转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 73 / 139 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70233737-70233750promoter 内 944-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCAAC
SmilChr02G002020 Chr02 NC_080388.1:36432588-36432601promoter 内 915-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36426847-36429515(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGCCGGTGGAGT
SmilChr04G003793 Chr04 NC_080390.1:54119018-54119031promoter 内 889-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54122130-54125157(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCAGA
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030069-26030082promoter 内 479-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCATCGCCGTCCAG
SmilChr01G003582 Chr01 NC_080387.1:54379889-54379902promoter 内 58-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54383832-54388134(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCGCGAG
SmilChr05G002255 Chr05 NC_080391.1:24228059-24228072promoter 内 592-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 24231468-24243803(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGCAA
SmilChr05G000201 Chr05 NC_080391.1:1608649-1608662promoter 内 275-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 1602192-1604936(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGGCGT
SmilChr02G004278 Chr02 NC_080388.1:64975937-64975950promoter 内 3675-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 64976263-64976652(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGGACGGTGAAGG
SmilChr03G000570 Chr03 NC_080389.1:6212683-6212696promoter 内 3434-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6213250-6216729(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGTGACGGTGGCGA
SmilChr02G001296 Chr02 NC_080388.1:23973866-23973879promoter 内 3414-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 23972360-23973292(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTCCACCGTCCCC
SmilChr05G000527 Chr05 NC_080391.1:4040637-4040650promoter 内 3184-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4039003-4039833(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCGCCGTCCAG
SmilChr05G000530 Chr05 NC_080391.1:4066997-4067010promoter 内 3182-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4065395-4066191(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCGCCGTCCAG
SmilChr07G001056 Chr07 NC_080393.1:7705627-7705640promoter 内 3169-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 7703301-7704808(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATCGTCGGTGGAGG
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29601648-29601661promoter 内 1953-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTTCTCCGTCCAT
SmilChr04G001087 Chr04 NC_080390.1:15595911-15595924promoter 内 863-876 bp + 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 15599049-15601502(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGACA
SmilChr01G004589 Chr01 NC_080387.1:63899531-63899544promoter 内 485-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 63903047-63905894(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGCCTCCGTCCAC
SmilChr01G005919 Chr01 NC_080387.1:75030955-75030968promoter 内 365-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 75025207-75027332(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGGCGGTGGAGT
SmilChr05G000529 Chr05 NC_080391.1:4064541-4064554promoter 内 279-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4058226-4060832(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCGCCGTCCAG
SmilChr05G000526 Chr05 NC_080391.1:4038183-4038196promoter 内 277-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4031826-4034472(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCAGCGCCGTCCAG
SmilChr05G001141 Chr05 NC_080391.1:9538589-9538602promoter 内 128-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 9532331-9534729(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCAAT
SmilChr05G000203 Chr05 NC_080391.1:1608649-1608662promoter 内 126-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1612524-1615336(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGCCACCGTCATC
SmilChr06G003262 Chr06 NC_080392.1:45268307-45268320promoter 内 3976-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45264185-45268295(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGCCTCCGTCCAC
SmilChr01G000381 Chr01 NC_080387.1:7827415-7827428promoter 内 3919-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7822624-7827346(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGAAGG
SmilChr01G003937 Chr01 NC_080387.1:57687501-57687514promoter 内 3885-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57685818-57687398(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCCACCGTCATT
SmilChr03G002436 Chr03 NC_080389.1:38686152-38686165promoter 内 3731-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38684669-38685895(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTCCACCGTCCCC
SmilChr02G004310 Chr02 NC_080388.1:65468567-65468580promoter 内 3547-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65465767-65468126(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTCCACCGACCAA
SmilChr05G002493 Chr05 NC_080391.1:27609975-27609988promoter 内 3514-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27608457-27609501(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGACAAA
SmilChr05G002685 Chr05 NC_080391.1:30487945-30487958promoter 内 3424-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30488522-30488929(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTTCTCCGTCCAT
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28774499-28774512promoter 内 3407-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28775093-28778230(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGTTC
SmilChr06G001950 Chr06 NC_080392.1:24060192-24060205promoter 内 3353-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24058169-24059557(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGACA
SmilChr04G002640 Chr04 NC_080390.1:41801229-41801242promoter 内 3335-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41799818-41800576(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGACAAA
SmilChr03G003294 Chr03 NC_080389.1:51044090-51044103promoter 内 3330-3343 bp - 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51044761-51045769(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGACAAA
SmilChr04G000843 Chr04 NC_080390.1:10657140-10657153promoter 内 2911-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10658230-10661709(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTCCACCGTCCCC
SmilChr01G003302 Chr01 NC_080387.1:51704281-51704294promoter 内 2858-2871 bp - 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51701491-51703151(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGCTGTGG
SmilChr01G004364 Chr01 NC_080387.1:61839988-61840001promoter 内 2838-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61834267-61838838(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GATGACGGTGGTGA
SmilChr03G002569 Chr03 NC_080389.1:40879139-40879152promoter 内 2837-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40875172-40877988(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGTCCACCGTCCCC
SmilChr02G000882 Chr02 NC_080388.1:15216115-15216128promoter 内 2665-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15213888-15214792(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGACGC
SmilChr05G001342 Chr05 NC_080391.1:11823267-11823280promoter 内 2639-2652 bp + 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11824629-11828189(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGCAGCGG
SmilChr07G000624 Chr07 NC_080393.1:4220352-4220365promoter 内 2520-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4218163-4218884(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGCCACCGTCCCA
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45471001-45471014promoter 内 2492-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45472510-45477828(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGACGC
SmilChr06G001399 Chr06 NC_080392.1:14626915-14626928promoter 内 2325-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14628591-14630720(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTCGACGGTGGCAG
SmilChr04G000649 Chr04 NC_080390.1:7344632-7344645promoter 内 2051-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7346582-7347817(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTTCACCGTCCCG
SmilChr01G005991 Chr01 NC_080387.1:75520006-75520019promoter 内 1969-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75515833-75517987(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGGGA
SmilChr06G002566 Chr06 NC_080392.1:36853410-36853423promoter 内 1825-1838 bp - 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36855586-36866104(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAAACGCCGTCCAC
SmilChr06G002043 Chr06 NC_080392.1:26704781-26704794promoter 内 1672-1685 bp + 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26707110-26710939(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGGGA
SmilChr07G000824 Chr07 NC_080393.1:5811569-5811582promoter 内 1598-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5806814-5809179(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGACAAA
SmilChr02G004312 Chr02 NC_080388.1:65468567-65468580promoter 内 1276-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65471292-65472692(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGTCGGTGGACA
SmilChr01G005905 Chr01 NC_080387.1:74919403-74919416promoter 内 1064-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74922340-74924203(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTCCACCGCCCCC
SmilChr05G003461 Chr05 NC_080391.1:46023345-46023358promoter 内 1028-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46019082-46020385(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGACGGTGGAGA
SmilChr07G001366 Chr07 NC_080393.1:10583332-10583345promoter 内 972-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10578598-10580316(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGACA