转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 69 / 149 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001825 Chr02 NC_080388.1:33284155-33284169promoter 内 3121-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33281548-33283289(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTCTTATCCAATCT
SmilChr04G002085 Chr04 NC_080390.1:33611155-33611169promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33609571-33610282(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CCTATGGATAATGAT
SmilChr02G004581 Chr02 NC_080388.1:68305531-68305545promoter 内 3112-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68300347-68304656(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCAAAAT
SmilChr01G005120 Chr01 NC_080387.1:68997718-68997732promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68996026-68996835(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CCTATGGATAATGAT
SmilChr04G000622 Chr04 NC_080390.1:7072948-7072962promoter 内 3038-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7070855-7071999(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGCCTTATCCGATCG
SmilChr01G000764 Chr01 NC_080387.1:16765819-16765833promoter 内 3007-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16766813-16767244(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAATTTT
SmilChr02G003988 Chr02 NC_080388.1:62132807-62132821promoter 内 2935-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62133873-62135651(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCAAATA
SmilChr02G003860 Chr02 NC_080388.1:60437842-60437856promoter 内 2902-2916 bp - 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60433766-60436757(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTCATCCATATC
SmilChr03G001723 Chr03 NC_080389.1:23135685-23135699promoter 内 2871-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23133489-23134569(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACATTATCCATGAA
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37823315-37823329promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37818396-37822196(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATATT
SmilChr04G002833 Chr04 NC_080390.1:44440066-44440080promoter 内 2674-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44441393-44446798(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCGTTATCCAATTT
SmilChr04G000655 Chr04 NC_080390.1:7429620-7429634promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7425185-7428253(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAATTGGATAAAAAT
SmilChr03G002056 Chr03 NC_080389.1:31295499-31295513promoter 内 2559-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31291352-31294071(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACATGGATAAGGCA
SmilChr02G001795 Chr02 NC_080388.1:32720547-32720561promoter 内 2556-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32721992-32722846(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTTATCCATGTT
SmilChr03G000245 Chr03 NC_080389.1:2914662-2914676promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2909013-2913172(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATTAGGTA
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33889285-33889299promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33890790-33894444(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTTTTAT
SmilChr01G004392 Chr01 NC_080387.1:62094812-62094826promoter 内 2482-2496 bp - 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62091011-62093307(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTAATCCATAAT
SmilChr03G001337 Chr03 NC_080389.1:15607643-15607657promoter 内 2464-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15609180-15610408(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAAGTTG
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46527935-46527949promoter 内 2429-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46524990-46526377(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr03G000380 Chr03 NC_080389.1:4254104-4254118promoter 内 2413-2427 bp + 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4255692-4259229(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCAAAAT
SmilChr01G004366 Chr01 NC_080387.1:61846908-61846922promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61844665-61845294(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAATTTT
SmilChr01G002871 Chr01 NC_080387.1:47316540-47316554promoter 内 2356-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47313474-47314909(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCCTATCCATATA
SmilChr03G004143 Chr03 NC_080389.1:60263444-60263458promoter 内 2336-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60260957-60261793(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATATGGTA
SmilChr01G003003 Chr01 NC_080387.1:49025939-49025953promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49021629-49024272(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTCTTATCCTATCA
SmilChr01G001057 Chr01 NC_080387.1:21900327-21900341promoter 内 2312-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21902016-21904918(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAACTTATCCACTAA
SmilChr01G005175 Chr01 NC_080387.1:69490332-69490346promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69492036-69501572(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAAAAAT
SmilChr02G004006 Chr02 NC_080388.1:62401704-62401718promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62398858-62400003(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCTTTGG
SmilChr03G004458 Chr03 NC_080389.1:62682153-62682167promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62675581-62680429(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr02G002909 Chr02 NC_080388.1:49398336-49398350promoter 内 2253-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49394295-49396602(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAAAAAT
SmilChr01G002845 Chr01 NC_080387.1:47021830-47021844promoter 内 2226-2240 bp + 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47019019-47020069(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr02G003189 Chr02 NC_080388.1:53048494-53048508promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53050277-53053110(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr02G004886 Chr02 NC_080388.1:70946409-70946423promoter 内 2150-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70938481-70944572(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTGGATAAGAAA
SmilChr02G001425 Chr02 NC_080388.1:26913435-26913449promoter 内 2145-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26915291-26916539(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTCATCCATATC
SmilChr04G003261 Chr04 NC_080390.1:49334098-49334112promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49329302-49332248(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAAAAAT
SmilChr02G002463 Chr02 NC_080388.1:42972567-42972581promoter 内 2090-2104 bp + 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42965984-42970670(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr03G003767 Chr03 NC_080389.1:56811590-56811604promoter 内 2056-2070 bp - 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56813535-56818388(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATGAGATA
SmilChr02G003821 Chr02 NC_080388.1:59834297-59834311promoter 内 2052-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59823695-59832362(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCTTTATCCAAAAA
SmilChr04G001462 Chr04 NC_080390.1:24043244-24043258promoter 内 2042-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24039713-24041299(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTTATTA
SmilChr04G003262 Chr04 NC_080390.1:49334098-49334112promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49336167-49338631(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAATAC
SmilChr03G001756 Chr03 NC_080389.1:23887744-23887758promoter 内 1931-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23889814-23893119(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAAGGGATAAGGTA
SmilChr02G003892 Chr02 NC_080388.1:61013634-61013648promoter 内 1845-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61015790-61018966(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCTTTGT
SmilChr03G004459 Chr03 NC_080389.1:62682153-62682167promoter 内 1833-1847 bp + 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62679200-62679999(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58875593-58875607promoter 内 1824-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58877770-58889743(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTATTGGATAAAAAT
SmilChr02G003548 Chr02 NC_080388.1:56629657-56629671promoter 内 1812-1826 bp - 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56620362-56627482(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCTCTTATCCAATAA
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12578916-12578930promoter 内 1761-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAATTTT
SmilChr04G001554 Chr04 NC_080390.1:25735113-25735127promoter 内 1738-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25730226-25732864(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCAACGGATAAGATT
SmilChr03G003996 Chr03 NC_080389.1:59001277-59001291promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59003570-59004740(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr02G003606 Chr02 NC_080388.1:57312732-57312746promoter 内 1699-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57304569-57310444(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCTCTTATCCAATAA
SmilChr04G003745 Chr04 NC_080390.1:53745448-53745462promoter 内 1695-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 53747754-53748552(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGAGA
SmilChr02G001014 Chr02 NC_080388.1:17884686-17884700promoter 内 1694-1708 bp - 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17886993-17888133(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGAATGGATAAGAGA