter 内 618-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 54208083-54210842(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAGAGTCAACAGC
SmilChr02G002983 Chr02 NC_080388.1:50424993-50425005promoter 内 601-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 50415867-50421605(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAATGTCAACGGC
SmilChr01G005397 Chr01 NC_080387.1:71232554-71232566promoter 内 478-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 71236077-71238633(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCTAGTCAACGTG
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72381227-72381239promoter 内 384-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 72384844-72390199(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCGGTCAACGCC
SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20502295-20502307promoter 内 232-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 20506064-20515359(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGGGTTGACTCTG
SmilChr02G005537 Chr02 NC_080388.1:75411979-75411991promoter 内 201-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 75404654-75408191(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTCC
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17383896-17383908promoter 内 153-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 17377904-17380060(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGCAGTCAACGCT
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35934461-35934473promoter 内 30-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 35927524-35930502(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAACATT
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36173897-36173909promoter 内 15-27 bp + 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 36177883-36180840(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAACATT
SmilChr01G002045 Chr01 NC_080387.1:36195244-36195256promoter 内 3936-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36195309-36197167(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACTTT
SmilChr01G002497 Chr01 NC_080387.1:42787060-42787072promoter 内 3923-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42787138-42790359(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGGGTTGACTTGC
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75411979-75411991promoter 内 3892-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75408257-75411882(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTCC
SmilChr01G001961 Chr01 NC_080387.1:34884496-34884508promoter 内 3890-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34884607-34891469(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGGTTGACTATC
SmilChr01G001969 Chr01 NC_080387.1:35079737-35079749promoter 内 3890-3902 bp - 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35079848-35080779(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGGTTGACTATC
SmilChr01G006144 Chr01 NC_080387.1:76938932-76938944promoter 内 3838-3850 bp + 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 76939095-76941371(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTCC
SmilChr01G002031 Chr01 NC_080387.1:35891066-35891078promoter 内 3786-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35889237-35890863(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AATAGTCAACTTT
SmilChr01G002915 Chr01 NC_080387.1:47874927-47874939promoter 内 3571-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47875357-47883424(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GACAGTCAACTCC
SmilChr04G000074 Chr04 NC_080390.1:691284-691296promoter 内 3413-3425 bp - 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 691872-693812(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTCT
SmilChr01G005396 Chr01 NC_080387.1:71232554-71232566promoter 内 3404-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71233151-71233672(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CCTAGTCAACGTG
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28073523-28073535promoter 内 3327-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACAAGTCAACCTT
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26705444-26705456promoter 内 3265-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26706180-26709397(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAGAGTCAACTGC
SmilChr01G004555 Chr01 NC_080387.1:63645063-63645075promoter 内 3056-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63646008-63646901(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CACAGTCAACCAC
SmilChr03G002921 Chr03 NC_080389.1:45956045-45956057promoter 内 2995-3007 bp + 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45957051-45959555(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACCAGTCAACGAT
SmilChr04G000488 Chr04 NC_080390.1:5265670-5265682promoter 内 2943-2955 bp - 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5266728-5270636(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GTTGTTGACTTAT
SmilChr03G002932 Chr03 NC_080389.1:46065587-46065599promoter 内 2919-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46062193-46064517(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CATAGTCAACCAA
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