转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 72 / 142 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000069 Chr04 NC_080390.1:629377-629391promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 622735-625419(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAGCGGTAGGTGAT
SmilChr03G004464 Chr03 NC_080389.1:62734407-62734421promoter 内 3747-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 62714551-62734167(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTAATG
SmilChr02G005597 Chr02 NC_080388.1:75706275-75706289promoter 内 3787-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 75706489-75708908(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGTTGTC
SmilChr05G003187 Chr05 NC_080391.1:40777353-40777367promoter 内 3337-3351 bp - 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 40775798-40776703(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr08G004832 Chr08 NC_080394.1:57583657-57583671promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57584538-57586921(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCAACAT
SmilChr07G001519 Chr07 NC_080393.1:12163309-12163323promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 12164206-12167003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCAGTTGGG
SmilChr03G000414 Chr03 NC_080389.1:4458868-4458882promoter 内 3028-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4455027-4457909(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTGCCACCAC
SmilChr02G004321 Chr02 NC_080388.1:65516326-65516340promoter 内 2992-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 65517335-65523412(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCGAAAC
SmilChr03G001452 Chr03 NC_080389.1:17331667-17331681promoter 内 2913-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 17324997-17330593(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCCCAGA
SmilChr03G004471 Chr03 NC_080389.1:62802750-62802764promoter 内 2848-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62800487-62801611(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATTAGGTAGGTAGG
SmilChr06G003035 Chr06 NC_080392.1:43153988-43154002promoter 内 2621-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43149679-43152622(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTCGAT
SmilChr05G003991 Chr05 NC_080391.1:53748190-53748204promoter 内 2590-2604 bp - 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 53745515-53746793(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCCGA
SmilChr03G000083 Chr03 NC_080389.1:971533-971547promoter 内 2082-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 968831-969628(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATGTGGTAGTTGAA
SmilChr08G002892 Chr08 NC_080394.1:28799146-28799160promoter 内 1494-1508 bp + 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 28793488-28796653(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGAGGTAGGTAGT
SmilChr07G001284 Chr07 NC_080393.1:9898175-9898189promoter 内 1484-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 9894310-9895672(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTAGCAC
SmilChr07G002585 Chr07 NC_080393.1:24731319-24731333promoter 内 1381-1395 bp + 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24724410-24728713(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGTGAGTAGGTGGA
SmilChr08G001165 Chr08 NC_080394.1:9304306-9304320promoter 内 1376-1390 bp + 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 9300345-9301695(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAGGTTAGGTGGG
SmilChr04G003289 Chr04 NC_080390.1:49576970-49576984promoter 内 1136-1150 bp - 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 49571951-49574119(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTAGCAC
SmilChr03G004467 Chr03 NC_080389.1:62734407-62734421promoter 内 854-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62726166-62731274(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTAATG
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8580868-8580882promoter 内 435-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 8584434-8585764(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCTAATG
SmilChr06G003089 Chr06 NC_080392.1:43738326-43738340promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 43742016-43747651(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTAGCAC
SmilChr03G000413 Chr03 NC_080389.1:4458868-4458882promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4454107-4455020(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACTGCCACCAC
SmilChr02G005487 Chr02 NC_080388.1:75066215-75066229promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 75058151-75062300(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCTACCCATGA
SmilChr02G001171 Chr02 NC_080388.1:21536025-21536039promoter 内 3975-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21533955-21536013(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGGTAGTAGGTGAT
SmilChr04G002715 Chr04 NC_080390.1:42762316-42762330promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42760769-42762303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGGTATT
SmilChr07G004157 Chr07 NC_080393.1:53413085-53413099promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53409694-53413065(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCCGT
SmilChr07G003140 Chr07 NC_080393.1:33277146-33277160promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33277185-33279533(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACGTTAGGTGGG
SmilChr08G003174 Chr08 NC_080394.1:32432632-32432646promoter 内 3910-3924 bp + 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32428791-32432555(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGCAGTAGGTGAA
SmilChr07G003120 Chr07 NC_080393.1:33096896-33096910promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33096991-33099278(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACGTTAGGTGGG
SmilChr08G001111 Chr08 NC_080394.1:8621875-8621889promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8617860-8621774(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGGGGTAGGTATC
SmilChr05G003982 Chr05 NC_080391.1:53621325-53621339promoter 内 3795-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53620487-53621133(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAAACGGTAGGTAGA
SmilChr04G002118 Chr04 NC_080390.1:34166167-34166181promoter 内 3763-3777 bp + 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34166405-34170446(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTAGCA
SmilChr01G005656 Chr01 NC_080387.1:72908147-72908161promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72908465-72910533(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTTGTTACA
SmilChr01G005070 Chr01 NC_080387.1:68585823-68585837promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68583423-68585369(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGTAGTAGGTGAG
SmilChr08G003220 Chr08 NC_080394.1:33072075-33072089promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33070434-33071558(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGCTGGTAGGTGCT
SmilChr07G000008 Chr07 NC_080393.1:30962-30976promoter 内 3305-3319 bp + 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28082-30280(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGTTGTTAGGTGGT
SmilChr01G005650 Chr01 NC_080387.1:72888784-72888798promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72886878-72888021(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACAGTGA
SmilChr05G002731 Chr05 NC_080391.1:31457121-31457135promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31457919-31459531(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTGCCGA
SmilChr02G005453 Chr02 NC_080388.1:74866736-74866750promoter 内 3193-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74867544-74873718(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAACTACCACTTA
SmilChr07G001557 Chr07 NC_080393.1:12715737-12715751promoter 内 3185-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12716553-12719421(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCAGTTGGG
SmilChr08G001979 Chr08 NC_080394.1:17498542-17498556promoter 内 3132-3146 bp + 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17499411-17503838(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCACTCT
SmilChr06G002179 Chr06 NC_080392.1:30039334-30039348promoter 内 3115-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30040220-30041879(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTATTAGTAGGTGGA
SmilChr07G003991 Chr07 NC_080393.1:50972983-50972997promoter 内 3014-3028 bp - 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50964673-50972010(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTATCG
SmilChr05G001959 Chr05 NC_080391.1:20110036-20110050promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20102755-20109047(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCAGCAGTAGGTGAA
SmilChr02G003810 Chr02 NC_080388.1:59728473-59728487promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59726684-59727465(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCGACGG
SmilChr01G003305 Chr01 NC_080387.1:51740965-51740979promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51733164-51739941(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTAAAC
SmilChr01G000420 Chr01 NC_080387.1:8462355-8462369promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8458063-8461304(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCACGAG
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SmilChr07G004680 Chr07 NC_080393.1:59751220-59751234promoter 内 2829-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59749431-59750062(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGAAAGTAGGTGGA