转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 71 / 161 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001724 Chr01 NC_080387.1:32918529-32918542promoter 内 2593-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 31775044-32917134(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr05G000874 Chr05 NC_080391.1:6932783-6932796promoter 内 2479-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 6929936-6931274(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTGCT
SmilChr02G003424 Chr02 NC_080388.1:55443852-55443865promoter 内 2381-2394 bp - 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 55445472-55451947(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTC
SmilChr07G003157 Chr07 NC_080393.1:33485100-33485113promoter 内 2039-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 33487062-33491968(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGAAGTCAACGAA
SmilChr06G001240 Chr06 NC_080392.1:12787270-12787283promoter 内 2024-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 12784414-12785306(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G000362 Chr02 NC_080388.1:4659246-4659259promoter 内 1481-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4652574-4656739(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGATTTGACTTTTC
SmilChr02G004728 Chr02 NC_080388.1:69524746-69524759promoter 内 1223-1236 bp + 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 69518217-69521981(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr01G001800 Chr01 NC_080387.1:32918529-32918542promoter 内 939-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 32914803-32915480(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24064970-24064983promoter 内 466-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 24068505-24071345(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTCTGA
SmilChr02G002043 Chr02 NC_080388.1:36816220-36816233promoter 内 454-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 36811218-36812686(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTG
SmilChr08G000342 Chr08 NC_080394.1:2374835-2374848promoter 内 183-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 2378653-2383978(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTC
SmilChr04G000638 Chr04 NC_080390.1:7247390-7247403promoter 内 19-32 bp - 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 7251372-7256110(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACTTT
SmilChr04G002523 Chr04 NC_080390.1:40275419-40275432promoter 内 3961-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40275459-40278004(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCTTTGACTTTAT
SmilChr02G003694 Chr02 NC_080388.1:58397975-58397988promoter 内 3951-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58398025-58399976(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTCC
SmilChr04G004105 Chr04 NC_080390.1:56013551-56013564promoter 内 3914-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56013638-56016249(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGAAGTCAACTAG
SmilChr07G004694 Chr07 NC_080393.1:59862897-59862910promoter 内 3809-3822 bp - 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59859952-59862718(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACTTTGACTTTGC
SmilChr04G004088 Chr04 NC_080390.1:55904012-55904025promoter 内 3720-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 55904293-55905948(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr07G002074 Chr07 NC_080393.1:18868500-18868513promoter 内 3677-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18868824-18872559(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTCC
SmilChr02G000301 Chr02 NC_080388.1:3801771-3801784promoter 内 3675-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3800886-3801458(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACCTATT
SmilChr02G000341 Chr02 NC_080388.1:4440389-4440402promoter 内 3675-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4440715-4441287(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACCTATT
SmilChr02G003271 Chr02 NC_080388.1:53978440-53978453promoter 内 3667-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53975839-53978119(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G000363 Chr02 NC_080388.1:4659246-4659259promoter 内 3658-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4658293-4658916(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGATTTGACTTTTC
SmilChr01G003834 Chr01 NC_080387.1:56669307-56669320promoter 内 3560-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56663262-56668879(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr05G002833 Chr05 NC_080391.1:33670911-33670924promoter 内 3539-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33666258-33670462(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTGAG
SmilChr06G000416 Chr06 NC_080392.1:3454950-3454963promoter 内 3432-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3446329-3454394(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGAGTCAACGAG
SmilChr01G001439 Chr01 NC_080387.1:28051020-28051033promoter 内 3417-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28050333-28050449(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23681766-23681779promoter 内 3352-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23679351-23681130(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATATTTGACTTTTG
SmilChr04G000081 Chr04 NC_080390.1:727283-727296promoter 内 3191-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 728093-728637(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTC
SmilChr01G000788 Chr01 NC_080387.1:17144411-17144424promoter 内 3162-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17141217-17143585(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTATT
SmilChr07G000242 Chr07 NC_080393.1:1566217-1566230promoter 内 3138-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1567080-1569871(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATGTTGACTTTCA
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1323570-1323583promoter 内 3024-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1318684-1322606(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGTTTGACTTTTT
SmilChr01G003884 Chr01 NC_080387.1:57163178-57163191promoter 内 2968-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57164211-57166340(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTTG
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39668682-39668695promoter 内 2955-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACTC
SmilChr05G002540 Chr05 NC_080391.1:28349660-28349673promoter 内 2954-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28350707-28351219(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACTCT
SmilChr01G004495 Chr01 NC_080387.1:63073806-63073819promoter 内 2797-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63069932-63072615(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGAAGTCAACTAG
SmilChr05G004013 Chr05 NC_080391.1:54076755-54076768promoter 内 2792-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54071851-54075559(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGAAGTCAACTTT
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SmilChr04G001685 Chr04 NC_080390.1:27883512-27883525promoter 内 2209-2222 bp - 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27874855-27881733(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTATT
SmilChr04G001675 Chr04 NC_080390.1:27768007-27768020promoter 内 2196-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27769812-27776766(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTATT
SmilChr03G003812 Chr03 NC_080389.1:57167414-57167427promoter 内 2163-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57162719-57165589(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGATAGTCAACGTT
SmilChr01G004733 Chr01 NC_080387.1:65509729-65509742promoter 内 2138-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65511592-65513149(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGAAGTCAACACG