转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 62 / 167 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004308 Chr07 NC_080393.1:55665275-55665284promoter 内 3086-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55660369-55664369(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15606549-15606558promoter 内 3058-3067 bp + 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 15601917-15605615(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr04G000069 Chr04 NC_080390.1:626364-626373promoter 内 3047-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 622735-625419(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr04G001051 Chr04 NC_080390.1:14981787-14981796promoter 内 3005-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14976831-14980800(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr03G004549 Chr03 NC_080389.1:63464730-63464739promoter 内 2997-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63465734-63468977(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr01G003717 Chr01 NC_080387.1:55498462-55498471promoter 内 2966-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55499497-55502956(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr08G001596 Chr08 NC_080394.1:13194327-13194336promoter 内 2966-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 13193220-13193301(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr04G000401 Chr04 NC_080390.1:4181380-4181389promoter 内 2893-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 4182488-4183645(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr05G003578 Chr05 NC_080391.1:47778516-47778525promoter 内 2891-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47779626-47781895(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr01G000947 Chr01 NC_080387.1:20051829-20051838promoter 内 2886-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 20052944-20053937(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G002131 Chr08 NC_080394.1:19187853-19187862promoter 内 2885-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19188969-19192358(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr03G001631 Chr03 NC_080389.1:21007104-21007113promoter 内 2882-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21008223-21009296(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr07G000029 Chr07 NC_080393.1:129802-129811promoter 内 2877-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 126087-128687(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr07G004272 Chr07 NC_080393.1:55172555-55172564promoter 内 2851-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55170832-55171414(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr03G004736 Chr03 NC_080389.1:64495961-64495970promoter 内 2850-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64490771-64494819(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CGAGATACGG
SmilChr04G000292 Chr04 NC_080390.1:2718608-2718617promoter 内 2850-2859 bp + 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2719759-2720911(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr02G000434 Chr02 NC_080388.1:5648211-5648220promoter 内 2796-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5649416-5652266(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTCG
SmilChr01G005176 Chr01 NC_080387.1:69502075-69502084promoter 内 2793-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 69503283-69504078(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr08G003404 Chr08 NC_080394.1:35955777-35955786promoter 内 2755-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35952665-35954540(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr01G004947 Chr01 NC_080387.1:67567315-67567324promoter 内 2740-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67561799-67566063(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr08G002599 Chr08 NC_080394.1:25338637-25338646promoter 内 2740-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 25339898-25342787(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr08G004162 Chr08 NC_080394.1:50924393-50924402promoter 内 2628-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50921707-50923029(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33422697-33422706promoter 内 2620-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr06G001104 Chr06 NC_080392.1:11147734-11147743promoter 内 2619-2628 bp - 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11149116-11153850(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr08G001460 Chr08 NC_080394.1:11765343-11765352promoter 内 2607-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11760158-11763958(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr01G005473 Chr01 NC_080387.1:71715230-71715239promoter 内 2570-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71716661-71719500(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr02G005602 Chr02 NC_080388.1:75736870-75736879promoter 内 2566-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75732133-75735444(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr05G000426 Chr05 NC_080391.1:3212631-3212640promoter 内 2554-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3208696-3211193(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr08G000456 Chr08 NC_080394.1:3264051-3264060promoter 内 2536-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 3265516-3273227(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr05G002867 Chr05 NC_080391.1:34274366-34274375promoter 内 2511-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 34266991-34272885(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr01G004637 Chr01 NC_080387.1:64401329-64401338promoter 内 2495-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64397448-64399832(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr01G004057 Chr01 NC_080387.1:59007897-59007906promoter 内 2482-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 59009416-59013737(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CGAGATACGG
SmilChr08G001406 Chr08 NC_080394.1:11269177-11269186promoter 内 2472-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11261823-11267657(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr01G002161 Chr01 NC_080387.1:37613675-37613684promoter 内 2455-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37615221-37618203(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTCG
SmilChr05G002708 Chr05 NC_080391.1:31128373-31128382promoter 内 2451-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31123141-31126832(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CGAGATACGG
SmilChr02G001808 Chr02 NC_080388.1:32913683-32913692promoter 内 2441-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 32910261-32912132(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
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