转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 70 / 130 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001146 Chr04 NC_080390.1:16885253-16885264promoter 内 1904-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16887350-16894075(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76054842-76054853promoter 内 1881-1892 bp - 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 76048442-76052733(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTCGGACCACC
SmilChr01G002393 Chr01 NC_080387.1:41225240-41225251promoter 内 1877-1888 bp - 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41227364-41227790(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr02G002725 Chr02 NC_080388.1:47158100-47158111promoter 内 1871-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47160230-47162357(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr01G000487 Chr01 NC_080387.1:9945525-9945536promoter 内 1853-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9942587-9943388(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTCGGACCACC
SmilChr02G003672 Chr02 NC_080388.1:58099897-58099908promoter 内 1813-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58102085-58104031(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr08G001914 Chr08 NC_080394.1:16660244-16660255promoter 内 1811-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16655056-16658065(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr03G003257 Chr03 NC_080389.1:50463921-50463932promoter 内 1796-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50466126-50470681(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr03G001252 Chr03 NC_080389.1:14442364-14442375promoter 内 1775-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14444590-14449243(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCTGGTCCCGTC
SmilChr04G000176 Chr04 NC_080390.1:1586256-1586267promoter 内 1748-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1581190-1584014(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr08G002547 Chr08 NC_080394.1:24758022-24758033promoter 内 1746-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24751023-24755778(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTTTGGACCACC
SmilChr07G003403 Chr07 NC_080393.1:36943305-36943316promoter 内 1737-1748 bp + 2253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36945569-36950940(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr02G000973 Chr02 NC_080388.1:17015155-17015166promoter 内 1718-1729 bp - 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17017438-17018094(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGAGG
SmilChr02G001014 Chr02 NC_080388.1:17884665-17884676promoter 内 1673-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17886993-17888133(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GAGCGGACCACT
SmilChr05G002811 Chr05 NC_080391.1:32989603-32989614promoter 内 1657-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32991947-33000331(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAT
SmilChr06G002451 Chr06 NC_080392.1:35282123-35282134promoter 内 1657-1668 bp + 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35284467-35287006(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr04G001840 Chr04 NC_080390.1:29934594-29934605promoter 内 1615-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29931533-29932219(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAT
SmilChr07G002927 Chr07 NC_080393.1:29629764-29629775promoter 内 1605-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29632160-29634763(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr05G003670 Chr05 NC_080391.1:49657805-49657816promoter 内 1589-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49647291-49655404(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTCGGACCACC
SmilChr02G004662 Chr02 NC_080388.1:69012284-69012295promoter 内 1563-1574 bp - 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69014722-69016535(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr01G001690 Chr01 NC_080387.1:31121449-31121460promoter 内 1544-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31115878-31119003(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr06G000632 Chr06 NC_080392.1:5583205-5583216promoter 内 1502-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5585704-5586896(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ATTGGTCCCAAC
SmilChr01G003690 Chr01 NC_080387.1:55268004-55268015promoter 内 1415-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55270590-55273486(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCAGTC
SmilChr02G000957 Chr02 NC_080388.1:16620110-16620121promoter 内 1415-1426 bp - 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16614981-16617535(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr03G001416 Chr03 NC_080389.1:16811462-16811473promoter 内 1406-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16805945-16808878(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCCGGACCACT
SmilChr05G002868 Chr05 NC_080391.1:34327299-34327310promoter 内 1388-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34329912-34333083(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr05G000184 Chr05 NC_080391.1:1484138-1484149promoter 内 1351-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1486788-1488731(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr08G004157 Chr08 NC_080394.1:50797500-50797511promoter 内 1330-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50800171-50806894(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr02G001960 Chr02 NC_080388.1:35390094-35390105promoter 内 1322-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 35386959-35387426(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCAGG
SmilChr07G000890 Chr07 NC_080393.1:6377119-6377130promoter 内 1313-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6379807-6384369(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTTGGGACCAAT
SmilChr02G000822 Chr02 NC_080388.1:13852000-13852011promoter 内 1300-1311 bp - 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13837220-13849310(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGGACCGCG
SmilChr02G002139 Chr02 NC_080388.1:38535840-38535851promoter 内 1244-1255 bp + 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38532278-38533094(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCCAC
SmilChr07G003417 Chr07 NC_080393.1:37259457-37259468promoter 内 1237-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 37249332-37256704(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCGGCC
SmilChr08G004048 Chr08 NC_080394.1:48979427-48979438promoter 内 1193-1204 bp - 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48974358-48976630(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTGGGGACCATT
SmilChr06G001433 Chr06 NC_080392.1:15147036-15147047promoter 内 1188-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15149849-15153251(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTCGGACCACC
SmilChr05G002824 Chr05 NC_080391.1:33448208-33448219promoter 内 1148-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33451061-33453709(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGAGG
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