转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 7 / 137 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000883 Chr02 NC_080388.1:15226395-15226403promoter 内 2792-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 15222287-15225194(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr07G000275 Chr07 NC_080393.1:1785681-1785689promoter 内 2722-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 1786960-1789538(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr02G003129 Chr02 NC_080388.1:52321343-52321351promoter 内 2666-2674 bp - 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 52318231-52320016(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76070076-76070084promoter 内 2541-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 76071536-76075726(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr07G000882 Chr07 NC_080393.1:6300547-6300555promoter 内 2532-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 6302016-6302086(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr02G003848 Chr02 NC_080388.1:60217275-60217283promoter 内 2421-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60218855-60219814(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr02G003846 Chr02 NC_080388.1:60217275-60217283promoter 内 2187-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60211654-60215469(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr07G000737 Chr07 NC_080393.1:5137755-5137763promoter 内 2111-2119 bp + 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 5130726-5135873(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr08G002195 Chr08 NC_080394.1:19834248-19834256promoter 内 2072-2080 bp - 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 19836177-19841497(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr02G000036 Chr02 NC_080388.1:437443-437451promoter 内 1954-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 430101-435404(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr01G004960 Chr01 NC_080387.1:67696020-67696028promoter 内 1515-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 67692933-67693542(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr04G003403 Chr04 NC_080390.1:50602527-50602535promoter 内 1429-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 50605099-50605566(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr04G000213 Chr04 NC_080390.1:1890047-1890055promoter 内 1287-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 1886190-1887341(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr08G001926 Chr08 NC_080394.1:16786718-16786726promoter 内 713-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 16790006-16791246(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr01G001863 Chr01 NC_080387.1:33587686-33587694promoter 内 577-585 bp + 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 33583866-33584270(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr01G001906 Chr01 NC_080387.1:34153827-34153835promoter 内 542-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 34149806-34150376(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60827736-60827744promoter 内 506-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 60831231-60832355(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr03G001500 Chr03 NC_080389.1:18328592-18328600promoter 内 197-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 18332396-18336861(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr07G000453 Chr07 NC_080393.1:3204900-3204908promoter 内 42-50 bp - 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 3198631-3200949(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCGTACGGA
SmilChr01G001145 Chr01 NC_080387.1:23410066-23410074promoter 内 18-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 23414049-23416919(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGG
SmilChr03G002170 Chr03 NC_080389.1:33750362-33750370promoter 内 2126-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 4 33746205-33748495(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCGTACGGA
SmilChr05G002904 Chr05 NC_080391.1:34887510-34887518promoter 内 1666-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 34889845-34890957(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr02G002575 Chr02 NC_080388.1:44768902-44768910promoter 内 819-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 44763248-44765728(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr03G000496 Chr03 NC_080389.1:5312467-5312475promoter 内 3816-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 5308165-5312290(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCGTACGGA
SmilChr05G001542 Chr05 NC_080391.1:14128599-14128607promoter 内 3485-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 14125695-14128091(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCGTACGGA
SmilChr07G001830 Chr07 NC_080393.1:15783569-15783577promoter 内 3272-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 15784298-15792016(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr02G001981 Chr02 NC_080388.1:35751750-35751758promoter 内 3148-3156 bp + 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 35748952-35750905(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr01G006093 Chr01 NC_080387.1:76409617-76409625promoter 内 3033-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 76405283-76408657(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr01G005709 Chr01 NC_080387.1:73321610-73321618promoter 内 2899-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 73322712-73323531(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr06G001300 Chr06 NC_080392.1:13555835-13555843promoter 内 2843-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13551704-13554685(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr05G003761 Chr05 NC_080391.1:50860290-50860298promoter 内 2712-2720 bp - 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 50861579-50864291(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr05G001543 Chr05 NC_080391.1:14128599-14128607promoter 内 2576-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 14130024-14133923(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr04G003604 Chr04 NC_080390.1:52498495-52498503promoter 内 2052-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 52494122-52496554(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
SmilChr01G005746 Chr01 NC_080387.1:73546341-73546349promoter 内 1828-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 73548514-73550514(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCGTACGGA
SmilChr01G000607 Chr01 NC_080387.1:13461319-13461327promoter 内 1113-1121 bp - 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13458369-13458439(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GCGTACGGA
SmilChr02G003945 Chr02 NC_080388.1:61597807-61597815promoter 内 1056-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 61591200-61594870(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACGC
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