转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 67 / 119 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002253 Chr02 NC_080388.1:39972034-39972044promoter 内 902-912 bp + 3089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39965687-39968945(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGT
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4486387-4486397promoter 内 891-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4489497-4492600(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCGCC
SmilChr02G001119 Chr02 NC_080388.1:20153016-20153026promoter 内 837-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20156180-20156251(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAAAA
SmilChr02G002305 Chr02 NC_080388.1:40671506-40671516promoter 内 765-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40666821-40668280(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGCGGTCAACG
SmilChr01G004118 Chr01 NC_080387.1:59707829-59707839promoter 内 683-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59711147-59712513(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCGCC
SmilChr01G001256 Chr01 NC_080387.1:25206003-25206013promoter 内 650-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25198578-25202662(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGT
SmilChr01G000968 Chr01 NC_080387.1:20521727-20521737promoter 内 581-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20515673-20518317(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGT
SmilChr01G000001 Chr01 NC_080387.1:44308-44318promoter 内 570-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47739-50415(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTCTG
SmilChr01G002938 Chr01 NC_080387.1:48154875-48154885promoter 内 506-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48158370-48164782(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGT
SmilChr01G003812 Chr01 NC_080387.1:56497830-56497840promoter 内 452-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56492209-56494291(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAAAA
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228171-10228181promoter 内 384-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTGGTCAACG
SmilChr01G002184 Chr01 NC_080387.1:37969174-37969184promoter 内 348-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37965046-37965531(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CAGAGTCAACT
SmilChr01G002303 Chr01 NC_080387.1:39900888-39900898promoter 内 3988-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 39892365-39900885(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTA
SmilChr01G005735 Chr01 NC_080387.1:73481185-73481195promoter 内 3147-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 5 73479335-73480341(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTTGACTTAA
SmilChr01G001266 Chr01 NC_080387.1:25347630-25347640promoter 内 3941-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 25347690-25350063(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTATA
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77067407-77067417promoter 内 3637-3647 bp - 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 77064432-77067053(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr01G006118 Chr01 NC_080387.1:76705429-76705439promoter 内 3427-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 76706003-76715706(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G000009 Chr02 NC_080388.1:69778-69788promoter 内 3360-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 70419-73585(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATAGTCAACA
SmilChr01G005746 Chr01 NC_080387.1:73547785-73547795promoter 内 3272-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 73548514-73550514(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G003969 Chr02 NC_080388.1:61870455-61870465promoter 内 2262-2272 bp + 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 61872194-61874227(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTCAGTCAACC
SmilChr02G001567 Chr02 NC_080388.1:29069287-29069297promoter 内 637-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 29072651-29074053(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr01G003015 Chr01 NC_080387.1:49183070-49183080promoter 内 567-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 49178327-49179646(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATAGTCAACA
SmilChr02G002276 Chr02 NC_080388.1:40211632-40211642promoter 内 544-554 bp + 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 40215089-40215653(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TACAGTCAACA
SmilChr01G004579 Chr01 NC_080387.1:63849078-63849088promoter 内 260-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 63843623-63845347(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATAGTCAACA
SmilChr01G006186 Chr01 NC_080387.1:77410124-77410134promoter 内 77-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 77401606-77406210(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTGAG
SmilChr01G006163 Chr01 NC_080387.1:77056239-77056249promoter 内 3551-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 77045680-77055799(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr01G006112 Chr01 NC_080387.1:76657204-76657214promoter 内 3511-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 76657694-76660224(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G002427 Chr02 NC_080388.1:42249690-42249700promoter 内 3473-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 42250218-42250874(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTTAGTCAACC
SmilChr01G001230 Chr01 NC_080387.1:24723333-24723343promoter 内 3434-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 24723900-24725622(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTA
SmilChr01G006153 Chr01 NC_080387.1:76997508-76997518promoter 内 3386-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 76973223-76996903(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr01G000349 Chr01 NC_080387.1:7167083-7167093promoter 内 3370-3380 bp - 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 7167714-7170836(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTATA
SmilChr01G002107 Chr01 NC_080387.1:37099162-37099172promoter 内 3237-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 37089875-37098408(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TACAGTCAACA
SmilChr01G006119 Chr01 NC_080387.1:76717330-76717340promoter 内 2419-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 76718912-76777689(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAAAG
SmilChr02G001720 Chr02 NC_080388.1:31649372-31649382promoter 内 2061-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 31651312-31654382(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CTCAGTCAACC
SmilChr01G000836 Chr01 NC_080387.1:18056318-18056328promoter 内 1984-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 18058335-18060262(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTGCT
SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2408755-2408765promoter 内 1832-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 2410924-2412487(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATAGTCAACA
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