转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 69 / 161 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000115 Chr08 NC_080394.1:722646-722659promoter 内 3713-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 717236-722371(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTAG
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58072388-58072401promoter 内 3712-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58067179-58072112(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr06G002097 Chr06 NC_080392.1:27913310-27913323promoter 内 3685-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27906980-27913007(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAT
SmilChr08G000116 Chr08 NC_080394.1:722646-722659promoter 内 3617-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 723030-725755(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAAGAT
SmilChr03G003123 Chr03 NC_080389.1:48412352-48412365promoter 内 3589-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48410416-48411953(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTAG
SmilChr03G003244 Chr03 NC_080389.1:50334417-50334430promoter 内 3588-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50331753-50334017(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTTT
SmilChr03G000231 Chr03 NC_080389.1:2747825-2747838promoter 内 3585-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2745107-2747422(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr02G005558 Chr02 NC_080388.1:75536814-75536827promoter 内 3497-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75534486-75536323(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACAT
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60964063-60964076promoter 内 3477-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60963097-60963552(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr01G002380 Chr01 NC_080387.1:41001931-41001944promoter 内 3473-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41002459-41005081(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACAT
SmilChr03G004168 Chr03 NC_080389.1:60440232-60440245promoter 内 3473-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60438161-60439717(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCAAGTCAACGAG
SmilChr01G001183 Chr01 NC_080387.1:23896358-23896371promoter 内 3427-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23890170-23895797(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr04G000413 Chr04 NC_080390.1:4327587-4327600promoter 内 3392-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4328196-4338998(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTTACT
SmilChr01G005716 Chr01 NC_080387.1:73365539-73365552promoter 内 3322-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73366218-73368088(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACATTTA
SmilChr02G005559 Chr02 NC_080388.1:75536814-75536827promoter 内 3245-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75537570-75540144(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTT
SmilChr04G003819 Chr04 NC_080390.1:54337672-54337685promoter 内 3181-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54338492-54342182(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTTAG
SmilChr03G004247 Chr03 NC_080389.1:60964063-60964076promoter 内 3160-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60964904-60965829(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAT
SmilChr05G001077 Chr05 NC_080391.1:8959879-8959892promoter 内 3091-3104 bp - 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8956587-8958982(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTT
SmilChr03G001856 Chr03 NC_080389.1:25588033-25588046promoter 内 3090-3103 bp + 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25588944-25589594(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCTTTGACTTTAG
SmilChr03G003482 Chr03 NC_080389.1:53379493-53379506promoter 内 3005-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53375085-53378510(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTCTCC
SmilChr07G002518 Chr07 NC_080393.1:23859009-23859022promoter 内 2997-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23860013-23860782(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr07G002436 Chr07 NC_080393.1:22776322-22776335promoter 内 2992-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22777331-22778311(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTT
SmilChr06G000782 Chr06 NC_080392.1:7324121-7324134promoter 内 2943-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7320730-7323076(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAT
SmilChr05G000052 Chr05 NC_080391.1:245878-245891promoter 内 2933-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 246946-248099(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTT
SmilChr01G006022 Chr01 NC_080387.1:75806748-75806761promoter 内 2932-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75800542-75805692(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTGA
SmilChr05G000224 Chr05 NC_080391.1:1756244-1756257promoter 内 2885-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1752819-1755141(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAACCT
SmilChr04G000521 Chr04 NC_080390.1:5746249-5746262promoter 内 2877-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5738820-5745138(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTT
SmilChr06G001284 Chr06 NC_080392.1:13421959-13421972promoter 内 2793-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13423167-13425705(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTGA
SmilChr03G002472 Chr03 NC_080389.1:39180962-39180975promoter 内 2598-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39182365-39183194(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAATCT
SmilChr01G004018 Chr01 NC_080387.1:58569118-58569131promoter 内 2568-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58570551-58571947(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACCTTCA
SmilChr04G004170 Chr04 NC_080390.1:56341697-56341710promoter 内 2567-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56343131-56349827(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAGGTCAACGAA
SmilChr01G004392 Chr01 NC_080387.1:62094744-62094757promoter 内 2551-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62091011-62093307(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTC
SmilChr06G002187 Chr06 NC_080392.1:30248674-30248687promoter 内 2452-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30250223-30251270(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTT
SmilChr06G002885 Chr06 NC_080392.1:41680942-41680955promoter 内 2416-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41677201-41679370(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACGTTGACTTGCG
SmilChr04G000522 Chr04 NC_080390.1:5746249-5746262promoter 内 2406-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5747844-5748431(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACTC
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50035253-50035266promoter 内 2381-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TATAAGTCAACTAC
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