转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 61 / 121 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001345 Chr03 NC_080389.1:15702362-15702376promoter 内 848-862 bp + 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15705515-15707125(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCTAGATCTCGT
SmilChr01G004807 Chr01 NC_080387.1:66263429-66263443promoter 内 833-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66266597-66270367(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCAACAT
SmilChr01G004832 Chr01 NC_080387.1:66452724-66452738promoter 内 822-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66455903-66457952(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAGAACA
SmilChr05G001015 Chr05 NC_080391.1:8319063-8319077promoter 内 801-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8313665-8315877(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCGAGTA
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5526257-5526271promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGTCTAGATCTTGG
SmilChr04G004167 Chr04 NC_080390.1:56314027-56314041promoter 内 692-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56317336-56318794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCGGATCTAGATTG
SmilChr01G001349 Chr01 NC_080387.1:26768886-26768900promoter 内 643-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26756632-26765542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAGATAGATCTGAG
SmilChr05G000075 Chr05 NC_080391.1:384345-384359promoter 内 633-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 378227-380991(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAGATAT
SmilChr04G004166 Chr04 NC_080390.1:56314027-56314041promoter 内 578-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56309177-56310618(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCTAGATCCGAC
SmilChr04G001418 Chr04 NC_080390.1:23034729-23034743promoter 内 185-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23030023-23030927(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGCAACT
SmilChr02G005177 Chr02 NC_080388.1:73068382-73068396promoter 内 125-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73062182-73064520(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAATTAGATCTCAT
SmilChr02G002693 Chr02 NC_080388.1:46657686-46657700promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46653022-46653755(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAGAACA
SmilChr02G003730 Chr02 NC_080388.1:58938841-58938855promoter 内 44-58 bp + 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58929601-58934898(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATTTCT
SmilChr03G004125 Chr03 NC_080389.1:60090785-60090799promoter 内 38-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60094748-60095865(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCCGAGATCTGGA
SmilChr02G001899 Chr02 NC_080388.1:34279693-34279707promoter 内 3547-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 5 34280147-34282700(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr02G002774 Chr02 NC_080388.1:47810488-47810502promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 47811022-47814544(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr02G003397 Chr02 NC_080388.1:55096738-55096752promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 55097340-55103506(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr02G003778 Chr02 NC_080388.1:59471973-59471987promoter 内 3346-3360 bp - 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 59468707-59471332(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCTTAGATCTCGG
SmilChr02G004302 Chr02 NC_080388.1:65392364-65392378promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 65386812-65391703(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr03G000698 Chr03 NC_080389.1:7802585-7802599promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 7787199-7801915(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr01G000919 Chr01 NC_080387.1:19421643-19421657promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 19419939-19420906(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr03G001593 Chr03 NC_080389.1:20189995-20190009promoter 内 2871-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 20191125-20194405(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr02G002344 Chr02 NC_080388.1:41178983-41178997promoter 内 2541-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 41180443-41183329(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr01G002363 Chr01 NC_080387.1:40783917-40783931promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 40781386-40782386(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr04G002834 Chr04 NC_080390.1:44448072-44448086promoter 内 1946-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 44450127-44453661(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr01G003992 Chr01 NC_080387.1:58350814-58350828promoter 内 1892-1906 bp - 2095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 58345415-58348719(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGCCTAGATCTAGG
SmilChr03G000821 Chr03 NC_080389.1:9413626-9413640promoter 内 1474-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 9405709-9411113(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr01G002362 Chr01 NC_080387.1:40783917-40783931promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 40777094-40780756(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr02G002749 Chr02 NC_080388.1:47524582-47524596promoter 内 658-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 47527925-47531991(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr04G000564 Chr04 NC_080390.1:6295448-6295462promoter 内 359-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 6287465-6291820(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12749872-12749886promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 12753549-12754367(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr04G000032 Chr04 NC_080390.1:321816-321830promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 317204-321104(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTAAGCCC
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46125278-46125292promoter 内 2991-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 46123485-46124282(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGCAGATCTGAA
SmilChr05G001411 Chr05 NC_080391.1:12749872-12749886promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 12746997-12748203(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr01G004368 Chr01 NC_080387.1:61866282-61866296promoter 内 2162-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 61862672-61864457(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATAGATCTGAT
SmilChr04G002048 Chr04 NC_080390.1:33211333-33211347promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 33213176-33215473(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAAATTT
SmilChr02G001609 Chr02 NC_080388.1:29954940-29954954promoter 内 2081-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 29956860-29957405(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTTAGATCTAAA
SmilChr01G004716 Chr01 NC_080387.1:65377625-65377639promoter 内 1514-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 65374814-65375152(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGCGA
SmilChr05G001412 Chr05 NC_080391.1:12749872-12749886promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 12752428-12753252(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr02G002456 Chr02 NC_080388.1:42861617-42861631promoter 内 1321-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 42851946-42858951(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62115997-62116011promoter 内 1061-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 62118937-62120651(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGGTGGATCTGAT
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62239896-62239910promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 62243807-62244992(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGATCTC
SmilChr04G002805 Chr04 NC_080390.1:43971868-43971882promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 43967459-43967959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGATCAGATCTGCC
SmilChr01G002973 Chr01 NC_080387.1:48673502-48673516promoter 内 3796-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 48673707-48675678(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACACTAGATCTCAT
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SmilChr01G005292 Chr01 NC_080387.1:70250876-70250890promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 70251850-70252761(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATAAAT
SmilChr04G000417 Chr04 NC_080390.1:4379937-4379951promoter 内 2809-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 4369893-4378759(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTAATT
SmilChr04G003437 Chr04 NC_080390.1:50918378-50918392promoter 内 2639-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 50915997-50917030(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGTGTC