转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 66 / 134 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000738 Chr01 NC_080387.1:16364826-16364840promoter 内 534-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16360156-16361373(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCCTGCCGACTTCT
SmilChr02G001627 Chr02 NC_080388.1:30229638-30229652promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30215940-30226165(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGCGGGCCGACACCG
SmilChr05G002303 Chr05 NC_080391.1:24900935-24900949promoter 内 514-528 bp - 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24895899-24897462(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGGCGCCGACAATC
SmilChr08G004075 Chr08 NC_080394.1:49376381-49376395promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49379955-49381499(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGGTACCGACATTC
SmilChr03G002250 Chr03 NC_080389.1:35434637-35434651promoter 内 419-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35428730-35431069(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAGCGCCGACAAAG
SmilChr01G005335 Chr01 NC_080387.1:70566196-70566210promoter 内 398-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70558421-70562607(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCAGCCC
SmilChr01G001234 Chr01 NC_080387.1:24765906-24765920promoter 内 378-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24769529-24773415(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACAACCGACATCT
SmilChr08G002868 Chr08 NC_080394.1:28532687-28532701promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28528263-28529024(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTCGCCGACAGGC
SmilChr01G004554 Chr01 NC_080387.1:63645086-63645100promoter 内 138-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63638057-63641237(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTGTCGGCCCTGT
SmilChr02G003942 Chr02 NC_080388.1:61557770-61557784promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61561641-61565712(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACGGCCGACACGT
SmilChr08G004934 Chr08 NC_080394.1:58247557-58247571promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58251434-58258182(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCGTCGGCAACCG
SmilChr05G004139 Chr05 NC_080391.1:55370877-55370891promoter 内 73-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55365107-55366963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGTATGTG
SmilChr05G003349 Chr05 NC_080391.1:44197429-44197443promoter 内 57-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44201373-44201921(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCCACAC
SmilChr05G004252 Chr05 NC_080391.1:56315460-56315474promoter 内 26-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56319435-56322856(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCTTCAA
SmilChr01G002893 Chr01 NC_080387.1:47620117-47620131promoter 内 2-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47615292-47616132(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGTCGGCAGAAT
SmilChr05G003357 Chr05 NC_080391.1:44340902-44340916promoter 内 411-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 44344492-44345756(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGTACAGA
SmilChr05G004146 Chr05 NC_080391.1:55397683-55397697promoter 内 395-409 bp + 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 55401289-55402411(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGGCGCCGACAAAC
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3125889-3125903promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3122092-3125257(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTCGCCGACAGCT
SmilChr08G003889 Chr08 NC_080394.1:46213077-46213091promoter 内 3045-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 46208058-46212135(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGCAAA
SmilChr04G001759 Chr04 NC_080390.1:28911880-28911894promoter 内 2757-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 28910544-28910650(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGCTGCCGACTTCA
SmilChr01G004229 Chr01 NC_080387.1:60672116-60672130promoter 内 2611-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 60673506-60674711(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGAAGCCGACATCT
SmilChr08G001302 Chr08 NC_080394.1:10373310-10373324promoter 内 2191-2205 bp - 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 10368713-10371514(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTGACCGACATAT
SmilChr06G001833 Chr06 NC_080392.1:21514413-21514427promoter 内 2033-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 21512097-21512459(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCTGCCGACAAGC
SmilChr02G004950 Chr02 NC_080388.1:71442428-71442442promoter 内 1974-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 71444455-71450469(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCCGGCCGACAACC
SmilChr02G000870 Chr02 NC_080388.1:14956855-14956869promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 14953826-14954797(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACACGTCGGCAATCG
SmilChr02G004972 Chr02 NC_080388.1:71611746-71611760promoter 内 637-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 71605631-71608396(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAAGGC
SmilChr04G001176 Chr04 NC_080390.1:17739757-17739771promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 17733441-17735924(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGATGCCGACACCG
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65853192-65853206promoter 内 3976-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 65853217-65854059(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTGTGCCGACTTCC
SmilChr08G001870 Chr08 NC_080394.1:16195339-16195353promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16194076-16195318(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGACCGACATTG
SmilChr05G001525 Chr05 NC_080391.1:13966002-13966016promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13962947-13965893(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAATACCGACATGG
SmilChr08G001419 Chr08 NC_080394.1:11354471-11354485promoter 内 3830-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11354642-11355211(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCTATGG
SmilChr08G004383 Chr08 NC_080394.1:53569711-53569725promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53567720-53569477(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTTGTCGGCGGCTT
SmilChr08G003511 Chr08 NC_080394.1:37668161-37668175promoter 内 3752-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37666346-37667926(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACCACCGACATTT
SmilChr06G001102 Chr06 NC_080392.1:11077228-11077242promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11073876-11076977(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGACTACCGACATAT
SmilChr08G002926 Chr08 NC_080394.1:29325908-29325922promoter 内 3638-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29323178-29325559(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGATGCCGACATAT
SmilChr05G001824 Chr05 NC_080391.1:18249311-18249325promoter 内 3629-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18245791-18248953(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGAGGCCGACATAC
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