转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 67 / 160 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5369200-5369210promoter 内 829-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 5365559-5366038(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr05G002081 Chr05 NC_080391.1:21741390-21741400promoter 内 771-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 21744620-21746183(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr02G001963 Chr02 NC_080388.1:35457683-35457693promoter 内 744-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 35451519-35454436(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr01G000378 Chr01 NC_080387.1:7780436-7780446promoter 内 679-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 7783758-7787536(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTA
SmilChr03G000530 Chr03 NC_080389.1:5665528-5665538promoter 内 653-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 5654198-5662190(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr03G000990 Chr03 NC_080389.1:11229651-11229661promoter 内 584-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 11233068-11237833(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr03G003374 Chr03 NC_080389.1:52102349-52102359promoter 内 562-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 52097480-52098920(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTACCT
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3299612-3299622promoter 内 514-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3303099-3307437(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTACCT
SmilChr05G001117 Chr05 NC_080391.1:9326170-9326180promoter 内 492-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 9322330-9322671(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTAACGGTTA
SmilChr06G003113 Chr06 NC_080392.1:43983080-43983090promoter 内 468-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 43976360-43979557(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTA
SmilChr08G002095 Chr08 NC_080394.1:18830853-18830863promoter 内 382-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18834472-18842370(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTAACGGTTA
SmilChr07G004437 Chr07 NC_080393.1:57046768-57046778promoter 内 347-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 57042444-57043124(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr03G002208 Chr03 NC_080389.1:34781758-34781768promoter 内 335-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 34776289-34778102(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCAA
SmilChr02G004240 Chr02 NC_080388.1:64585651-64585661promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 64589329-64596205(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCAA
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49475669-49475679promoter 内 240-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr05G004261 Chr05 NC_080391.1:56403516-56403526promoter 内 204-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 56407313-56408989(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr04G002091 Chr04 NC_080390.1:33742370-33742380promoter 内 87-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 33735205-33738466(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCAA
SmilChr03G000752 Chr03 NC_080389.1:8587384-8587394promoter 内 42-52 bp - 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 8591343-8605619(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACTACGGTTA
SmilChr03G002315 Chr03 NC_080389.1:36460042-36460052promoter 内 10-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 36453037-36456061(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr07G004557 Chr07 NC_080393.1:58307902-58307912promoter 内 10-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 58300178-58303921(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr04G001661 Chr04 NC_080390.1:27588269-27588279promoter 内 3863-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 27588407-27589223(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGTA
SmilChr07G002184 Chr07 NC_080393.1:20053734-20053744promoter 内 3013-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 20054722-20055733(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCGACGGTTA
SmilChr04G001735 Chr04 NC_080390.1:28589071-28589081promoter 内 2999-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 28586442-28588079(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGAA
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71258275-71258285promoter 内 1378-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 71260898-71273264(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCGACGGTTA
SmilChr04G001736 Chr04 NC_080390.1:28589071-28589081promoter 内 1329-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 28591743-28591829(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCGACGGTTA
SmilChr02G000247 Chr02 NC_080388.1:3203748-3203758promoter 内 666-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 3198029-3200423(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCATACGGTTG
SmilChr07G002771 Chr07 NC_080393.1:27576974-27576984promoter 内 633-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 27570522-27573616(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGCT
SmilChr02G000033 Chr02 NC_080388.1:406707-406717promoter 内 3985-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 405610-406701(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCATACGGTTG
SmilChr03G002797 Chr03 NC_080389.1:44462876-44462886promoter 内 3845-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 44463032-44463935(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCATACGGTTG
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7205543-7205553promoter 内 3829-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 7202489-7205381(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TACGACGGTTA
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10099577-10099587promoter 内 3824-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 10099754-10101707(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCGACGGTTA
SmilChr07G002259 Chr07 NC_080393.1:20793426-20793436promoter 内 3814-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20792285-20793249(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGAA
SmilChr04G001333 Chr04 NC_080390.1:21527614-21527624promoter 内 3798-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 21527817-21535119(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGAA
SmilChr06G001928 Chr06 NC_080392.1:23451549-23451559promoter 内 3781-3791 bp + 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 23451769-23455431(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGAA
SmilChr04G004183 Chr04 NC_080390.1:56395940-56395950promoter 内 3769-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56396172-56399234(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGTA
SmilChr06G000149 Chr06 NC_080392.1:1046767-1046777promoter 内 3710-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1047058-1048865(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCGAA
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