转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 74 / 161 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002947 Chr01 NC_080387.1:48347877-48347891promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48339572-48344425(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr01G002094 Chr01 NC_080387.1:36947637-36947651promoter 内 517-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36951121-36953344(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGCGTCGGCAGTCA
SmilChr01G001450 Chr01 NC_080387.1:28193218-28193232promoter 内 473-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28196746-28198342(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTACCGCCGACATGC
SmilChr05G002058 Chr05 NC_080391.1:21427275-21427289promoter 内 426-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21422046-21423714(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATCGCCGACAGGT
SmilChr01G005187 Chr01 NC_080387.1:69582923-69582937promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 69586505-69589186(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATCCGTCGGCAATAG
SmilChr03G002604 Chr03 NC_080389.1:41426040-41426054promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 41429637-41432804(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27155295-27155309promoter 内 402-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27147069-27151710(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCCGTCGGCAACTA
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48511154-48511168promoter 内 352-366 bp - 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCCAACA
SmilChr01G004896 Chr01 NC_080387.1:67031112-67031126promoter 内 346-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67034767-67037714(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGTGTCGGCATGAT
SmilChr07G004080 Chr07 NC_080393.1:52262498-52262512promoter 内 328-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52255902-52258839(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATCGCCGACAGGT
SmilChr02G004818 Chr02 NC_080388.1:70317440-70317454promoter 内 249-263 bp + 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70312072-70313702(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AATTCGCCGACATTT
SmilChr02G002911 Chr02 NC_080388.1:49407760-49407774promoter 内 244-258 bp + 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49411517-49415442(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGCCGTCGGCAAGAA
SmilChr08G000673 Chr08 NC_080394.1:4999242-4999256promoter 内 239-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4989685-4995494(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCATGTG
SmilChr08G002064 Chr08 NC_080394.1:18507410-18507424promoter 内 221-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18511190-18514325(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACTGTCGGCGCGAT
SmilChr02G002081 Chr02 NC_080388.1:37386127-37386141promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 37389934-37392438(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGATGCCGACGACT
SmilChr05G003782 Chr05 NC_080391.1:51152643-51152657promoter 内 97-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51144396-51148753(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCACACT
SmilChr05G000593 Chr05 NC_080391.1:4477517-4477531promoter 内 77-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4469970-4473607(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTACGCCGACAGTC
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10267538-10267552promoter 内 69-83 bp + 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10261530-10263620(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCTGCCGACTCCG
SmilChr04G001956 Chr04 NC_080390.1:31751658-31751672promoter 内 990-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 31744718-31748661(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGTTGCCGACGGTC
SmilChr06G002328 Chr06 NC_080392.1:33662314-33662328promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33662353-33669495(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CACATGCCGACAATC
SmilChr02G002521 Chr02 NC_080388.1:43806707-43806721promoter 内 3338-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 43807370-43814211(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTGCTACCGACAACA
SmilChr04G003043 Chr04 NC_080390.1:46945224-46945238promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46946129-46948705(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCCACCG
SmilChr04G003172 Chr04 NC_080390.1:48390836-48390850promoter 内 3012-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 48387346-48389861(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGATGTCGGCCACCG
SmilChr01G003103 Chr01 NC_080387.1:49836031-49836045promoter 内 2926-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 49837106-49840176(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCAGCGCCGACAGGA
SmilChr03G000252 Chr03 NC_080389.1:2993469-2993483promoter 内 2660-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2989413-2992142(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTTGCCGACGGAA
SmilChr05G000581 Chr05 NC_080391.1:4373577-4373591promoter 内 2539-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 4375039-4379401(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCAGCGCCGACAAGA
SmilChr01G002780 Chr01 NC_080387.1:46261683-46261697promoter 内 2510-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 46263174-46268254(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTACGTCGGCAGTCG
SmilChr03G000254 Chr03 NC_080389.1:2993469-2993483promoter 内 2217-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 2995253-2997060(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCCGTCGGCAAAAC
SmilChr06G002326 Chr06 NC_080392.1:33662314-33662328promoter 内 2202-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 33657960-33660529(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCATGTG
SmilChr05G000708 Chr05 NC_080391.1:5345656-5345670promoter 内 2066-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 5347591-5351791(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCGGTTA
SmilChr04G001935 Chr04 NC_080390.1:31453369-31453383promoter 内 1960-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 31447301-31451342(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGTCACCGACAAGC
SmilChr02G002554 Chr02 NC_080388.1:44442035-44442049promoter 内 1547-1561 bp - 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 44444489-44446498(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGTCTGCCGACGTTG
SmilChr06G001735 Chr06 NC_080392.1:20018350-20018364promoter 内 1436-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 20011098-20015799(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGCGTTGT
SmilChr02G001035 Chr02 NC_080388.1:18398014-18398028promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18393809-18395436(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATGCGCCGACAGCT
SmilChr07G002025 Chr07 NC_080393.1:18234369-18234383promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18237137-18238066(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TATTGTCGGTAAAAG
SmilChr08G002083 Chr08 NC_080394.1:18719970-18719984promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 18722795-18725403(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGTCGGCCGACAACT
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