转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 62 / 164 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36983978-36983992promoter 内 3074-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGTGAGTAGGTGGA
SmilChr07G000123 Chr07 NC_080393.1:707810-707824promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 704005-706875(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAAGGTAGGTGAA
SmilChr02G004382 Chr02 NC_080388.1:66169706-66169720promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66170680-66179784(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr06G002199 Chr06 NC_080392.1:30529068-30529082promoter 内 3001-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 30530068-30532932(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTAAGGTAGGTTGG
SmilChr05G000262 Chr05 NC_080391.1:2003996-2004010promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2000847-2002934(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G000184 Chr07 NC_080393.1:1172817-1172831promoter 内 2910-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1169473-1171740(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr08G000808 Chr08 NC_080394.1:5961750-5961764promoter 内 2866-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5954832-5960629(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr01G000653 Chr01 NC_080387.1:14519164-14519178promoter 内 2842-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14516943-14518019(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTAAGGTAGGTTGG
SmilChr08G002160 Chr08 NC_080394.1:19545341-19545355promoter 内 2812-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19541281-19544166(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGAGGTAGGTGAC
SmilChr06G002746 Chr06 NC_080392.1:39899181-39899195promoter 内 2810-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39895120-39898004(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCGAGGTAGGTGAC
SmilChr04G002944 Chr04 NC_080390.1:45755640-45755654promoter 内 2774-2788 bp - 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45752997-45754427(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATCTGGTAGGTGAC
SmilChr04G003751 Chr04 NC_080390.1:53794704-53794718promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53789656-53793462(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr08G001021 Chr08 NC_080394.1:7740275-7740289promoter 内 2726-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7732829-7739014(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr08G001057 Chr08 NC_080394.1:8122368-8122382promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8114983-8121062(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr01G004289 Chr01 NC_080387.1:61092771-61092785promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61094114-61095645(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46125623-46125637promoter 内 2646-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46123485-46124282(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr05G000821 Chr05 NC_080391.1:6452290-6452304promoter 内 2633-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6449039-6450936(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr06G002483 Chr06 NC_080392.1:35678085-35678099promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 35674146-35676689(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCAGATC
SmilChr03G003611 Chr03 NC_080389.1:54728054-54728068promoter 内 2545-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54729510-54733400(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr04G003752 Chr04 NC_080390.1:53794704-53794718promoter 内 2533-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53796172-53797181(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr02G005343 Chr02 NC_080388.1:74256456-74256470promoter 内 2498-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74253449-74254967(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G003974 Chr03 NC_080389.1:58765423-58765437promoter 内 2487-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58766937-58772361(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33889207-33889221promoter 内 2418-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33890790-33894444(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G004241 Chr07 NC_080393.1:54828231-54828245promoter 内 2407-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54829825-54832814(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTTTG
SmilChr08G002486 Chr08 NC_080394.1:23758762-23758776promoter 内 2325-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23760438-23760794(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAATGGTAGGTAGC
SmilChr05G002243 Chr05 NC_080391.1:24073012-24073026promoter 内 2317-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24074696-24077724(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGTTAGGTGAA
SmilChr05G000591 Chr05 NC_080391.1:4460870-4460884promoter 内 2285-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4462586-4464733(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGGGGTAGGTTGA
SmilChr02G002197 Chr02 NC_080388.1:39208798-39208812promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39210544-39212004(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCCTAC
SmilChr02G002196 Chr02 NC_080388.1:39195190-39195204promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39196938-39198398(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTCCTAC
SmilChr07G003612 Chr07 NC_080393.1:42422461-42422475promoter 内 2248-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42424214-42425078(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTCAA
SmilChr01G006069 Chr01 NC_080387.1:76098137-76098151promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 76091732-76096378(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGATAGTAGGTGGC
SmilChr03G001389 Chr03 NC_080389.1:16469574-16469588promoter 内 2168-2182 bp - 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16471407-16494841(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCTTTTG
SmilChr06G001416 Chr06 NC_080392.1:14865885-14865899promoter 内 2134-2148 bp + 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14861866-14864032(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCCCCGA
SmilChr01G003949 Chr01 NC_080387.1:57872817-57872831promoter 内 2082-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57874736-57878256(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCACCG
SmilChr01G006047 Chr01 NC_080387.1:75968812-75968826promoter 内 1973-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75970840-75976116(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATTGGTAGGTTGA
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