转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 65 / 141 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45620127-45620141promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45611248-45617515(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTCACCGACAATT
SmilChr04G002167 Chr04 NC_080390.1:34958452-34958466promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34950420-34955821(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGACACCGACAATG
SmilChr07G003948 Chr07 NC_080393.1:49973503-49973517promoter 内 1326-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49969804-49970842(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATCACCGACATAC
SmilChr08G004343 Chr08 NC_080394.1:53109304-53109318promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53112041-53113618(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGAGTCGGTGGGTG
SmilChr03G003283 Chr03 NC_080389.1:50859268-50859282promoter 内 1214-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50862055-50870593(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCCACCGACTGCT
SmilChr01G002484 Chr01 NC_080387.1:42564450-42564464promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42567249-42570302(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTGTCGGTAAAGG
SmilChr07G000416 Chr07 NC_080393.1:2862193-2862207promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2865000-2877630(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATCACCGACATGG
SmilChr01G004894 Chr01 NC_080387.1:66986835-66986849promoter 内 1180-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66989656-66992309(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATCACCGACTCCT
SmilChr07G002185 Chr07 NC_080393.1:20064185-20064199promoter 内 1149-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20067037-20068824(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAATCACCGACGACG
SmilChr07G000413 Chr07 NC_080393.1:2862193-2862207promoter 内 1114-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2855138-2859320(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATGTCGGTGATTG
SmilChr01G005877 Chr01 NC_080387.1:74708501-74708515promoter 内 1103-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74711399-74715640(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAACACCGACGGCA
SmilChr08G000548 Chr08 NC_080394.1:3994895-3994909promoter 内 1069-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3990043-3991977(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTTGTCGGTTGTGG
SmilChr01G004892 Chr01 NC_080387.1:66986835-66986849promoter 内 1046-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66983066-66983894(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGAGTCGGTGATGG
SmilChr01G001744 Chr01 NC_080387.1:32130800-32130814promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32127392-32127760(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGGGTCGGTGGCGC
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33027320-33027334promoter 内 909-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33020235-33024242(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATTACCGACACTA
SmilChr08G003923 Chr08 NC_080394.1:46726531-46726545promoter 内 844-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46722821-46723388(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTCACCGACGATC
SmilChr04G003196 Chr04 NC_080390.1:48791391-48791405promoter 内 829-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48794563-48799573(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATGCACCGACAGTT
SmilChr08G000269 Chr08 NC_080394.1:1836883-1836897promoter 内 821-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1840063-1842057(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCAACCGACACTT
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25327279-25327293promoter 内 757-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25323657-25324049(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCGCCACCGACTATC
SmilChr02G002556 Chr02 NC_080388.1:44469376-44469390promoter 内 705-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44464058-44466094(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCAACCGACACTT
SmilChr05G003418 Chr05 NC_080391.1:45405265-45405279promoter 内 704-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 45400912-45401982(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCAACCGACACTT
SmilChr07G003450 Chr07 NC_080393.1:38447388-38447402promoter 内 700-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38441711-38444101(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGACACCGACGACA
SmilChr06G002925 Chr06 NC_080392.1:42106232-42106246promoter 内 681-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42093662-42102926(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTTGCCG
SmilChr03G003448 Chr03 NC_080389.1:52850099-52850113promoter 内 669-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52832691-52846781(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGCAACGG
SmilChr07G003278 Chr07 NC_080393.1:34517979-34517993promoter 内 665-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34521315-34523091(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGAGTCGGTGCAGG
SmilChr01G004989 Chr01 NC_080387.1:67926942-67926956promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67920755-67923485(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGCCACGG
SmilChr07G001197 Chr07 NC_080393.1:9090795-9090809promoter 内 423-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9094373-9094489(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCACACCGACAAGA
SmilChr01G003173 Chr01 NC_080387.1:50537591-50537605promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50541175-50542457(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTTGCCG
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49853315-49853329promoter 内 385-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49856931-49862217(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGCAA
SmilChr08G004169 Chr08 NC_080394.1:51009685-51009699promoter 内 348-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51005157-51006046(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTTGCCG
SmilChr02G004966 Chr02 NC_080388.1:71576672-71576686promoter 内 333-347 bp - 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71566548-71573018(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGGCGGTGGATA
SmilChr08G000421 Chr08 NC_080394.1:3002745-3002759promoter 内 277-291 bp + 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3006469-3010515(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCGGCGGTGGAGG
SmilChr01G003293 Chr01 NC_080387.1:51619220-51619234promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51622951-51629226(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACGTAA
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77206115-77206129promoter 内 259-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 77209857-77211371(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACCACCGACTCCA
SmilChr02G003942 Chr02 NC_080388.1:61557829-61557843promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61561641-61565712(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TACTGTCGGTGAATT
SmilChr07G004166 Chr07 NC_080393.1:53547780-53547794promoter 内 3597-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 53548184-53550449(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTAGAGA
SmilChr01G003824 Chr01 NC_080387.1:56569869-56569883promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 56571041-56574573(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACAGAA
SmilChr01G004770 Chr01 NC_080387.1:65883105-65883119promoter 内 1425-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 65876097-65880543(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCGGCGGTGGAAG
SmilChr01G000389 Chr01 NC_080387.1:8012940-8012954promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 8008665-8010971(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCACTACCGACAATT
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20666428-20666442promoter 内 1630-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 20662598-20664071(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCGTCGGTGATTC
SmilChr05G000818 Chr05 NC_080391.1:6416370-6416384promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 6408083-6416333(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGTGAAAA
SmilChr07G001962 Chr07 NC_080393.1:17141341-17141355promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 17140114-17141300(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGAGTCGGTGACGG
SmilChr04G000303 Chr04 NC_080390.1:2795351-2795365promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 2794178-2795202(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGACACCGACATGG
SmilChr05G002890 Chr05 NC_080391.1:34671498-34671512promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 34672089-34681025(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGATGGCGGTGGAGG
SmilChr07G003915 Chr07 NC_080393.1:49399007-49399021promoter 内 3299-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 49399709-49401422(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCGTCGGTGACTA
SmilChr06G000819 Chr06 NC_080392.1:7718487-7718501promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 7719430-7722625(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCCGTCGGTGATCG
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73243413-73243427promoter 内 2990-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 73244424-73246790(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGCCGTCGGTGATTT
SmilChr02G001682 Chr02 NC_080388.1:31058888-31058902promoter 内 2667-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 31060222-31061972(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCCGTCGGTGATCG
SmilChr01G001072 Chr01 NC_080387.1:22125125-22125139promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 22121188-22123773(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGCGGCGGTGGAGC
SmilChr08G001662 Chr08 NC_080394.1:13830224-13830238promoter 内 2562-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 13831663-13835951(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGCTCACCGACAGCA