转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 7 / 152 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003966 Chr01 NC_080387.1:58096843-58096861promoter 内 205-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 58100639-58105464(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCCGCCAACCACCGCCTT
SmilChr01G005998 Chr01 NC_080387.1:75569791-75569809promoter 内 82-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 75564120-75565890(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGATTCCACCCACCTTTGC
SmilChr01G005564 Chr01 NC_080387.1:72446053-72446071promoter 内 52-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72440327-72442122(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGCGGTGGTTGAAGTCG
SmilChr01G003600 Chr01 NC_080387.1:54559935-54559953promoter 内 25-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54563911-54565456(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCAAGGTGGTTGGAAAGG
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61095888-61095906promoter 内 15-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTCCCAACCACCCACGC
SmilChr01G003562 Chr01 NC_080387.1:54218242-54218260promoter 内 2394-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 54219849-54224105(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGATGTGGTTGGGGAAA
SmilChr02G000397 Chr02 NC_080388.1:4913273-4913291promoter 内 1910-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 4915364-4916889(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTGGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr02G001685 Chr02 NC_080388.1:31092837-31092855promoter 内 3785-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 31091839-31092639(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAGGTGGTTGCGGTGC
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69179288-69179306promoter 内 3708-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 69170025-69179013(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGGTGGTTGGTGGCG
SmilChr02G003424 Chr02 NC_080388.1:55444936-55444954promoter 内 3465-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 55445472-55451947(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTGGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr05G001259 Chr05 NC_080391.1:10732214-10732232promoter 内 1927-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 10727582-10730158(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAGGGTGGTTGAAGTCG
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71496271-71496289promoter 内 1472-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 71491638-71493760(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGGTGGTTGGTGGCG
SmilChr01G005310 Chr01 NC_080387.1:70352498-70352516promoter 内 409-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70348448-70348924(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTAGTGGTTGAAGGGG
SmilChr03G001974 Chr03 NC_080389.1:28490285-28490303promoter 内 3524-3542 bp + 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 28487679-28489826(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTGGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr03G001332 Chr03 NC_080389.1:15559938-15559956promoter 内 3418-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 15559292-15559373(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGGGGTGGTTGGAGCCG
SmilChr03G001414 Chr03 NC_080389.1:16795968-16795986promoter 内 3401-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16796568-16796649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGGGGTGGTTGGAGCCG
SmilChr04G001144 Chr04 NC_080390.1:16860134-16860152promoter 内 3170-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16860965-16865244(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTTTCAACCACCGCCCC
SmilChr03G004456 Chr03 NC_080389.1:62660009-62660027promoter 内 3077-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 62660933-62664423(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTAAGGTGGTTGAGGTGG
SmilChr01G005016 Chr01 NC_080387.1:68167204-68167222promoter 内 2907-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 68161119-68166128(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCCCAACCACATCATC
SmilChr01G001038 Chr01 NC_080387.1:21605968-21605986promoter 内 2638-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 21607331-21608758(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAAAGTGGTTGAGGTTG
SmilChr05G000999 Chr05 NC_080391.1:8110450-8110468promoter 内 1917-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8107229-8108384(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTGGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr04G003800 Chr04 NC_080390.1:54185135-54185153promoter 内 1431-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54180144-54182583(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAGGTGGTTGGTTGAG
SmilChr01G003392 Chr01 NC_080387.1:52647367-52647385promoter 内 1401-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52644354-52644785(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGTGGAGG
SmilChr01G004995 Chr01 NC_080387.1:67997496-67997514promoter 内 1373-1391 bp - 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 67990440-67994886(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCCCAACCACTACCGC
SmilChr01G004106 Chr01 NC_080387.1:59570787-59570805promoter 内 1276-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59566356-59568080(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAAAGTGGTTGTGGAGG
SmilChr02G001844 Chr02 NC_080388.1:33664266-33664284promoter 内 720-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 33657329-33661003(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGGTGTGGTTGGGGAAG
SmilChr01G005377 Chr01 NC_080387.1:70999016-70999034promoter 内 279-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70990844-70995312(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGTTGGTGGTTGAGGATG
SmilChr02G001939 Chr02 NC_080388.1:34834203-34834221promoter 内 229-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34837975-34841390(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGGTGTGGTTGGGGAAG
SmilChr04G003802 Chr04 NC_080390.1:54185135-54185153promoter 内 145-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54188991-54193729(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCAACCAACCACCTCCTC
SmilChr01G005082 Chr01 NC_080387.1:68698497-68698515promoter 内 2204-2222 bp - 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 5 68700294-68701229(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGGACAAT
SmilChr03G002603 Chr03 NC_080389.1:41397760-41397778promoter 内 3616-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 41398145-41401591(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGAGGGTGGTTGGGTAGA
SmilChr03G003138 Chr03 NC_080389.1:48615321-48615339promoter 内 3536-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 3 48615786-48618697(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCACCAACCACCCCCGT
SmilChr02G002360 Chr02 NC_080388.1:41382149-41382167promoter 内 1930-1948 bp - 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 41378458-41380096(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCGCAACCACCACTTC
SmilChr02G005539 Chr02 NC_080388.1:75419011-75419029promoter 内 1819-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 75413636-75416847(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTAGTGGTTGAAGGTG
SmilChr05G000459 Chr05 NC_080391.1:3475975-3475993promoter 内 1609-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 3470204-3473601(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATGCCCAACCACTTTCTC
SmilChr01G002665 Chr01 NC_080387.1:44882464-44882482promoter 内 3807-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 44877499-44882288(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCGCCAACCACCACCGT
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50694305-50694323promoter 内 3218-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50690724-50693540(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCTCAACCACCCTCCT
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64792516-64792534promoter 内 3179-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 64789175-64791712(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTCGGTGGTTGAGGAAG
SmilChr02G003585 Chr02 NC_080388.1:57018331-57018349promoter 内 3086-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 57016493-57017434(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGGTGGTTGGTGGCA
SmilChr02G000012 Chr02 NC_080388.1:89500-89518promoter 内 2925-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 90576-95584(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAGGGTGGTTGAGGCAG
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48982984-48983002promoter 内 2501-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 48980029-48981502(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTGGTTGTGGTGG
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SmilChr03G004031 Chr03 NC_080389.1:59323509-59323527promoter 内 2032-2050 bp + 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 59319766-59321558(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAAGGTGGGTGGGGATT
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SmilChr01G000995 Chr01 NC_080387.1:20993638-20993656promoter 内 1565-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 20996074-20996887(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCACCAACCACCACGGC
SmilChr02G003006 Chr02 NC_080388.1:50694305-50694323promoter 内 1505-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50696801-50700421(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAGGGTGGTTGAGAAGG
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SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24278437-24278455promoter 内 1258-1276 bp + 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 24281180-24282600(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCCCAACCACATCCCT
SmilChr01G003601 Chr01 NC_080387.1:54566026-54566044promoter 内 1219-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54568808-54571642(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTCTCAACCACCCTCCT