转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 7 / 142 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69515693-69515707promoter 内 1497-1511 bp + 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACGTC
SmilChr05G004072 Chr05 NC_080391.1:54612641-54612655promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 54616485-54618957(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGGGGTAGGTGGG
SmilChr07G000651 Chr07 NC_080393.1:4386862-4386876promoter 内 2597-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 4388266-4390307(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr08G000345 Chr08 NC_080394.1:2398337-2398351promoter 内 1950-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 2394626-2396300(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCCACCC
SmilChr02G000251 Chr02 NC_080388.1:3238569-3238583promoter 内 3584-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 3236952-3238166(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr07G000650 Chr07 NC_080393.1:4386862-4386876promoter 内 3520-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 4385531-4386395(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGTGCG
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46696062-46696076promoter 内 3460-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 46696603-46697667(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr08G003524 Chr08 NC_080394.1:37854695-37854709promoter 内 2338-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37844986-37853046(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCGTCTC
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68518731-68518745promoter 内 848-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 68511315-68515592(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr07G001919 Chr07 NC_080393.1:16608148-16608162promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 16603842-16608056(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGTGCG
SmilChr08G003165 Chr08 NC_080394.1:32286923-32286937promoter 内 3596-3610 bp - 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32282864-32286532(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr03G002657 Chr03 NC_080389.1:42242592-42242606promoter 内 3575-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 42240966-42242180(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr05G003534 Chr05 NC_080391.1:47205740-47205754promoter 内 3572-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47206169-47207380(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr02G000146 Chr02 NC_080388.1:1944935-1944949promoter 内 3497-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 1945439-1950272(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr01G005330 Chr01 NC_080387.1:70505060-70505074promoter 内 3456-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 70505605-70506920(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr06G001741 Chr06 NC_080392.1:20090087-20090101promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 20086357-20088925(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTAGG
SmilChr05G003146 Chr05 NC_080391.1:40209387-40209401promoter 内 2418-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 40210970-40211042(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr02G000250 Chr02 NC_080388.1:3238569-3238583promoter 内 2014-2028 bp - 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 3233712-3236596(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr01G005331 Chr01 NC_080387.1:70505060-70505074promoter 内 1959-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 70507102-70509812(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56190086-56190100promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56192170-56195736(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGTGCG
SmilChr02G004600 Chr02 NC_080388.1:68518731-68518745promoter 内 1673-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 68521059-68526346(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGGTGCG
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37972583-37972597promoter 内 1515-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 37965979-37970111(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCCCT
SmilChr07G000326 Chr07 NC_080393.1:2228660-2228674promoter 内 1396-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2220627-2226069(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGCACC
SmilChr08G003187 Chr08 NC_080394.1:32621901-32621915promoter 内 1334-1348 bp - 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 32615589-32619248(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCCACCACCAT
SmilChr05G000090 Chr05 NC_080391.1:502017-502031promoter 内 3559-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 499024-501589(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50115809-50115823promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 50116382-50117713(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr08G002413 Chr08 NC_080394.1:22919685-22919699promoter 内 2596-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 22917547-22918294(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGAGGTAGGTAGG
SmilChr08G004582 Chr08 NC_080394.1:55402269-55402283promoter 内 306-320 bp + 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 55405964-55408418(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCACCCT
SmilChr05G003182 Chr05 NC_080391.1:40728970-40728984promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40728985-40729743(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGGTGAG
SmilChr04G002874 Chr04 NC_080390.1:44881943-44881957promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 44882001-44884311(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr04G002875 Chr04 NC_080390.1:44891576-44891590promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 44891634-44893947(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr05G003436 Chr05 NC_080391.1:45693488-45693502promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45693546-45695864(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G000383 Chr06 NC_080392.1:3029304-3029318promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3026952-3029260(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G000384 Chr06 NC_080392.1:3040875-3040889promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3038523-3040831(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr02G002930 Chr02 NC_080388.1:49795510-49795524promoter 内 3932-3946 bp - 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49793183-49795455(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr05G003437 Chr05 NC_080391.1:45703127-45703141promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45703202-45705460(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G002773 Chr06 NC_080392.1:40330273-40330287promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 40330348-40332737(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr01G004806 Chr01 NC_080387.1:66261794-66261808promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66261904-66264810(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGCCGT
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SmilChr06G002565 Chr06 NC_080392.1:36856106-36856120promoter 内 3595-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 36846941-36855714(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGGGGTAGGTGGG
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SmilChr01G004976 Chr01 NC_080387.1:67830032-67830046promoter 内 1843-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 67832190-67832949(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
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