转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 61 / 153 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003793 Chr02 NC_080388.1:59589154-59589164promoter 内 3363-3373 bp + 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59579878-59588526(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACGTG
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59589154-59589164promoter 内 3306-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59589849-59591916(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACGTACGGAT
SmilChr04G002780 Chr04 NC_080390.1:43601138-43601148promoter 内 3208-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 43598453-43600355(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAC
SmilChr02G005605 Chr02 NC_080388.1:75747496-75747506promoter 内 3121-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 75748376-75752116(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTT
SmilChr05G003635 Chr05 NC_080391.1:48734013-48734023promoter 内 3072-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48730138-48733094(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAGGTACGGAA
SmilChr03G003425 Chr03 NC_080389.1:52590138-52590148promoter 内 3051-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52587562-52589198(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17802647-17802657promoter 内 2960-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 17803688-17804493(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACCTC
SmilChr04G001907 Chr04 NC_080390.1:31148211-31148221promoter 内 2936-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31149276-31152034(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTGT
SmilChr05G001473 Chr05 NC_080391.1:13506663-13506673promoter 内 2919-2929 bp - 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 13502916-13505591(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGGGTACGGAA
SmilChr01G001292 Chr01 NC_080387.1:25697407-25697417promoter 内 2860-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25698548-25699466(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAC
SmilChr03G003533 Chr03 NC_080389.1:53940760-53940770promoter 内 2816-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 53934900-53939585(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr03G003598 Chr03 NC_080389.1:54611387-54611397promoter 内 2808-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 54609101-54610204(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGTGTACGGTG
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11456575-11456585promoter 内 2804-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACGTACGGAT
SmilChr01G002706 Chr01 NC_080387.1:45344145-45344155promoter 内 2713-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45324190-45342867(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTACGTACAAT
SmilChr05G000345 Chr05 NC_080391.1:2579628-2579638promoter 内 2678-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 2558691-2578315(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACCTC
SmilChr02G001857 Chr02 NC_080388.1:33780262-33780272promoter 内 2639-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 33781624-33784431(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTAC
SmilChr04G003032 Chr04 NC_080390.1:46771262-46771272promoter 内 2634-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46772629-46773650(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGTGTACGGTG
SmilChr04G003191 Chr04 NC_080390.1:48634839-48634849promoter 内 2634-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48632178-48633482(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGTGTACGGTG
SmilChr05G000837 Chr05 NC_080391.1:6608206-6608216promoter 内 2596-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6605973-6606811(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACCCG
SmilChr03G002636 Chr03 NC_080389.1:41946395-41946405promoter 内 2569-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41947827-41948911(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACA
SmilChr01G004670 Chr01 NC_080387.1:64798535-64798545promoter 内 2523-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64795713-64797067(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GACGTACGGAG
SmilChr01G004544 Chr01 NC_080387.1:63588516-63588526promoter 内 2444-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63590073-63593410(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACGTACGGAT
SmilChr01G000749 Chr01 NC_080387.1:16567498-16567508promoter 内 2419-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16569080-16570541(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr02G005224 Chr02 NC_080388.1:73452439-73452449promoter 内 2410-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 73454030-73459418(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACCCG
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48509150-48509160promoter 内 2360-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTACGTACAAT
SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28183048-28183058promoter 内 2353-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28179537-28181410(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTT
SmilChr02G003859 Chr02 NC_080388.1:60395735-60395745promoter 内 2321-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 60390848-60394065(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr01G000682 Chr01 NC_080387.1:15102848-15102858promoter 内 2312-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15097749-15101169(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGTGTACGGTG
SmilChr02G001466 Chr02 NC_080388.1:27393475-27393485promoter 内 2294-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27390573-27391778(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTT
SmilChr04G001223 Chr04 NC_080390.1:19079606-19079616promoter 内 2270-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19081337-19082753(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr05G000082 Chr05 NC_080391.1:442459-442469promoter 内 2229-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 444231-446288(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTT
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17654301-17654311promoter 内 2228-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACA
SmilChr01G002157 Chr01 NC_080387.1:37581369-37581379promoter 内 2166-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37583204-37586022(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTACGTACAAT
SmilChr05G000081 Chr05 NC_080391.1:442459-442469promoter 内 2108-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 439459-440576(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
SmilChr05G000447 Chr05 NC_080391.1:3400410-3400420promoter 内 2010-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3394795-3398429(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACAGTACGGAA
SmilChr04G003030 Chr04 NC_080390.1:46718821-46718831promoter 内 2000-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46720822-46721869(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AACCGTACATA
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SmilChr05G000448 Chr05 NC_080391.1:3400410-3400420promoter 内 1807-1817 bp - 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3402604-3405141(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTGT
SmilChr04G003029 Chr04 NC_080390.1:46718821-46718831promoter 内 1800-1810 bp - 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 46710979-46716630(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATGTACGGTT
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SmilChr05G003907 Chr05 NC_080391.1:52812593-52812603promoter 内 1330-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52806271-52809932(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACCGTACACA
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