转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 76 / 133 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000501 Chr03 NC_080389.1:5397354-5397368promoter 内 1034-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 5393394-5394401(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGTACTTATCCTTA
SmilChr01G005444 Chr01 NC_080387.1:71536548-71536562promoter 内 3791-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71530944-71536352(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGCATTATCCACA
SmilChr02G003327 Chr02 NC_080388.1:54525877-54525891promoter 内 3662-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 54526216-54528126(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCAGATAAGGCTTC
SmilChr03G000988 Chr03 NC_080389.1:11193703-11193717promoter 内 3650-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 11194054-11216604(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr01G002284 Chr01 NC_080387.1:39630864-39630878promoter 内 3455-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39631410-39633211(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAATATTATCCAGT
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74262211-74262225promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74262794-74267868(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGGGCCTTATCTTCT
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61727320-61727334promoter 内 3327-3341 bp - 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61726229-61726660(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAAGATAAGGCAGT
SmilChr01G000515 Chr01 NC_080387.1:10581212-10581226promoter 内 3314-3328 bp - 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 10581899-10588912(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATACCTTATCAAAT
SmilChr01G004965 Chr01 NC_080387.1:67746072-67746086promoter 内 3263-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 67742964-67745348(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATACTTATCCCCA
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45157384-45157398promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 45158131-45159911(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTATGCTTATCCCAT
SmilChr03G000500 Chr03 NC_080389.1:5366943-5366957promoter 内 3082-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5365559-5366038(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATACTTTATCCACA
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56191154-56191168promoter 内 2985-2999 bp + 1002 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 56192170-56195736(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTTGATAAGGTATC
SmilChr01G002398 Chr01 NC_080387.1:41327225-41327239promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 41328293-41328628(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G001815 Chr01 NC_080387.1:33096780-33096794promoter 内 2694-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33093871-33095487(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTTCCTTATCCTAC
SmilChr01G001935 Chr01 NC_080387.1:34546701-34546715promoter 内 2481-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 34548221-34549926(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTTG
SmilChr03G001472 Chr03 NC_080389.1:17563576-17563590promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 17560909-17561991(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATGAGGT
SmilChr02G002174 Chr02 NC_080388.1:38965403-38965417promoter 内 2393-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 38962848-38963809(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATTATTATCCACA
SmilChr03G001327 Chr03 NC_080389.1:15531215-15531229promoter 内 2391-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15527280-15529619(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCAATATTATCCATA
SmilChr02G000522 Chr02 NC_080388.1:7175651-7175665promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 7177294-7179078(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTAGGATAAGGGCTG
SmilChr01G004355 Chr01 NC_080387.1:61727320-61727334promoter 内 1842-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61729479-61746900(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGCCTTATCTTCG
SmilChr01G001515 Chr01 NC_080387.1:28996054-28996068promoter 内 1751-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 28998304-29000650(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAATGTCTT
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23047198-23047212promoter 内 1736-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23049463-23051744(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76481844-76481858promoter 内 1691-1705 bp - 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 76484154-76486020(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTTACTTATCCAAA
SmilChr01G004003 Chr01 NC_080387.1:58428278-58428292promoter 内 1646-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 58430633-58431337(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATGATAAGGTGAT
SmilChr02G004917 Chr02 NC_080388.1:71190506-71190520promoter 内 1381-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71186152-71187900(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATATGGT
SmilChr02G004100 Chr02 NC_080388.1:63325985-63325999promoter 内 1224-1238 bp + 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 63328762-63333191(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75948176-75948190promoter 内 1135-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75951042-75951501(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTTG
SmilChr02G005221 Chr02 NC_080388.1:73424024-73424038promoter 内 1112-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 73426913-73431663(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTGCTTATCCTGT
SmilChr02G001696 Chr02 NC_080388.1:31236288-31236302promoter 内 1069-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31239220-31241502(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATAATTT
SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39598239-39598253promoter 内 1048-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39592366-39595300(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr02G001540 Chr02 NC_080388.1:28660953-28660967promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 28663913-28666472(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTCACCTTATCATGA
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57475796-57475810promoter 内 957-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 57478840-57479592(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAGCATTATCCATT
SmilChr01G001814 Chr01 NC_080387.1:33096780-33096794promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33092414-33093190(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTTCCTTATCCTAC
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4047325-4047339promoter 内 310-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4051016-4054345(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4082930-4082944promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4086732-4089943(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr03G000379 Chr03 NC_080389.1:4241464-4241478promoter 内 146-160 bp - 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4234526-4237623(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G005558 Chr02 NC_080388.1:75536348-75536362promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75534486-75536323(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTTTCTTATCCAAC
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47700050-47700064promoter 内 3959-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGGGATAAGCATAC
SmilChr02G001881 Chr02 NC_080388.1:34127443-34127457promoter 内 3939-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34127505-34128953(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGCCTTATCCATG
SmilChr02G005443 Chr02 NC_080388.1:74806928-74806942promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74807023-74811315(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACATTATCCACC
SmilChr01G003380 Chr01 NC_080387.1:52489360-52489374promoter 内 3801-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52489560-52494862(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCGGATAAGAGAAA
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44455128-44455142promoter 内 3712-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44448117-44454853(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr03G000368 Chr03 NC_080389.1:4115027-4115041promoter 内 3620-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4115408-4119854(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTTCCTTATCATCT
SmilChr01G002509 Chr01 NC_080387.1:42985275-42985289promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42985799-42988442(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGGGATAAGCGTTT
SmilChr02G003331 Chr02 NC_080388.1:54558407-54558421promoter 内 3441-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54556216-54557861(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTACTTTATCCACT
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53976301-53976315promoter 内 3303-3317 bp - 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53976999-53978814(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCAAAT
SmilChr01G005028 Chr01 NC_080387.1:68236575-68236589promoter 内 3246-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68235079-68235834(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCCAGG
SmilChr02G003130 Chr02 NC_080388.1:52332561-52332575promoter 内 3191-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52333371-52337001(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGGGATAAGAATAT
SmilChr01G000451 Chr01 NC_080387.1:9188168-9188182promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9189006-9190472(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGCGGTT
SmilChr01G004024 Chr01 NC_080387.1:58649703-58649717promoter 内 3141-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58648182-58648857(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGATGTTATCCATA