靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00025053-RA_Salv |
SmilChr03G002335 |
bZIP | XP_057801256.1 |
MP00647 |
TCACGTGG |
9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 71 / 143 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003829 |
Chr01 | NC_080387.1:56630652-56630659promoter 内 2895-2902 bp |
+ | 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 56631758-56633259(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr06G002030 |
Chr06 | NC_080392.1:26444882-26444889promoter 内 2895-2902 bp |
+ | 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 26435263-26443783(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr02G000813 |
Chr02 | NC_080388.1:13617341-13617348promoter 内 2894-2901 bp |
+ | 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 13613944-13616241(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr04G003306 |
Chr04 | NC_080390.1:49791840-49791847promoter 内 2890-2897 bp |
- | 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 49789894-49790736(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr01G004399 |
Chr01 | NC_080387.1:62122348-62122355promoter 内 2886-2893 bp |
+ | 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 62123463-62125691(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr05G001095 |
Chr05 | NC_080391.1:9122777-9122784promoter 内 2885-2892 bp |
+ | 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 9118392-9121668(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr02G000781 |
Chr02 | NC_080388.1:12838039-12838046promoter 内 2884-2891 bp |
- | 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 12835022-12836929(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr02G005553 |
Chr02 | NC_080388.1:75504466-75504473promoter 内 2882-2889 bp |
- | 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 75501085-75503354(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr07G000660 |
Chr07 | NC_080393.1:4459114-4459121promoter 内 2880-2887 bp |
+ | 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 4456229-4458000(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr01G003607 |
Chr01 | NC_080387.1:54612529-54612536promoter 内 2879-2886 bp |
+ | 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 54610428-54611414(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr06G000520 |
Chr06 | NC_080392.1:4288794-4288801promoter 内 2876-2883 bp |
- | 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 4287101-4287676(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr01G003563 |
Chr01 | NC_080387.1:54227822-54227829promoter 内 2873-2880 bp |
- | 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 54224244-54226701(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr02G004147 |
Chr02 | NC_080388.1:63791372-63791379promoter 内 2872-2879 bp |
+ | 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 63789223-63790250(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr04G001419 |
Chr04 | NC_080390.1:23048914-23048921promoter 内 2872-2879 bp |
+ | 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 23040339-23047792(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr04G000793 |
Chr04 | NC_080390.1:9798970-9798977promoter 内 2868-2875 bp |
- | 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 9800103-9803925(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr06G002443 |
Chr06 | NC_080392.1:35165595-35165602promoter 内 2868-2875 bp |
- | 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 35162960-35164469(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr02G005265 |
Chr02 | NC_080388.1:73745906-73745913promoter 内 2865-2872 bp |
+ | 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 73744097-73744777(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr01G004899 |
Chr01 | NC_080387.1:67066102-67066109promoter 内 2863-2870 bp |
- | 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 67057716-67064971(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr07G003183 |
Chr07 | NC_080393.1:33906896-33906903promoter 内 2863-2870 bp |
+ | 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 33903474-33905765(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr01G004464 |
Chr01 | NC_080387.1:62746579-62746586promoter 内 2845-2852 bp |
- | 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 62743094-62745430(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr01G003476 |
Chr01 | NC_080387.1:53309261-53309268promoter 内 2842-2849 bp |
- | 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 53305459-53308109(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr06G001059 |
Chr06 | NC_080392.1:10461324-10461331promoter 内 2840-2847 bp |
+ | 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 10462485-10463547(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr01G003410 |
Chr01 | NC_080387.1:52758943-52758950promoter 内 2837-2844 bp |
- | 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 52755441-52757786(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr01G005829 |
Chr01 | NC_080387.1:74299266-74299273promoter 内 2831-2838 bp |
+ | 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 74294086-74298103(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr03G002505 |
Chr03 | NC_080389.1:39903827-39903834promoter 内 2827-2834 bp |
- | 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 39900186-39902660(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr07G000991 |
Chr07 | NC_080393.1:7216315-7216322promoter 内 2826-2833 bp |
+ | 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 7217490-7217561(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr02G005575 |
Chr02 | NC_080388.1:75616344-75616351promoter 内 2823-2830 bp |
+ | 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 75617522-75618245(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr06G002023 |
Chr06 | NC_080392.1:26097735-26097742promoter 内 2810-2817 bp |
+ | 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 26093238-26096551(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr02G001638 |
Chr02 | NC_080388.1:30382585-30382592promoter 内 2805-2812 bp |
+ | 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 30379580-30381396(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr01G005753 |
Chr01 | NC_080387.1:73620162-73620169promoter 内 2803-2810 bp |
+ | 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 73617899-73618971(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
SmilChr03G002249 |
Chr03 | NC_080389.1:35420573-35420580promoter 内 2796-2803 bp |
+ | 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 35421778-35425099(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
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Chr04 | NC_080390.1:54800649-54800656promoter 内 2789-2796 bp |
+ | 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 54801861-54808607(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
SmilChr03G003949 |
Chr03 | NC_080389.1:58551226-58551233promoter 内 2785-2792 bp |
+ | 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 58552442-58553992(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGG |
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Chr01 | NC_080387.1:77419518-77419525promoter 内 2781-2788 bp |
- | 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 77420738-77421968(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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- | 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 63940981-63944699(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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- | 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 48424143-48427267(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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- | 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 34177739-34181453(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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+ | 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 13565751-13571047(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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- | 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 17934423-17935415(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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- | 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 28723384-28731521(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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SMil_00025053-RA_Salv |
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+ | 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 8944679-8945757(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
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SMil_00025053-RA_Salv |
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+ | 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 7868246-7870667(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
CCACGTGT |
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+ | 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 20490648-20493611(-) |
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MP00647 |
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MP00647 |
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SmilChr02G002004 |
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+ | 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 36187531-36187691(+) |
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- | 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 49303007-49309364(-) |
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- | 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 8075965-8079046(+) |
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SmilChr04G003555 |
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- | 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.4/ 100 | 1 | 51939330-51948223(+) |
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MP00647 |
CCACGTGT |