转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 65 / 147 下载 TSV

上一页 65 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001020 Chr04 NC_080390.1:14292277-14292291promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 14288685-14289998(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGAAAAGTTTGGCAA
SmilChr01G005149 Chr01 NC_080387.1:69269811-69269825promoter 内 1701-1715 bp - 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 69266267-69267525(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACGGGTTAGGTGT
SmilChr01G001985 Chr01 NC_080387.1:35279401-35279415promoter 内 1605-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 35281797-35284169(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACTAATTAGGTAG
SmilChr03G000731 Chr03 NC_080389.1:8219680-8219694promoter 内 1391-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 8215976-8217084(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACCTAACTAGAAT
SmilChr01G002697 Chr01 NC_080387.1:45231097-45231111promoter 内 1182-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 45233916-45235474(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACAATAAA
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3293050-3293064promoter 内 1177-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 3295874-3297706(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGAAATTTAGGTAG
SmilChr01G004805 Chr01 NC_080387.1:66246089-66246103promoter 内 1025-1039 bp + 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 66249065-66252509(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGAAATTTAGGTAG
SmilChr03G003152 Chr03 NC_080389.1:48883288-48883302promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 48879391-48880158(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCCTAACTTTTTC
SmilChr04G000852 Chr04 NC_080390.1:10769442-10769456promoter 内 854-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 10772589-10778509(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTCAGTTAGGCAT
SmilChr03G004659 Chr03 NC_080389.1:64077379-64077393promoter 内 768-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 64080612-64082060(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGGTAATTAGGTAG
SmilChr01G004219 Chr01 NC_080387.1:60581690-60581704promoter 内 576-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 60576167-60578279(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACCTAATT
SmilChr02G003768 Chr02 NC_080388.1:59390921-59390935promoter 内 553-567 bp + 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 59384811-59387487(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCATGGA
SmilChr03G000015 Chr03 NC_080389.1:146364-146378promoter 内 298-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 150067-153412(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTTGAAATTAGGTAC
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6347513-6347527promoter 内 11-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 6341401-6343537(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGATATGTTAGGTAA
SmilChr04G000871 Chr04 NC_080390.1:11023955-11023969promoter 内 3965-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11022968-11023933(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACATATCA
SmilChr01G002709 Chr01 NC_080387.1:45350080-45350094promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 45349054-45350040(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGCCTAACTAAATA
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22141511-22141525promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTGATTT
SmilChr03G004719 Chr03 NC_080389.1:64420459-64420473promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64417066-64420306(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAAACGGTTAGGTGT
SmilChr01G001127 Chr01 NC_080387.1:22870884-22870898promoter 内 3735-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22871150-22872813(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAATTTCGA
SmilChr02G000607 Chr02 NC_080388.1:8839159-8839173promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 8839471-8846778(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAATAATTAGGTAT
SmilChr04G001802 Chr04 NC_080390.1:29513570-29513584promoter 内 3649-3663 bp + 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29511660-29513232(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAATTTCGA
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44332767-44332781promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44330640-44332402(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTTTAAG
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34772081-34772095promoter 内 3439-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34772643-34776230(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACATGAAT
SmilChr02G002538 Chr02 NC_080388.1:44159339-44159353promoter 内 3433-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44159907-44165662(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAAAGTTTGGTGG
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23453264-23453278promoter 内 3395-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23437008-23452672(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTCCTAACTTTTTT
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65518346-65518360promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCTTTAC
SmilChr03G002609 Chr03 NC_080389.1:41500894-41500908promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41500089-41500194(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCTGGTTAGGTAC
SmilChr04G001713 Chr04 NC_080390.1:28313520-28313534promoter 内 3280-3294 bp + 707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28308093-28312813(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGACCTAACCCTAGC
SmilChr03G003633 Chr03 NC_080389.1:55007267-55007281promoter 内 3270-3284 bp + 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55007998-55009489(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGAGGATTAGGTAG
SmilChr03G001127 Chr03 NC_080389.1:13027368-13027382promoter 内 3187-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13024837-13026568(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATTAGGTTAGGTCC
SmilChr03G004211 Chr03 NC_080389.1:60716746-60716760promoter 内 3170-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60713264-60715929(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTTATAGTTAGGTTT
SmilChr04G001688 Chr04 NC_080390.1:27930361-27930375promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27931204-27932173(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACCTTGAA
SmilChr03G000432 Chr03 NC_080389.1:4681567-4681581promoter 内 3151-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4682417-4684700(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAAAAGATTAGGTAT
SmilChr03G001177 Chr03 NC_080389.1:13524138-13524152promoter 内 3070-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13525069-13537051(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTAAATTTAGGTAG
SmilChr04G001161 Chr04 NC_080390.1:17248135-17248149promoter 内 3066-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17246738-17247214(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTTCTAGTTAGGTTT
SmilChr02G002370 Chr02 NC_080388.1:41502856-41502870promoter 内 2987-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41503870-41505828(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATAAATTAGGTAC
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